Thừa nhận và bảo vệ quyền BĐGCDN là nguyên tắc. Tuy nhiên, điều đó khơng có nghĩa mọi doanh nghiệp đều có quyền lợi và nghĩa vụ như nhau khi chúng khác nhau về điều kiện cụ thể. Trong hoạt động quản lý nhà nước về kinh tế, khi thực hiện chức năng điều tiết nền kinh tế, nhà nước có thể sử dụng chính sách thuế, chính sách lãi suất để ưu tiên, thúc đẩy các hoạt động đầu tư theo mục tiêu, chiến lược của nhà nước hoặc kích cầu nền kinh tế. Điều đó có nghĩa, bản chất của chính sách ưu tiên là cần thiết và hợp lý. Tuy nhiên, khi chính sách ưu tiên được đặt khơng đúng doanh nghiệp cần được ưu tiên thì sẽ tạo ra bất BĐGCDN. Trong nền KTTT, doanh nghiệp thuộc mọi thành phần kinh tế đều tham gia đóng thuế thu nhập doanh nghiệp trên cơ sở doanh thu của doanh nghiệp. Với nghĩa vụ và khả năng đóng góp bình đẳng, các doanh nghiệp cũng sẽ có các quyền lợi như nhaụ Tuy nhiên, sự bình đẳng cịn là ở chỗ, phù hợp với tính chất ngành và mục tiêu của nhà nước, doanh nghiệp kinh doanh trong những lĩnh vực khác nhau sẽ được hưởng quyền lợi và nghĩa vụ khác nhaụ Nhà nước cần phải ban hành đầy đủ các chính sách ưu tiên và công khai thông báo trên các phương tiện thông tin để mọi doanh nghiệp và tồn xã hội được biết. Để các chính sách ưu tiên đến được với mọi doanh nghiệp, nhà nước phải triệt để xóa bỏ hình thức ưu tiên theo sở hữu (DNNN, DNTN, doanh nghiệp FDI). Các tiêu chí để ưu tiên chỉ gắn vào yếu tố ngành nghề, lĩnh vực, yếu tố vùng,
miền, yếu tố quy mô (nhỏ) dễ tổn thương. Trong đó, tính minh bạch khi gắn vào doanh nghiệp vừa và nhỏ cần phải làm rõ hơn về: (i) tiêu chí doanh nghiệp nhỏ, (ii) tiềm năng đóng góp cho xã hội, và (iii) những nhân tố khách quan gây ảnh hưởng đến doanh nghiệp. Các hình thức ưu tiên phải loại bỏ các yếu tố làm cho các khoản ưu tiên được đặt vào những loại hình doanh nghiệp cụ thể, gây bất bình đẳng. Nhà nước phải chuyển từ ưu tiên theo sở hữu (ưu tiên DNNN) sang ưu tiên theo lĩnh vực, vùng miền,... Xóa bỏ tư duy độc quyền bán các hàng hóa, dịch vụ cơng ích của DNNN.
Gần với chính sách ưu tiên, hình thức chỉ định thầu cũng cần được minh bạch hóạ Quy định về chỉ định thầu cần được sửa đổi để phù hợp với yêu cầu bảo đảm quyền bình đẳng doanh nghiệp. Điều này địi hỏi việc xây dựng pháp luật phải cân nhắc đối với các trường hợp chỉ định thầu để hạn chế những tiêu cực trong chỉ định thầụ Hiện tại, phạm vi chỉ định thầu ở Việt Nam khá rộng và một số quy định chưa rõ ràng. Tại Khoản 1 Điều 20 Luật Đấu thầu đưa ra 5 trường hợp có thể chỉ định thầụ Tuy nhiên, cần phải đánh giá đầy đủ mặt trái của chỉ định thầu và mức độ cần thiết phải chỉ định thầu trong từng trường hợp cụ thể. Theo tác giá luận án, cần quy định chặt chẽ hơn về chỉ định thầu, đánh giá đúng sự cần thiết của trường hợp chỉ định thầụ Điều 20 nên được sửa đổi, chỉ quy định áp dụng chỉ định thầu đối với hai trường hợp: (i) cơng trình phịng thủ quốc gia, cơng trình an ninh quốc gia và (ii) những trường hợp sự cố bất khả kháng do thiên tai, địch họa, sự cố cần khắc phục ngaỵ Đồng thời, Luật đấu thầu cũng cần bổ sung quy định về nguyên tắc công khai trong chỉ định thầu, các tiêu chuẩn của nhà thầu trong trường hợp chỉ định thầu và điều kiện trở thành người có thẩm quyền chỉ định thầụ Luật đấu thầu cũng cần quy định rõ trách nhiệm của cá nhân người có thẩm quyền ra quyết định áp dụng chỉ định thầụ Điều đó sẽ đảm bảo tính chặt chẽ trong chỉ định thầu, tránh chỉ định thầu tràn lan, làm lợi cho doanh nghiệp được chỉ định, thiệt hại cho nhà nước và gây bất bình đẳng đối với doanh nghiệp khơng được chỉ định thầụ
Để minh bạch hóa chính sách ưu tiên doanh nghiệp, các quy định pháp luật liên quan đến huy động vốn, vấn đề cấp vốn nhà nước đầu tư vào doanh nghiệp cũng cần phải rõ ràng. Trong khi luật thực định đạt được sự thống nhất về tổ chức và quản lý các loại hình doanh nghiệp trong Luật Doanh nghiệp 2005 thì các quy định về huy động vốn lại được quy định phân tán và thiếu rõ ràng.
