vẫn tham gia điều hành việc hành chính trên toàn quốc, nhưng theo lời dụ của vua Minh Mệnh thì “những việc quân, việc nước trọng yếu, cơ mật và lớn lao cần phải để riêng làm một sở…” 4/ nên lập ra Viện cơ mật. Bên cạnh đó, nhà vua đã lập ra Đô sát viện là cơ quan Tư pháp để giám sát hoạt động của Lục bộ từ địa phương đến trung ương; gộp 4 cơ quan thời Gia Long là Thị thư viện, Thị hàn viện, Nội hàn viện và Thượng bảo ty thành Nội các (đầu tiên gọi là Văn thư phòng), coi như một cơ quan độc lập của triều đình để giúp vua chuyên trách giải quyết các công việc về công văn, giấy tờ như: xét duyệt các văn bản trước khi trình lên vua, làm phiếu nghĩ, thư bài, soạn các bản phúc đáp, kính sao bản vua phê, phụng sao lời chỉ dụ, sao lục phát giao công văn, coi giữ ấn tín, kiềm ký, long bài, lưu giữ châu bản và các ngự chế thi văn,v.v... Ngoài ra còn các cơ quan chuyên môn khác như: Lục tự, Tôn nhân phủ, Khâm thiên giám, Quốc sử quán, Hàn lâm viện, Vũ khố,v.v… Chức năng, nhiệm vụ của các cơ quan mới lập cũng như một số cơ quan đã có từ trước được phân định rõ ràng, không có sự chồng lấn, dẫm đạp lên nhau. Nhà vua cũng quy định cơ chế cần thiết để các cơ quan trên khống chế lẫn nhau cùng giúp nhà vua chống lại sự nổi dậy của các thế lực chống đối, chống giặc ngoại xâm bảo vệ đất nước.
Đối với các địa phương, vua Minh Mệnh không trao các quyền rộng rãi như dưới thời vua Gia Long. Các trấn muốn thực hiện một công vụ đều phải lập tờ tâu gửi về kinh đô để trình lên nhà vua phê chuẩn rồi mới được triển khai. Vua Minh Mệnh không muốn có sự tồn tại của 2 đơn vị hành chính địa phương từng tồn tại dưới thời vua Gia Long với đặc quyền rất lớn là Bắc Thành và Gia Định. Nhà vua đã xóa bỏ các cấp hành chính thành, trấn, doanh và đặt ra một cấp hành chính mới dưới bộ máy trung ương gọi là cấp tỉnh và chia lãnh thổ đất nước thành nhiều tỉnh. Năm 1831, Bắc thành bị bãi bỏ, miền Bắc từ Thừa Thiên trở ra được chia thành 18 tỉnh. Năm 1832, từ Thừa Thiên trở vào được chia thành 12 tỉnh. Riêng Thừa Thiên thì vẫn gọi là phủ. Kinh đô Huế trước đó cũng đã được tách ra khỏi đất kinh
4/ Xem thêm: Nguyễn Minh Tường: Cải cách hành chính dưới triều Minh Mệnh1820-1840, Nxb KHXH, Hà Nội, 1996. Hà Nội, 1996.
kỳ không có 4 dinh trong đó như trước. Việc phân chia các tỉnh được tính toán khoa học nên đã tạo được sự ổn định và còn ảnh hưởng đến nhiều thế kỷ về sau. Quan trọng hơn là việc điều hành trở nên thuận lợi hơn nhiều. Nạn cát cứ, lộng quyền bị ngăn chặn đáng kể. Mặc dù là xuất phát từ ý chí của nhà vua và để phục vụ cho mục tiêu củng cố quyền lực của vương triều, nhưng sự phân chia đơn vị hành chính thời Minh Mệnh được tiến hành rất thận trọng dựa trên cơ sở đặc điểm địa lý, văn hóa, dân cư của từng miền cụ thể. Một ví dụ minh họa: Khi lập tỉnh An Giang vào năm 1832, so với các tỉnh khác của Nam Kỳ đều được lập trước đó, vua Minh Mệnh dụ rằng: “Đất Châu Đốc là nơi rất xung yếu nhưng dân cư chưa được đông đúc, địa lợi chưa được mở mang. Gần đấy có Vĩnh Long, đất rộng, dân giàu hơn cả mọi hạt. Vậy xin tách lấy hai huyện Vĩnh An và Vĩnh Định thuộc Vĩnh Long gộp với Châu Đốc làm tỉnh An Giang”5/. Đủ biết, vua Minh Mệnh là người tính toán rất thực tế. Bài học về sự phân chia có cơ sở khoa học các đơn vị hành chính tỉnh thời Minh Mệnh đối với chúng ta hôm nay rõ ràng đang có giá trị không chỉ trên phương diện điều hành mà cả về cơ sở để xây dựng và phát triển đất nước toàn diện, lâu dài.
Tổ chức bộ máy hành chính triều Nguyễn được thiết lập và ổn định từ triều Minh Mệnh, các triều đại sau tuy có ít nhiều điều chỉnh nhưng về cơ bản hầu như cơ cấu tổ chức đó vẫn được giữ nguyên cho đến hết triều Nguyễn. Trong quá trình cải cách bộ máy hành chính, các nguyên tắc quan trọng mà các vua triều Nguyễn đề ra từ đầu, như quyền lực có thể kiểm soát được, bộ máy được tổ chức gọn nhẹ và có hệ thống đã được theo đuổi một cách kiên trì. Bộ máy giám sát quyền lực dưới triều Nguyễn vừa có tính độc lập cao vừa rất mạnh. Ngoài Đô sát viện, giám sát bộ máy hành chính từ trung ương đến địa phương còn có hệ thống giám sát của Lục khoa và 16 quan giám sát Ngự sử. Bộ máy giám sát đó được vua trao quyền lực rất lớn, không chịu bất cứ sức ép nào trong hoạt động, thậm chí được can gián cả vua. Còn Đô sát viện thì có quyền kiểm tra các cơ quan khác và đàn