Thanh tra thuế mang những đặc điểm chung giống đặc điểm của thanh tra nói chung và thanh tra chuyên ngành nói riêng, đó là:
Thứ nhất, thanh tra thuế là một hoạt động quyền lực của cơ quan quản lý Nhà nước, là một chức năng của quản lý Nhà nước trong lĩnh vực thuế, thanh tra thuế thực hiện quyền lực của chủ thể quản lý (CQT) đối với đối tượng quản lý (DN). Thanh tra thuế “luôn luôn áp dụng quyền năng của Nhà nước trong quá trình hoạt động của mình và nó nhân danh Nhà nước khi áp dụng quyền năng đó”[57, tr 11].
Thứ hai, thanh tra thuế là một chức năng, một giai đoạn của chu trình quản lý thuế. Thanh tra thuế là một trong bốn chức năng cơ bản của quản lý thuế, là khâu hậu kiểm, thực hiện tốt chức năng giám sát tuân thủ của CQT. Thanh tra thuế có tác động tới hầu hết các giai đoạn của chu trình quản lý thuế: kê khai thuế, tuyên truyền hỗ trợ và cưỡng chế nợ thuế. Xét theo chức năng của quản lý thuế thì thanh tra thuế là công cụ, phương tiện để nhà nước quản lý thuế.
Thứ ba, thanh tra thuế là một hoạt động mang tính chuyên môn hóa cao, được thực hiện theo một quy trình chặt chẽ. Các bước công việc cụ thể để thực
hiện một cuộc thanh tra thuế được chuẩn hóa từng khâu, quy định trách nhiệm rõ ràng cho từng bộ phận, từng cán bộ tham gia quy trình. Để có thể đáp ứng được quy trình thanh tra thuế, đòi hỏi người thanh tra phải được chuyên nghiệp, có trình độ cao, nắm vững được chính sách, pháp luật, am hiểu về kế toán và phải có kỹ năng phân tích, phát hiện, xử lý gian lận của đối tượng thanh tra.
Thứ tư, thanh tra thuế có tính độc lập tương đối. Đây là đặc điểm vốn có, xuất phát từ bản chất của thanh tra, đặc điểm này phân biệt thanh tra thuế với các bộ phận chức năng khác trong bộ máy quản lý thuế. Thanh tra thuế chủ động và độc lập trong việc lập kế hoạch thanh tra, phân bổ nguồn lực thanh tra, trong việc ra quyết định và kết luận thanh tra và độc lập trong cách quan hệ ứng xử với đối tượng được thanh tra khi cần thiết. Thanh tra thuế là thanh tra chuyên ngành, trực tiếp giúp việc cho Thủ trưởng CQT và chịu sự quản lý trực tiếp của Thủ trưởng CQT và có tính chất độc lập tương đối.
Thứ năm, thanh tra thuế được tiến hành đối với mọi cơ quan, tổ chức và cá nhân hoạt động trong phạm vi điều chỉnh của các luật thuế, chịu sự quản lý nhà nước trong lĩnh vực thuế: ví dụ đơn vị sản xuất kinh doanh, đơn vị hành chính sự nghiệp, tổ chức chính trị, xã hội... Đây chính là điểm khác giữa hoạt động thanh tra chuyên ngành và hoạt động thanh tra hành chính (Thanh tra hành chính là hoạt động thanh tra trong nội bộ bộ máy nhà nước; là thanh tra của cơ quan cấp trên đối với cơ quan, đơn vị, cá nhân cấp dưới (thuộc quyền quản lý trực tiếp).
Thanh tra thuế khác với thanh tra các lĩnh vực khác trên các phương diện chủ yếu sau:
Thanh tra thuế được tiến hành dựa vào các quy định của các luật thuế và luật quản lý thuế hiện hành, có thể vận dụng một số luật liên quan khi tính toán nghĩa vụ thuế phải nộp của DN.
