Như trên đã đề cập công tác xử lý đơn thư là khâu nghiệp vụ ban đầu của công tác giải quyết khiếu nại, tố cáo. Cho nên thẩm quyền, trách nhiệm về xử lý đơn thư khiếu nại tố cáo nằm trong thẩm quyền giải quyết khiếu nại, tố cáo theo quy định của Luật khiếu nại, tố cáo:
Từ những quy định của pháp luật về khiếu nại, tố cáo và việc giải quyết khiếu nại, tố cáo, để có thể giải quyết tốt những vụ việc phát sinh, đồng thời không để tồn đọng, phát huy tốt trách nhiệm của các cấp, các ngành trong hệ thống cơ quan Nhà nước. Việc xác định thẩm quyền là yếu tố quan trọng đẻ việc giải quyết đúng người, đúng lúc, đúng nơi, cần tìm hiểu thêm về thẩm quyền giải quyết các vụ việc phát sinh.
Thầm quyền giải quyết khiếu nại là nội dung quan trọng nhất, cơ bản nhất của Luật khiếu nại, tố cáo, nó chi phối và quyết định những nội dung khác thuộc phạm vi điều chỉnh của Luật. Theo quy định của Phát lệnh giải quyết khiếu nại, tố cáo của công dân năm 1991 cũng như Luật khiếu nại, tố cáo năm 1998, thẩm quyền giải quyết khiếu nại của cơ quan hành chính Nhà nước là giữ vai trò trọng tâm, cơ bản. Các cơ quan Thanh tra Nhà nước các cấp có vai trò và trách nhiệm khác nhau trong việc giải quyết khiếu nại. Để tăng cường của vai trò Thủ tướng Chính phủ với tư cách là người đứng đầu cơ quan hành pháp nên ngoài chức năng tổ chức và chỉ đạo công tác giải quyết khiếu nại, tố cáo, Thủ tướng còn có thẩm quyền giải quyết một số loại khiếu nại.
Theo quy định của Luật khiếu nại, tố cáo, thẩm quyền giải quyết khiếu nại được xác định theo nguyên tắc sau: Khiếu nại đối với quyết định hành chính, hành vi hành chính của nhân viên thuộc quyền quản lý của cơ quan nào thì thủ trưởng cơ quan đó có trách nhiệm giải quyết. Khiếu nại đối với quyết định hành chính hoặc hành vi hành chính của thủ trưởng cơ quan nào thì thủ trưởng cơ quan đó có trách nhiệm giải quyết. Trên tinh thần đó, Luật khiếu nại quy định cụ thể thẩm quyền, trách nhiệm giải quyết khiếu nại của thủ trưởng cùng cấp.
1.3.1 - Thẩm quyền, trách nhiệm của thủ trưởng các cơ quan hành chính Nhà nước:
- Chủ tịch Ủy ban nhân dân xã, phường, thị trấn (gọi chung là cấp xã ) thủ trưởng cơ quan thuộc Ủy ban nhân dân huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh có thẩm quyền giải quyết khiếu nại đối với quyết định hành chính, hành vi hành chính của mình, của người có trách nhiệm do mình quản lý trực tiếp (Điều 19 Luật khiếu nại, tố cáo).
- Chủ tịch Ủy ban nhân dân huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh (gọi chung là cấp huyện) có thẩm quyền:
+ Giải quyết khiếu nại đối với quyết định hành chính, hành vi hành chính của mình;
+ Giải quyết khiếu nại mà Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp xã, thủ trưởng cơ quan thuộc Ủy ban nhân dân cấp huyện đã giải quyết nhưng còn khiếu nại (Điều 20 Luật khiếu nại, tố cáo).
Về thẩm quyền giải quyết khiếu nại của Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp huyện có quy định khác với Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp xã. Điều 20 Luật khiếu nại, tố cáo không quy định khác với Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp huyện giải quyết khiếu nại đối với quyết định hành chính, hành vi hành chính của cán bộ, công chức do mình quản lý trực tiếp. Bởi vì ở Ủy ban nhân dân cấp huyện tất cả nhân viên (cán bộ, công chức) đều thuộc thẩm quyền quản lý trực tiếp của một cơ quan chuyên môn của huyện, do đó nếu có khiếu nại đó với một cán bộ, công chức nào thì do thủ trưởng cơ quan thuộc Ủy ban nhân dân cấp huyện giải quyết.
Quy định này cũng được áp dụng với việc giải quyết khiếu nại của Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, Bộ trưởng, thủ trưởng cơ quan ngang Bộ, thủ trưởng cơ quan thuộc Chính phủ.
