Cơ cấu tổ chức và phân cấp, phân nhiệm, xét về bản chất, là sự phân chia trách nhiệm và quyền hạn trong một tổ chức, do đó có ảnh hưởng quan trọng đến việc thực hiện chức năng, nhiệm vụ, đến chất lượng công việc của tổ chức đó. Thông thường, một cơ cấu tổ chức và phân cấp, phân nhiệm hợp lý, hiệu quả phải xác định rõ ràng, tách bạch trách nhiệm, quyền hạn và mối quan hệ phối hợp, kiểm soát lẫn nhau giữa các bộ phận.
Đối với DNKT, đối tượng kiểm toán rất rộng, liên quan đến tất cả các lĩnh vực kinh tế, các ngành nghề doanh nghiệp…; mặt khác tổ chức một cuộc kiểm toán được thực hiện theo mô hình nhóm kiểm toán, vì thế việc phân công, phân cấp nhiệm vụ lại càng có ý nghĩa quan trọng hơn. Nếu việc thiết lập cơ cấu tổ chức và phân cấp, phân nhiệm không hợp lý sẽ dễ tạo ra sự chồng chéo, thiếu chuyên sâu về từng lĩnh vực, dẫn tới CL công việc không cao. Do đó, cơ cấu tổ chức của DNKT
nên theo hướng thành lập các phòng kiểm toán theo lĩnh vực (khối DN nước ngoài, DN vừa và nhỏ, các DN xây lắp, doanh nghiệp đầu tư, doanh nghiệp sản xuất, doanh nghiệp niêm yết, các tổ chức tín dụng…), tạo điều kiện cho các đơn vị, KTV tăng cường trách nhiệm và chuyên sâu, từ đó phát huy sở trường và khả năng mỗi KTV để nâng cao CL, hiệu quả kiểm toán. Đồng thời, cần phải phân cấp cụ thể, quy định rõ trách nhiệm và quyền hạn của từng phòng ban, bộ phận, nhất là trách nhiệm của nhóm kiểm toán, trưởng phòng kiểm toán, chủ nhiệm kiểm toán và các KTV; trong đó cần đặc biệt chú trọng xác định rõ trách nhiệm của vị trí, từng khâu trong việc thực hiện cuộc kiểm toán và kiểm soát CLKT.