Môi trường thể chế là yếu tố cơ sở cho quá trình xác định và chuyển dịch cơ cấu kinh tế. Môi trường thể chế thường gắn bó chặt chẽ với thể chế chính trị và đường lối xây dựng kinh tế. Nói cách khác, quan điểm, đường lối chính trị nào sẽ có môi trường thể chế đó, đến lượt nó, môi trường thể chế lại ước định các hướng chuyển dịch cơ cấu
ngành kinh tế nói chung và cơ cấu nội bộ từng ngành, từng vùng và thành phần kinh tế. Môi trường thể chế là biểu hiện cụ thể của những quan điểm, ý tưởng và hành vi của Nhà nước can thiệp và định hướng sự phát triển tổng thể, cũng như sự phát triển các bộ phận cấu thành của nền kinh tế. Trong việc chuyển dịch cơ cấu kinh tế, Nhà nước có vai trò rất quan trọng; đặc biệt trong một chừng mực nhất định hoặc trong ngắn hạn, sự can thiệp của nhà nước còn có vai trò quyết định. Vai trò đó thể hiện tập trung một số nội dung sau:
Thứ nhất, Nhà nước xây dựng và quyết định chiến lược và kế hoạch phát triển kinh tế - xã hội nhằm thực hiện các mục tiêu kinh tế - xã hội tổng thể của đất nước. Đó thực chất là các định hướng phát triển, định hướng phân bổ nguồn lực và đầu tư theo ngành và theo vùng lãnh thổ. Thực hiện tốt vai trò định hướng này, Nhà nước sẽ góp phần quan trọng để khắc phục mặt trái vốn có của cơ chế thị trường tự điều chỉnh.
Thứ hai, bằng hệ thống chính sách, pháp luật và các công cụ khác, Nhà nước khuyến khích hay hạn chế, thậm chí gây áp lực để các doanh nghiệp, các nhà đầu tư (trong và ngoài nước) phát triển sản xuất kinh doanh theo định hướng Nhà nước đã xác định. Thông qua hệ thống cơ chế, chính sách, đặc biệt là chính sách về thuế quan, bảo hộ mậu dịch, ưu đãi đầu tư, Nhà nước có thể ngăn cản một cách hữu hiệu sự di chuyển của các dòng vốn đầu tư hoặc các luồng di chuyển hàng hóa dịch vụ giữa các quốc gia, các ngành hay các vùng lãnh thổ. Qua đó, Nhà nước có thể điều chỉnh, hạn chế, thậm chí ngăn cản quá trình hình thành và chuyển dịch cơ cấu kinh tế.
Thứ ba, Trong một số trường hợp, Nhà nước trực tiếp đầu tư xây dựng các cơ sở kinh tế, nhất là các cơ sở kinh tế sử dụng công nghệ mới, tạo ra sản phẩm mới trong những lĩnh vực cần ưu tiên hoặc có tác dụng thúc đẩy sự phát triển. Trong trường hợp này, vai trò của Nhà nước có tác động to lớn đến chuyển dịch cơ cấu kinh tế hoặc thậm chí điều chỉnh, tạo ra cơ cấu kinh tế mới trong thời gian ngắn. Tuy nhiên, cũng như trong mô hình chuyển dịch cơ cấu kinh tế theo phương pháp Kế hoạch hóa tập trung, Nhà nước đã quá lạm dụng vai trò tác động của mình, xem nhẹ vai trò của thị trường. Chính vì vậy trong dài hạn, sự can thiệp trực tiếp nhiều khi không đạt được kết quả như mong muốn mà còn gây tác động ngược lại.
Thứ tư, môi trường thể chế tác động đến sự chuyển dịch cơ cấu kinh tế thông qua sự tác động gián tiếp của hệ thống chính trị. Sự ổn định về chế độ chính trị hay môi trường thể chế tạo điều kiện tâm lý cho nhà đầu tư yên tâm bỏ vốn sản xuất kinh doanh trong ngắn hạn cũng như trong dài hạn. Sự ổn định của thể chế chính trị cũng như sự ổn định kinh tế vĩ mô và đường lối đối ngoại rõ ràng và rộng mở, đa phương hoá, đa dạng hoá các mối quan hệ chính là lợi thế của bất kỳ quốc gia nào trong quá trình chuyển dịch cơ cấu kinh tế.