Nội dung xuyên suốt của thanh tra thuế là thanh tra việc chấp hành pháp luật thuế của DN, trong đó bao gồm các nội dung cụ thể sau:
Một là, thanh tra hồ sơ pháp lý, tính trung thực của các tài liệu của DN có liên quan tới pháp luật thuế (Giấy chứng nhận mã số DN, mã số thuế, ngành
nghề kinh doanh, vốn, địa điểm, thời gian thực tế kinh doanh…) nhằm phát hiện và xử lý những gian lận trong kê khai đăng ký thuế. Cần coi trọng việc thanh tra nội dung ghi trong đăng ký kinh doanh, đăng ký thuế vì đây là khâu đầu tiên trong quy trình quản lý thu thuế để tránh bỏ sót đối tượng nộp thuế, đối tượng chịu thuế, bỏ sót nguồn thu.
Việc thanh tra tính pháp lý của các tờ khai thuế gốc, các báo cáo tài chính, các hợp đồng kinh tế gốc, hồ sơ tài liệu đã đủ chữ ký của người có thẩm quyền hay chưa, sổ sách, chứng từ, hóa đơn có đủ tính chất pháp lý hay không,… nhằm đảm bảo hồ sơ thanh tra là đủ cơ sở pháp lý để thanh tra, đảm bảo nguyên tắc an toàn, hợp pháp khi thanh tra.
Hai là, thanh tra việc chấp hành chế độ kế toán, sổ sách, hoá đơn, chứng từ. Việc thực hiện chế độ kế toán, sổ sách, hóa đơn, chứng từ có liên quan chặt chẽ đến việc tính thuế, khai thuế và nộp thuế của DN. Thanh tra nội dung này bao gồm: thanh tra việc tổ chức thực hiện luật kế toán, chuẩn mực kế toán của DN, “kiểm tra việc mở sổ sách kế toán; việc quản lý và sử dụng các loại chứng từ, hóa đơn theo chế độ quy định; hình thức hạch toán, chế độ ghi chép cập nhật sổ sách…”[24, tr.502]. Xác định tính hợp lý, trung thực của từng loại chứng từ, hóa đơn có liên quan như: hóa đơn bán hàng, phiếu xuất kho, chứng từ thu, chi… nhằm đảm bảo chính xác các căn cứ tính thuế, ngăn chặn việc hạch toán sai để trốn, tránh thuế. Do đó, đây là một nội dung thanh tra quan trọng, đòi hỏi cán bộ thanh tra phải am hiểu Luật Kế toán, chuẩn mực kế toán, đồng thời tốn nhiều thời gian, công sức. Thực hiện tốt nội dung thanh tra này sẽ tạo tiền đề cho nội dung thanh tra việc thực hiện kê khai thuế, tính thuế và nộp thuế.
Ba là, thanh tra việc thực hiện kê khai thuế, tính thuế và nộp thuế.
Thanh tra căn cứ tính thuế nhằm mục đích xác định đúng số thuế phải nộp, số thuế đã nộp, số thuế nợ, số thuế được miễn giảm, số thuế được hoàn trong kỳ của DN. Trong thực tế, DN có nhiều hoạt động sản xuất kinh doanh phức tạp, cần phải kiểm tra để xác định đúng đối tượng chịu thuế, đối tượng nộp thuế đúng với quy định của từng sắc thuế là bước quan trọng để xác định mức thuế phải nộp, tránh bỏ sót nguồn thu.
“Kiểm tra căn cứ tính thuế thực hiện thông qua việc xem xét, đối chiếu các sổ sách kế toán, chứng từ hóa đơn và các tài liệu có liên quan: tờ khai, bảng kê mua vào bán ra, tờ khai tự quyết toán,… DN tự tính so với các quy định hiện hành và thực tế sản xuất kinh doanh để phát hiện số thuế đơn vị khai thiếu, số thuế ẩn lậu…”[24, tr.503]. Đây là một khâu rất quan trọng trong quy trình thanh tra thuế, đòi hỏi cán bộ thuế phải nắm vững nội dung quy định của các sắc thuế,