1.Hạn chế, vướng mắc từ nguyên nhân chủ quan
Nghị quyết số 39-NQ/TW có mức độ và phạm vi ảnh hưởng đến mọi cơ quan, đơn vị, cán bộ, công chức, viên chức, có tác động đến quyền lợi của một số bộ phận, con người vì sự sắp xếp chung. Nhiều cơ quan đang hoạt động ổn định ngại thay đổi, một số cán bộ, công chức, viên chức có tư tưởng cố hữu, chưa tin vào sự thành công của việc sắp xếp, tinh giản.
2.Hạn chế, vướng mắc từ nguyên nhân khách quan
- Việc sắp xếp tổ chức bộ máy cơ quan chuyên môn cấp tỉnh, cấp huyện thực hiện theo Nghị định số 24/2014/NĐ-CP ngày 04/04/2014 và Nghị định số 37/2014/NĐ-CP ngày 05/5/2014 của Chính phủ, trên cơ sở Luật Tổ chức HĐND và UBND năm 2003. Nay, Luật này đã được thay thế bằng Luật Tổ chức chính quyền địa phương năm 2015. Do vậy, các Thông tư liên tịch của Bộ Nội vụ và Bộ Chuyên ngành hướng dẫn thực hiện Nghị định 24/2014/NĐ-CP và Nghị định số
37/2014/NĐ-CP có một số nội dung không còn phù hợp với Luật Tổ chức chính quyền địa phương.
- Việc chuyển các đơn vị sự nghiệp công lập sang cơ chế tự chủ theo Nghị định số 16/2015/NĐ-CP còn chậm do các Bộ chuyên ngành chưa hoàn thành xây dựng và trình Chính phủ sửa đổi, ban hành Nghị định quy định cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công trong từng lĩnh vực trên cơ sở Nghị định số 16/2015/NĐ- CP (đến nay Chính phủ mới ban hành Nghị định quy định cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công lập ngành tư pháp, tài chính và lĩnh vực khác; các lĩnh vực y tế, giáo dục và lĩnh vực còn lại chưa ban hành).
- Việc chuyển đổi đơn vị sự nghiệp thành công ty cổ phần: Theo khoản 1b Điều 2 Quyết định số 22/2015/QĐ-TTg ngày 22/6/2015 của Thủ tướng Chính phủ về việc chuyển đơn vị sự nghiệp công lập thành công ty cổ phần có quy định điều kiện chuyển đổi phải thuộc danh mục chuyển đổi do Thủ tướng Chính phủ quyết định, đến ngày 17/7/2017 mới được ban hành. Do vậy, các đơn vị UBND thành phố đã lựa chọn chuyển đổi sang công ty cổ phần chưa hoàn thành.
- Các trường hợp tinh giản biên chế theo khoản 1 điều 6 Nghị định số 108/2014/NĐ-CP của Chính phủ có nhiều tiêu chí chặt chẽ, trong khi tiêu chí theo đề án vị trí việc làm lại đang trong quá trình xây dựng, chưa khuyến khích đối tượng tự nguyện nghỉ tinh giản biên chế... dẫn đến chưa thể sớm thay thế, nâng cao đội ngũ cán bộ, tỷ lệ nghỉ tinh giản biên chế theo Nghị định số 108/2014/NĐ-CP chưa cao
- Theo khoản 1, điều 12 Nghị định số 41/2012/NĐ-CP ngày 08/5/2012 của Chính phủ quy định về vị trí việc làm trong đơn vị sự nghiệp công lập, có quy định: Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ hướng dẫn cụ thể việc xác định vị trí việc làm, số lượng người làm việc, cơ cấu viên chức theo chức danh nghề nghiệp trong đơn vị sự nghiệp công lập thuộc ngành, lĩnh vực được giao quản lý; tuy nhiên hầu hết các Bộ chưa ban hành Thông tư hướng dẫn, do vậy đề án vị trí việc làm trong đơn vị sự nghiệp chậm hoàn thành, thiếu cơ sở thực hiện; việc cơ cấu lại đội ngũ gặp khó khăn.