Mặc dù tất cả các công trình nghiên cứu đều nhắc đến tính đa dạng tổ chức, hệ phái như một đặc trưng của đạo Tin lành, tuy nhiên theo khảo sát của tác giả luận án, chưa có công trình nghiên cứu chuyên biệt về sự đa dạng của các tổ chức, hệ phái của đạo Tin lành ở Việt Nam cùng các mối quan hệ theo chiều dọc trong từng tổ chức, hệ phái và theo chiều ngang giữa các tổ chức, hệ phái với nhau.
Từ những nhận định, luận cứ có giá trị được gợi mở, kế thừa từ các công trình đi trước, tác giả luận án cần tiếp tục nghiên cứu làm sáng tỏ một số vấn đề sau:
Vấn đề thứ nhất: Bản thân đạo Tin lành đã đa dạng từ trong quá trình phát sinh, phát triển, được thừa nhận như một đặc trưng “di truyền” của Tin lành thế giới. Vấn đề đặt ra là bản chất sự đa dạng ấy chỉ đơn thuần do chính phát triển nội tại của thực thể tôn giáo này hay còn bị tác động, chi phối bởi nhiều nguyên nhân khác? Có hay không có những nguyên nhân chủ quan và những nguyên nhân khách quan tác động? Trong bối cảnh hiện nay, xu thế toàn cầu hóa, thế tục hóa, tái cấu trúc,… có ảnh hưởng như thế nào đến sự đa dạng của các tổ chức, hệ phái Tin lành? Như vậy, luận án cần luận chứng rõ hơn, phân tích và hệ thống hóa các nhóm nguyên nhân chủ quan, khách quan tác động đến sự ra đời của nhiều tổ chức, hệ phái.
Vấn đề thứ hai: Sự đa dạng về tổ chức, hệ phái Tin lành là vấn đề mang tính quốc tế, không riêng có ở Việt Nam nhưng hiện nay, khi xem xét nghiên cứu, liệu có cần xét đến tính đặc thù ở mỗi quốc gia hay không? Mặt khác, sự đa dạng này chỉ được thống kê qua sự gia tăng cơ học về số lượng các tổ chức, hệ phái hay còn có những đặc điểm, biểu hiện khác? Sự đa dạng này được cộng đồng thừa nhận hay phản ứng, mức độ thừa nhận hay phản ứng đến đâu và tại sao? Điều này đặt ra vấn đề gì cho nghiên cứu lý luận, tổng kết thực tiễn cũng như dự báo xu hướng và đề xuất các giải pháp đồng bộ, khả thi cho công tác quản lý nhà nước?
Vấn đề thứ ba: Luận án cần làm sáng tỏ ảnh hưởng của sự đa dạng về tổ chức, hệ phái của đạo Tin lành ở Việt Nam hiện nay đối với đời sống văn hóa tinh thần của cộng đồng đạo Tin lành, đối với xã hội cũng như với công tác quản lý của Nhà nước, những vấn đề đặt ra và các kiến nghị. Điều này rất quan trọng trong môi trường pháp lý mới ở Việt Nam - Luật Tín ngưỡng, tôn giáo có hiệu lực thực thi năm 2018 và việc Việt Nam hội nhập sâu rộng với thế giới.