Một nguyên tắc cơ bản của kiểm toán là phải bày tỏ ý kiến độc lập về BCTC, về hoạt động và sự tuân thủ pháp luật, quy chế, quy định của các đơn vịđược kiểm toán. Tính độc lập của DNKT và KTV là tiền đề cơ bản bảo đảm cho hoạt động kiểm toán khách quan, trung thực; là điều kiện tiên quyết bảo đảm cho hoạt động kiểm toán có hiệu lực, hiệu qủa. Kết qủa kiểm toán có thể bị sai lệch nếu kiểm toán mất tính độc lập trong hoạt động, nhất là kiểm toán đối tượng cơ quan, DNNN, cơ quan hành chính, nơi dễ bịảnh hưởng bởi những quyết định chính trị.
Tính độc lập là yếu tố quan trọng hàng đầu, tác động trực tiếp đến CLKT, bởi vì trong hoạt động kiểm toán mọi ý kiến nhận xét, đánh giá, kết luận cũng như kiến nghị của KTV đều phải dựa trên những bằng chứng kiểm toán và quy định của pháp luật.
Để bảo đảm tính độc lập cho hoạt động kiểm toán thì DNKT phải được độc lập về các vấn đề cơ bản, như: địa vị pháp lý, chi phí hoạt động và nhân sự.
Địa vị pháp lý của một đơn vị là những quy định về cơ cấu tổ chức, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và phạm vi hoạt động…trong các văn bản quy phạm pháp luật. KTĐL có quyền tự xác định cơ cấu tổ chức bộ máy và các quy trình hoạt động mà không bị sự can thiệp từ bên ngoài.
Độc lập về giá phí dịch vụ là điều kiện cơ bản đảm bảo tính độc lập cho KTĐL trong việc thực hiện dịch vụ; KTĐL cần phải được cung cấp dịch vụ với giá phí hợp lý để có thể hoàn thành dịch vụ một cách tốt nhất. Nếu bị hạn chế, chi phối quá lớn về mặt tài chính, DNKT sẽ khó khăn trong hoạt động, phạm vi kiểm toán có thể bị thu hẹp, một số thủ tục và phương pháp kiểm toán có thể bị bỏ qua vì vấn đề giá phí quá thấp. Đặc biệt, nếu giá phí kiểm toán bị phụ thuộc quá nhiều vào đơn vị
được kiểm toán thì sẽ tạo ra sự ràng buộc, tác động tiêu cực đến kết quả kiểm toán, tính khách quan, tính độc lập và CLKT.
Trên thế giới, hầu hết các nước đều quy định việc áp dụng mức phí tối thiểu
cho các hợp đồng kiểm toán và được thể chế hoá trong Luật. Tuy nhiên ở VN vấn đề quy định về mức phí tối thiểu chưa có, một phần cũng bởi CL BCTC của các DN là chưa đồng đều.
Về nhân sự: Sự độc lập của KTĐL gắn liền với sự độc lập của người đứng đầu và KTV. Cơ chế bổ nhiệm lãnh đạo DNKT, nhất là người đứng đầu (chủ phần hùn) có tác động rất lớn đến các quyết định của họ, đặc biệt là về kế hoạch kiểm toán, nội dung của báo cáo kết quả kiểm toán, nội dung công khai trên các phương tiện thông tin đại chúng. Do đó, cần phải có quy định pháp luật rõ ràng, cụ thể về cơ chế bổ nhiệm, miễn nhiệm; Đối với KTV, những người trực tiếp thực hiện kiểm toán, cũng cần phải quy định rõ cơ chế tuyển dụng, sa thải để tránh bị sa thải vì những lý do không khách quan, bảo đảm cho KTV độc lập trong hoạt động. KTV khi tác nghiệp không chịu sự tác động và không phụ thuộc vào đơn vị được kiểm toán; không có xung đột lợi ích hoặc những yếu tố khác làm ảnh hưởng đến tính độc lập của KTV, nhất là các nguy cơ: do tư lợi, tự kiểm tra, sự bào chữa, sự quen thuộc, bịđe dọa.