Do đặc điểm của DN - đối tượng được thanh tra thuế tương đối rộng, hoạt động ở nhiều ngành nghề, lĩnh vực khác nhau nên đòi hỏi kiến thức sử dụng trong thanh tra thuế phải bao quát và đa dạng.
Thanh tra thuế không chỉ chấn chỉnh việc thực thi pháp luật mà còn nhằm mục đích chống thất thu, góp phần làm tăng thu cho NSNN. Qua thanh
tra thuế, CQT truy thu vào NSNN số thuế thất thu, tiền phạt, tăng tỷ lệ đóng góp vào NSNN.
Thanh tra thuế không chỉ tác động đến hoạt động kinh doanh của DN trong lãnh thổ Việt Nam mà còn tác động đến hoạt động kinh doanh của DN ngoài lãnh thổ Việt Nam, đặc biệt trong giai đoạn hội nhập kinh tế quốc tế.
Phân biệt giữa thanh tra thuế với kiểm tra thuế:
Việc phân biệt thanh tra và kiểm tra thuế ở đây được hiểu là phân biệt theo Pháp luật Việt Nam hiện hành, trong phạm vi giới hạn ở Việt Nam.
Trong thực tế, người ta thường hay nhầm lẫn giữa khái niệm thanh tra thuế và kiểm tra thuế, do đó, cần phân biệt điểm giống và khác nhau giữa hoạt động thanh tra thuế và kiểm tra thuế trong CQT.
Kiểm tra thuế “là hoạt động của CQT xem xét tình hình thực tế của đối tượng kiểm tra, từ đó đối chiếu với chức năng, nhiệm vụ, yêu cầu đặt ra đối với đối tượng kiểm tra để có những nhận xét, đánh giá” [24, tr.491].
Về mặt lý luận và thực tiễn, thanh tra thuế và kiểm tra thuế là hai hoạt động không thể thiếu được của công tác lãnh đạo, quản lý của CQT nhằm đảm bảo pháp luật về thuế được thực thi đúng đắn và hiệu quả.
Thanh tra thuế và kiểm tra thuế có những điểm giống nhau. Đó là:
Về mục đích, thanh tra thuế và kiểm tra thuế đều là một nội dung quan trọng của quản lý thuế. Thanh tra thuế và kiểm tra thuế đều có cùng một mục đích là phát hiện, ngăn ngừa, xử lí những vi phạm pháp luật thuế, góp phần nâng cao hiệu quả quản lý thuế, thúc đẩy NNT tự giác tuân thủ pháp luật thuế, qua đó kiến nghị hoàn thiện cơ chế quản lí thuế, bảo vệ lợi ích Nhà nước, quyền và lợi ích hợp pháp của NNT.
Về đối tượng, đối tượng của thanh tra thuế, kiểm tra thuế là NNT nói chung, bao gồm tổ chức, hộ gia đình, cá nhân nộp thuế theo quy định của pháp luật về thuế.
Về nội dung, thanh tra thuế, kiểm tra thuế đều có nội dung là kiểm tra việc chấp hành pháp luật thuế của NNT.
Về cách thức tiến hành, thanh tra thuế, kiểm tra thuế đều phải xem xét hoạt động thực tế của đối tượng thanh tra để phân tích, đánh giá, phát hiện và xử lý theo qui định pháp luật về thuế, chỉ ra nguyên nhân để NNT có biện pháp khắc phục.
Về phương pháp, đều áp dụng những phương pháp chung để xác định mức độ tuân thủ pháp luật, truy lần lại việc xử lý dữ liệu, tính toán lại và xác minh số liệu để phát hiện các số liệu chưa chính xác.
Về thời điểm tổ chức, hoạt động thanh tra thuế, kiểm tra thuế không chỉ được thực hiện ở một khâu trong hoạt động quản lý thuế mà nó được thực hiện ở tất cả các khâu của quy trình quản lý thuế.
