* Thuế quan
Đối với thuế nhập khẩu, hàng nụng sản ở nước ta hiện đang được bảo hộ bằng thuế cao hơn so với cỏc hàng hoỏ khỏc (thuế suất nhập khẩu bỡnh quõn hàng nụng sản là 24,5%, trong khi đú thuế bỡnh quõn chung là 16%). Mức thuế suất nhập khẩu bỡnh quõn của hàng nụng sản Việt Nam thuộc loại cao trong khu vực (Indonesia: 8,3%, Malaysia 2,5%, Philipin 18%, Thỏi lan 26,5%). Mức độ chờnh lệch giữa cỏc mức thuế lớn, với 12 mức thuế từ 0-100%. Mức thuế thấp nhất (0-10%) chủ yếu ỏp dụng cho một số mặt hàng chưa chế biến như vật tư nụng nghiệp (giống cõy trồng và vật nuụi), nguyờn liệu cụng nghiệp chế biến (Ngụ, khụ dầu đậu tương, bụngv.v..), hàng nụng sản mà chỳng ta cú khả năng cạnh tranh cao hơn. Mức thuế trung bỡnh (15-30%) chủ yếu ỏp dụng cho rau quả tươi và hàng chế biến sơ bộ như sữa, thịt tươi, đụng lạnh cỏc loại và ngũ cốc. Mức thuế cao (40- 50%) chủ yếu ỏp dụng đối với sản phẩm chế biến (đường, thịt, dầu thực vật, hoa quả, rau, chố, cà phờ hũa tan, bột dinh dưỡng v.v..). Mức thuế rất cao (60-100%) ỏp dụng đối với rượu, bia, thuốc lỏ (khụng khuyến khớch sản phẩm tiờu dựng).
Nhỡn tổng thể, việc cắt giảm thuế khụng ảnh hưởng ngược lại khuyến khớch tăng trưởng của cỏc mặt hàng xuất khẩu Việt Nam cú lợi thế như lỳa gạo, cà phờ, hạt điều, hạt tiờu, cao su. Tuy nhiờn, do một số mặt hàng nụng sản Việt Nam hiện nay cú sức cạnh tranh kộm kộm như thịt, sữa, đường, bụng, ngụ, đậu tương, trỏi cõy, việc giảm thuế sẽ dẫn đến gia tăng nhập khẩu của cỏc sản phẩm này của cỏc nụng dõn sản xuất cỏc sản phẩm này.
Như vậy cú thể nhận xột rằng, hàng nụng sản chế biến của ta được bảo hộ cao hơn so với hàng nụng sản sơ chế, ngược lại với xu thế chung của thế giới. Điều này cho thấy ngành cụng nghiệp chế biến của ta mới bắt đầu phỏt triển, nhiều ngành đang là ngành cụng nghiệp non trẻ nờn vẫn cần nhà nước bảo hộ.
* Cỏc biện phỏp phi thuế quan
Thể hiện sự chủ động tớch cực trong hội nhập, Việt Nam đó tớch cực thực hiện cắt, giảm và hoàn thiện hệ thống cỏc biện phỏp phi thuế quan phự hợp với quy định của WTO. Đặc biệt, Quyết định số 46/2001/QĐ-TTg ngày 4/4/2001 của Thủ tướng Chớnh phủ về quản lý xuất khẩu, nhập khẩu hàng húa thời kỳ 2001-2005 đó loại bỏ hàng loạt cỏc hàng rào phi thuế. Tuy nhiờn, nước ta vẫn cũn ỏp dụng biện phỏp cấm (thuốc lỏ điếu -xúa bỏ từ năm 2005) hoặc giấy phộp nhập khẩu (đường) để hạn chế nhập khẩu mỗi khi cú nhu cầu bảo hộ sản xuất trong nước, thể hiện sự quản lý vẫn mang tớnh hành chớnh, mệnh lệnh. Một số loại thuế khỏc cú thể ỏp dụng như hạn ngạch thuế quan chỉ ỏp dụng đối với một số sản phẩm thuế húa cỏc biện phỏp phi thuế quan, thụng qua đàm phỏn, đó ỏp dụng đối với mặt hàng đường, thuốc lỏ lỏ, muối và trứng gia cầm.
Một số cam kết của Việt Nam trong BTA Việt Nam Hoa Kỳ đó được thực hiện trước khi Hiệp định được phờ duyệt và cú hiệu lực như bỏ cỏc đầu mối, hạn ngạch xuất khẩu gạo, hạn ngạch nhập khẩu phõn bún.v.v.. Đối với cỏc hàng húa thuộc diện quản lý chuyờn ngành nụng nghiệp, cũng đó chuyển từ giấy phộp nhập khẩu chuyờn ngành sang cỏc quy định mang tớnh kỹ thuật phự hợp với WTO.
Ngoài ra, một số biện phỏp phi thuế quan khỏc đối với hàng nụng sản được ỏp dụng như kiểm dịch động thực vật được thực hiện theo Nghị định 92/CP và 93/CP ngày 27 thỏng 11 năm 1993 của Chớnh phủ.