- Thủ trưởng cơ quan thuộc Sở và cấp tương đương có thẩm quyền giải quyết khiếu nại đối với quyết định hành chính, hành vi hành chính của mình, của cán bộ, công chức do mình quản lý trực tiếp (Điều 21 Luật khiếu nại, tố cáo).
- Giám đốc Sở và cấp tương đương thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có thẩm quyền:
+ Giải quyết khiếu nại đối với quyết định hành chính, hành vi hành chính của mình, của cán bộ, công chức do mình quản lý trực tiếp.
+ Giải quyết khiếu nại mà thủ trưởng cơ quan thuộc sở hoặc cấp tương đương dã giải quyết nhưng còn có khiếu nại (Điều 22 Luật khiếu nại, tố cáo).
- Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố Trung ương (gọi chung là cấp tỉnh) có thẩm quyền:
+ Giải quyết khiếu nại đối với quyết định hành chính, hành vi hành chính của mình;
+ Giải quyết khiếu nại mà Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp huyện đã giải quyết nhưng còn có khiếu nại; quyết định này là quyết định giải quyết khiếu nại cuối cùng;
+ Giải quyết khiếu nại mà Giám đốc sở hoặc cấp tương đương thuộc Ủy ban nhân dân cấp tỉnh đã giải quyết nhưng còn có khiếu nại mà nội dung thuộc phạm vi quản lý của Ủy ban nhânh dân cấp tỉnh; quyết định nay là quyết định giải quyết khiếu nại cuối cùng.
1.3.2 - Thẩm quyền, trách nhiệm của các tổ chức Thanh tra Nhà nước trong việc giải quyết khiếu nại, tố cáo:
Từ trước đến nay việc xem xét giải quyết các khiếu nại, tố cáo của công dân luôn được xác định là nhiệm vụ quan trọng của các tổ chức Thanh tra Nhà nước. Luật Khiếu nại, tố cáo năm 2005 quy định thẩm quyền và trách nhiệm của tổ chức thanh tra trong việc xem xét và giải quyết khiếu nại, tố cáo có thể chia thành các nhóm:
Tổng thanh tra có thẩm quyền:
1. Giải quyết khiếu nại mà Thủ trưởng cơ quan thuộc Chính phủ đã giải quyết lần đầu nhưng còn có khiếu nại;
2. Giúp Thủ tướng Chính phủ theo dõi, kiểm tra, đôn đốc các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, Uỷ ban nhân dân các cấp trong việc tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, thi hành quyết định giải quyết khiếu nại đã có hiệu lực pháp luật.
Trường hợp phát hiện có hành vi vi phạm pháp luật gây thiệt hại đến lợi ích của Nhà nước, quyền, lợi ích hợp pháp của công dân, cơ quan, tổ chức thì kiến nghị Thủ tướng Chính phủ hoặc kiến nghị người có thẩm quyền áp dụng biện pháp cần thiết để chấm dứt vi phạm, xem xét trách nhiệm, xử lý đối với người vi phạm.” (Điều 26).
+ Chánh Thanh tra các cấp, các ngành có trách nhiệm xác minh, kết luận, kiến nghị việc giải quyết khiếu nại thuộc thẩm quyền giải quyết của Thủ trưởng cơ quan cùng cấp quản lý (Điều 27)
1.3.3- Thẩm quyền của Thủ tướng Chính phủ trong việc giải quyết khiếu nại:
Theo quy định của hiến pháp năm 1992 và Luật tổ chức Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ có trách nhiệm tổ chức, chỉ đạo công tác giải quyết khiếu nại, tố cáo. Đồng thời Thủ tướng Chính phủ là người đứng đầu Chính phủ - cơ quan hành chính Nhà nước cao nhất, có trách nhiệm tổ chức, chỉ đạo, quản lý hoạt dộng của các cơ quan hành chính Nhà nước từ trung ương đến địa phương. Để thể chế hóa quy định của hiến pháp, phù hợp với vị trí, vai trò của Thủ tướng Chính phủ, Điều 28 Luật khiếu nại tố cáo có quy định Thủ tướng Chính phủ có những thẩm quyền sau:
1. Lãnh đạo công tác giải quyết khiếu nại của các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, Uỷ ban nhân dân các cấp;
2. Xử lý các kiến nghị của Tổng thanh tra quy định tại khoản 2 Điều 26 của Luật khiếu nại, tố cáo.”