Hiện nay có hai loại hình cơ quan quản lý cạnh tranh ở Việt Nam: Cục Quản lý cạnh tranh thuộc Bộ Công Thương và Hội đồng Cạnh tranh do Thủ tướng Chính phủ ra quyết định thành lập. Cục Quản lý cạnh tranh là cơ quan thực hiện chức năng điều tra các hành vi vi phạm Luật Cạnh tranh và chỉ xử lý đối với hành vi cạnh tranh không
lành mạnh. Những vụ việc liên quan đến hành vi hạn chế cạnh tranh được được Cục Quản lý cạnh tranh điều tra và giao Hội đồng cạnh tranh xử lý. Như thế, Cục Quản lý cạnh tranh vừa mang tính chất hành chính, vừa mang tính chất của cơ quan tài phán. Trong khi Hội đồng Cạnh tranh chỉ thể hiện vai trò của cơ quan xét xử mà không điều tra vụ việc. Những bất cập của mơ hình hai cơ quan này thể hiện ở chỗ:
- Trong điều kiện Việt Nam, Bộ Công thương thực tế vừa là cơ quan quản lý, vừa là Bộ chủ quản của một số DNNN thì cơ quan quản lý cạnh tranh thuộc Bộ sẽ không đảm bảo tính khách quan, cơng bằng trong điều tra, xét xử các vụ việc cạnh tranh, tạo ra bất bình đẳng cho doanh nghiệp.
- Về cơ cấu tổ chức của Hội đồng Cạnh tranh với số lượng ít (16) người, chỉ có 8 người chuyên trách, trong khi nền KTTT ngày càng cạnh tranh gay gắt, khó đáp ứng được yêu cầu cơng việc. Cục Quản lý cạnh tranh cũng gặp khó khăn tương tự khi lực lượng còn mỏng, các chuyên gia được đào tạo rất ít, trong khi phải đảm nhiệm nhiều công việc quản lý, dẫn đến sự quá tải, không đáp ứng được yêu cầu công việc.
- Hội đồng Cạnh tranh hiện nay không rõ ràng về tổ chức. Nghị định số 05/2006/NĐ-CP mới chỉ quy định Hội đồng cạnh tranh là cơ quan thực thi quyền lực nhà nước độc lập, khơng quy định thuộc Bộ Cơng Thương hay Chính phủ. Tuy nhiên nghị định quy định Bộ trưởng Bộ Công thương cịn có quyền đề nghị Thủ tướng bổ nhiệm, miễn nhiệm thành viên và chủ tịch Hội đồng cạnh tranh (Điều 5), quy định chức năng, nhiệm vụ của Ban thư ký Hội đồng và phê duyệt quy chế tổ chức hoạt động. Bên cạnh đó, kinh phí hoạt động của Hội đồng cũng được bố trí theo ngân sách dự tốn hàng năm của Bộ Cơng Thương. Điều đó khơng tạo ra một vị thế vững chắc để cơ quan này độc lập với Bộ Công thương và các doanh nghiệp trong điều tra, xử lý vụ việc một cách khách quan, công bằng.
Về nguyên tắc, cơ quan quản lý cạnh tranh phải đảm bảo tính độc lập với các doanh nghiệp. Trước thực tế trên, pháp luật nên quy định thống nhất Cục quản lý cạnh tranh với Hội đồng Cạnh tranh thành một cơ quan. Cơ quan quản lý cạnh tranh tổ chức dưới hình thức cơ quan ngang bộ, thực hiện đồng thời cả chức năng điều tra và chức năng xét xử. Khi đứng độc lập với các bộ chủ quản của các DNNN, các hoạt động của cơ quan quản lý cạnh tranh mới đảm bảo được quyền BĐGCDN.
Kinh nghiệm của Australia cho thấy, để giải quyết vấn đề của DNNN, nhằm đảm bảo cạnh tranh bình đẳng, Chính phủ nước này đã đưa ra một định nghĩa đầy đủ về ý nghĩa của cạnh tranh bình đẳng và thành lập ra một cơ quan chuyên trách giải quyết các khiếu nại về Cạnh tranh bình đẳng. Việc lựa chọn cơ cấu tổ chức cho cơ quan này trên cơ sở phát huy tính khách quan và hiệu quả trong xử lý cơng việc, phục vụ cho mục tiêu phát triển kinh tế. Do đó, Chính phủ đã quyết định thành lập Văn phịng
giải quyết khiếu nại về cạnh tranh bình đẳng thuộc Ủy ban Năng suất của Chính phủ.