Tuy nhiên, giữa thanh tra thuế và kiểm tra thuế cũng có sự khác nhau nhất định. Đó là:
Về chủ thể tiến hành, chủ thể của thanh tra thuế là bộ phận chuyên trách về công tác thanh tra thuộc CQT, còn chủ thể của kiểm tra thuế thường đa dạng hơn so với chủ thể của thanh tra thuế, bao gồm bộ phận thanh tra thuế, bộ phận kiểm tra thuế và các bộ phận chức năng khác.
Về đối tượng, kiểm tra thuế thường có phạm vi rộng, diễn ra liên tục, ở nhiều khâu với hình thức đa dạng, còn phạm vi hoạt động của thanh tra thuế thường hẹp hơn. Thanh tra thuế thường có sự chọn lọc, đôi khi thông qua kiểm tra thuế có thể thấy những dấu hiệu phức tạp mà nếu cứ tiến hành kiểm tra thuế thì không làm rõ được, bởi vậy, cần chọn ra những đối tượng nào đó để thanh tra thuế.
Về nội dung, thanh tra thuế thường kiểm tra những vấn đề đã xảy ra ở trong quá khứ, khi các nghiệp vụ kinh tế đã phát sinh, hoàn thành, còn nội dung của kiểm tra thuế có thể là những vấn đề hiện tại, đang xảy ra. Tất nhiên, nội dung kiểm tra bao gồm cả những nội dung cụ thể của kiểm tra trước, kiểm tra trong và kiểm tra sau khi các hoạt động kinh tế phát sinh.
Về thời gian, thời gian để tiến hành một cuộc thanh tra thuế thường dài hơn so với thời gian một cuộc kiểm tra thuế do tính chất các vụ việc tiến hành của thanh tra thuế phức tạp, tinh vi.
Về hình thức tổ chức, thanh tra thuế bắt buộc phải thành lập đoàn thanh tra, phải có quyết định thanh tra còn kiểm tra thuế đôi khi không thành lập đoàn kiểm tra và không cần có quyết định kiểm tra.
Về biện pháp áp dụng, thanh tra thuế được áp dụng các biện pháp mạnh hơn (tạm giữ tang vật, tài liệu; khám nơi cất giấu tang vật, tài liệu – theo qui định của Luật Quản lý thuế).
Về trình độ nghiệp vụ, thanh tra thuế đòi hỏi cán bộ thuế phải có nghiệp vụ giỏi, am hiểu tình hình kinh tế- xã hội, có khả năng chuyên sâu vào lĩnh vực thanh tra hướng đến do nội dung thanh tra thuế thường là những vấn đề phức tạp, bản chất vấn đề thường được che dấu có chủ ý nên khó nhận biết. Còn nội dung của hoạt động kiểm tra thuế ít phức tạp hơn nên không nhất thiết đòi hỏi trình độ nghiệp vụ như thanh tra thuế.
Từ những phân tích trên, có thể rút ra nhận xét sau: Thanh tra thuế và kiểm tra thuế - mặc dù có sự phân biệt nhưng chỉ là tương đối; khi tiến hành thanh tra thuế, thường phải tiến hành nhiều thao tác nghiệp vụ, thao tác nghiệp vụ đó thực chất là kiểm tra thuế. Ngược lại, đôi khi tiến hành kiểm tra thuế để làm rõ vụ, việc lại chọn lựa được những nội dung đưa vào thanh tra thuế.
Việc phân biệt thanh tra thuế và kiểm tra thuế không chỉ có ý nghĩa về mặt lý luận mà còn có ý nghĩa về mặt thực tiễn trong việc tổ chức, chỉ đạo, điều hành để tránh sự chồng chéo giữa thanh tra và kiểm tra, giảm phiền hà cho các tổ chức cá nhân là đối tượng thanh tra và kiểm tra, nâng cao chất lượng, hiệu quả của công tác thanh tra.
Tóm lại, thanh tra thuế và kiểm tra thuế là hai khái niệm khác nhau nhưng có liên hệ qua lại, gắn bó và đều là những hoạt động không thể thiếu trong công tác quản lý thuế.