Trong các ưu tiên của nhà nước, vấn đề cấp vốn, cho vay vốn từ ngân sách, vốn vay ODA và vốn vay từ phát hành trái phiếu Chính phủ cho các doanh nghiệp cũng cần được làm rõ. Việc đầu tư vốn nhà nước vào các doanh nghiệp hiện nay được quy định trong Luật Đầu tư, Luật Doanh nghiệp và Nghị định số 38/2013/NĐ-CP ngày 23/4/2013, Nghị định số 71/2013/NĐ-CP ngày 11/7/2013 của Chính phủ. Trước đó, vấn đề quản lý và sử dụng ODA được thực hiện theo Nghị định số 131/2006/NĐ-CP ngày 9/11/2006 của Chính phủ. Nghị định số 71/2013/NĐ-CP được đánh giá có nhiều điểm mới nhằm tăng cường kiểm soát và hạn chế sự đầu tư dàn trải nguồn vốn nhà nước. Nghị định cũng nằm trong chương trình đổi mới quản
lý nhà nước đối với doanh nghiệp khơng phân biệt hình thức sở hữu và điều chỉnh quản lý, hoạt động, nâng cao hiệu quả DNNN khi thực hiện cam kết gia nhập WTO
(Ban hành kèm theo Quyết định số 1715/QĐ-TTg ngày 26/10/2009 của Thủ tướng Chính phủ). Trong hệ thống pháp luật hiện hành khơng có quy định nào ưu tiên cho DNNN vay vốn. Tuy nhiên, hầu hết các nguồn vốn này đã được cấp cho DNNN thông qua các quyết định cá biệt theo sự chỉ đạo của Chính phủ. Trong Nghị định số 71/2013/ NĐ-CP, các quy định về nguyên tắc, hình thức và điều kiện đầu tư vốn nhà nước vào các doanh nghiệp cũng chưa được nêu rõ ràng, cụ thể. Bộ Tài chính sẽ có trách nhiệm ban hành Thơng tư hướng dẫn thực hiện Nghị định. Tuy nhiên, trong nhiều trường hợp, thơng tư thường trích dẫn lại nghị định hoặc bỏ qua những quy định khó hiểu, đẩy trách nhiệm cho cơ quan thực thi, tạo ra sự tùy tiện. Yêu cầu đặt ra là, Bộ Tại chính cần làm rõ Khoản 2 Điều 4 quy định nguyên tắc: "Đầu tư vốn nhà nước vào doanh nghiệp phải đúng mục tiêu, có hiệu quả, phù hợp với từng dự án đầu tư và phải cơng khai, minh bạch". Nhưng điều đó khơng đảm bảo rằng các quyết định về đầu tư vốn từ nguồn vốn nhà nước đến đúng địa chỉ những doanh nghiệp hoạt động theo mục tiêu và hiệu quả. Các vấn đề cụ thể phải làm rõ như: thế nào là đúng mục tiêu, khi đầu tư vốn cho doanh nghiệp không đúng mục tiêu, không hiệu quả thì trách nhiệm của người ra quyết định như thế nàọ Trong thực tế Vinashin đã đầu tư ra ngoài ngành, thua lỗ nhưng vẫn được cấp 300 triệu USD để trả nợ. Điều đó vừa cho thấy sự thiếu khả thi của các quy định vừa có thể tạo ra những tiền lệ cho DNNN khác tạo ra bất bình đẳng nghiêm trọng. Theo đó, vấn đề
cần giải quyết là, các quy định pháp luật phải thể chế hóa đầy đủ các nguyên tắc, điều kiện và thẩm quyền quyết định đầu tư, đảm bảo dễ hiểu, dễ áp dụng và kiểm trạ Đồng thời phải bổ sung quy định về trách nhiệm giải trình của người có thẩm quyền quyết định đầu tư vốn vào doanh nghiệp.