Trước năm 1998, nước ta khụng trợ cấp trực tiếp xuất khẩu từ nguồn ngõn sỏch Nhà nước. Từ năm 1998 đến nay, khủng hoảng tài chớnh xảy ra ở cỏc nước chõu Á, Nga làm đồng tiền cỏc nước này mất giỏ nghiờm trọng, kinh tế thế giới tăng trưởng chậm đó làm cho giỏ nụng sản trờn thị trường thế giới giảm mạnh, ảnh hưởng đến đời sống và sản xuất của nụng dõn, khoản trợ cấp xuất khẩu của Chớnh phủ ngày một tăng lờn. Tuy nhiờn, nếu so với cỏc nước khỏc và với sản lượng sản xuất ra và kim ngạch xuất khẩu hàng nụng sản thỡ mức độ trợ cấp của nước ta quỏ nhỏ bộ (AMS chiếm khoảng 4,9% tổng trợ cấp của chớnh phủ).
Theo quyết định số 195/1999/QĐ ngày 27/9/1999, quỹ Hỗ trợ xuất khẩu đó được thành lập nhằm hỗ trợ khuyến khớch đẩy mạnh xuất khẩu hàng húa, mở rộng thị trường xuất khẩu, tăng sức cạnh tranh của hàng húa xuất khẩu Việt Nam. Nguồn thu của quỹ này gồm cỏc khoản phụ thu đối với xuất nhập khẩu một số mặt hàng trong một giai đoạn cụ
thể, trong đú mức phụ thu đối với vật tư nụng nghiệp thay đổi tựy theo loại sản phẩm nhập khẩu (3% đối với phõn đạm, 4% đối với phõn NPK).Cỏc biện phỏp trợ cấp nụng sản xuất khẩu mà Việt Nam thường ỏp dụng như thuế xuất khẩu ưu đói bằng 0%, trợ giỏ xuất khẩu lương thực và cà phờ, bự lỗ xuất khẩu gạo và cà phờ, thưởng xuất khẩu cho cỏc mặt hàng như gạo, cà phờ, thịt lợn và rau quả chế biến (đối tượng mặt hàng nụng sản được bổ sung thờm trong năm 2002). Cỏc biện phỏp đang được sử dụng như trờn về cơ bản khụng phự hợp với quy định của WTO và Việt Nam đó cam kết khụng ỏp dụng trợ cấp xuất khẩu ngay sau khi gia nhập WTO. Song trợ cấp Hộp xanh trong nước ta vẫn được hưởng 10% tổng giỏ trị ngành nụng nghiệp. Ngoài ra, về việc tuõn thủ cỏc biện phỏp kiểm dịch động - thực vật như quy định trong Hiệp định SPS được quan tõm nhiều ở Việt Nam với nhiều văn bản phỏp quy ở cỏc cấp, cỏc ngành như Nghị định số 07/CP ngày 5/2/1996 của Chớnh phủ về quản lý giống cõy trồng, Quyết định số 117/2000/QĐ/BNN-BVTV ngày 20/11/2000 của Bộ NN &PTNT về việc cụng bố danh mục đối tượng kiểm dịch thực vật, Phỏp lệnh Bảo vệ và Kiểm dịch thực vật ngày 25/7/2001, Quyết định số 2027/2001/QĐ- BYT ngày 30/5/2001 của Bộ trưởng Bộ Y tế về “Quy định tạm thời về cụng bố tiờu chuẩn vệ sinh, an toàn thực phẩm”, Phỏp lệnh số 12/2003/PL-UBTVQH11 ngày 26/7/2003 về vệ sinh an toàn thực phẩm, cú hiệu lực ngày 1/11/2003 v.v..Tuy nhiờn, cũng như nhiều nước đang phỏt triển khỏc, Việt Nam gặp khú khăn, nhất là khõu đỏnh giỏ tỡnh hỡnh dịch bệnh trong cả nước để đề ra cỏc tiờu chuẩn SPS phự hợp và khoa học. Yờu cầu Việt Nam phải nhanh chúng chuẩn bị đội ngũ cỏn bộ được đào tạo với một cơ sở đỏp ứng yờu cầu kỹ thuật của cụng tỏc kiểm dịch động thực vật trong phạm vi cả nước, từ trung ương đến địa phương.
Về thực hiện Hiệp định hàng rào kỹ thuật trong thương mại khi gia nhập WTO, Quốc hội đó ban hành Phỏp lệnh 18/1999/PL-UBTVQH10 ngày 24/12/1999 quy định việc ban hành, ỏp dụng tiờu chuẩn chất lượng hàng húa. Cú thể nhận định rằng cỏc quy định liờn quan đến rào cản kỹ thuật của Việt Nam thường khụng tạo ra những rào cản búp mộo thương mại (trừ đối với một số sản phẩm được Bộ quản lý cụ thể). Đồng thời cỏc rào cản kỹ thuật này cũng khụng bị ỏp dụng theo cỏch thức phõn biệt đối xử.
Như vậy, từ kết quả phõn tớch trờn cú thể rỳt ra những điểm chưa phự hợp trong chớnh sỏch nụng nghiệp so với quy định của WTO:
chớnh sỏch hỗ trợ chưa phự hợp, trong khi nhiều chớnh sỏch WTO cho phộp thỡ lại chưa ỏp dụng.
- Chưa xõy dựng được cỏc tiờu chớ ỏp dụng để tạo sự bỡnh đẳng giữa cỏc đối tượng được hưởng trợ cấp. Doanh nghiệp nhà nước là đối tượng được hưởng trợ cấp nhiều nhất. Nụng dõn (người sản xuất nụng nghiệp) được hưởng trợ cấp rất ớt, nhất là đối với nụng dõn nghốo, ở vựng khú khăn. Trong khi đú, cỏc nước như Malaysia, Thỏi Lan v.v..ỏp dụng dạng hỗ trợ này tương đối lớn.
- Diện mặt hàng, số lượng hàng được hưởng mức trợ cấp tựy thuộc vào tỡnh hỡnh thực tế phỏt sinh, khụng lường trước, khụng đảm bảo tớnh cụng khai minh bạch cỏc hoạt động về hỗ trợ xuất khẩu như quỹ hỗ trợ xuất khẩu, thưởng xuất khẩu.