Đối với các tổ chức, hệ phái Tin lành du nhập vào Việt Nam trước năm 1975 và hoạt động ổn định cho đến ngày nay, phần lớn hiện đã được nhà nước công nhận tư cách pháp nhân, thu hút đông tín đồ tham gia, hoạt động ổn định, quy mô ngày càng mở rộng điển hình là Hội thánh Tin lành Việt Nam (miền Bắc) và Hội thánh Tin lành Việt Nam (miền Nam). Ngoài ra, nhóm này còn phải kể đến Cơ đốc Phục lâm, Cơ đốc truyền giáo, Báp tít,...
Hội thánh Tin lành Việt Nam được xây dựng trên nền tảng của Liên hiệp Hội truyền giáo Phúc âm CMA. Khi còn mang tên gọi là Hội Tin lành Đông Pháp, vào năm 1942, toàn quyền Đông Dương đã có thư gửi, nhìn nhận Hội thánh là một tôn giáo hợp pháp và được phép truyền giảng trên toàn Đông Dương. Bắt đầu từ năm 1914, công cuộc dịch Kinh thánh sang tiếng Việt được tiến hành. Năm 1925, toàn bộ
Kinh thánh đã dịch xong, đến năm 1926 được phát hành rộng rãi cả nước. Năm 1928, Tổng Liên hội phân chia Hội thánh thành hai hạt (Bắc Trung Bộ và Nam Trung Bộ). Năm 1932, Tổng Liên hội tiếp tục phân chia Hội thánh Bắc Trung Bộ thành hai hạt (Bắc hạt và Trung hạt). Địa hạt Bắc hạt gần với Hội thánh Tin lành Việt Nam (miền Bắc) hiện nay nên cũng đã có ý kiến cho rằng, khi nghiên cứu về Hội thánh Tin lành Việt Nam (miền Bắc) nên bắt đầu từ năm 1932. Năm 1950, Đại Hội đồng Tổng Liên hội biểu quyết dùng tên gọi “Hội thánh Tin lành Việt Nam” cho toàn thể Hội thánh ở cả hai miền Nam Bắc và duy trì tên gọi đó cho đến hiện nay.
Do điều kiện chiến tranh chia cắt đất nước làm hai miền, năm 1962, Đại Hội đồng Hội thánh Tin lành Việt Nam quyết định thành lập Hội thánh Tin lành Việt Nam (miền Bắc). Sự gia tăng tín đồ của Hội thánh từ sau những năm 1990 phần lớn được tính bởi số tín đồ định cư ở nước ngoài, tín đồ trong nước được chứng đạo qua người thân ở nước ngoài và những tín đồ đi xuất khẩu lao động quay trở về, gây dựng Hội thánh,… Sự tăng trưởng thuộc linh ở giai đoạn này cũng không thể không kể tới số tín đồ là đồng bào dân tộc thiểu số Mông, Dao, Tày, Pà thẻn, Nùng,… phần lớn được chứng đạo thông qua việc nghe đài phát thanh. Theo thống kê từ phía Hội thánh, chỉ tính riêng giai đoạn từ tháng 12 năm 2008 đến hết năm 2010, tổng số tín đồ là đồng bào dân tộc thiểu số đã lên tới con số 125 nghìn người. Một yếu tố khác góp phần tạo nên tăng trưởng là sự hỗ trợ từ các tổ chức nước ngoài, điển hình là Hiệp hội Phúc lợi Cơ đốc truyền giáo Hàn Quốc,… Cuối cùng, môi trường chính trị xã hội ổn định cùng chính sách tôn giáo đổi mới của Nhà nước đã góp phần quan trọng khiến Hội thánh Tin lành Việt Nam hoạt động theo đúng đường hướng, tôn chỉ, trở thành tổ chức có số lượng tín đồ lớn nhất trong cộng đồng đạo Tin lành hiện nay.
Hội thánh Tin lành Việt Nam phân biệt thành Hội thánh ở hai miền Nam Bắc do hoàn cảnh chiến tranh chia cắt, không phải do sự tranh giành quyền lợi giữa những người đứng đầu tổ chức. Ở cả hai miền đất nước, Hội thánh Tin lành Việt Nam là một tổ chức độc lập với các tổ chức, hệ phái trong và ngoài nước, Ban Trị sự đều được bầu cử thông qua Đại Hội đồng với hình thức biểu quyết bằng phiếu kín, Hiến chương cơ bản giống nhau. Hội thánh Tin lành Việt Nam (miền Bắc) được nhà nước công nhận tư cách pháp nhân vào năm 1963 (có tài liệu ghi nhận là năm 1958), Hội thánh Tin lành Việt Nam (miền Nam) được nhà nước công nhận tư cách pháp nhân vào năm 2001. Trong khi cấp Trung ương của Hội thánh Tin lành Việt Nam (miền Bắc) được gọi là Tổng Hội thì ở miền Nam gọi là Tổng Liên hội [xem thêm phụ lục 5].
Đối với các tổ chức, hệ phái Tin lành du nhập vào Việt Nam trước năm 1975, hoạt động cầm chừng nay phục hồi, sau năm 1975, nhiều tổ chức, hệ phái Tin lành hình thành trước đó đã gặp khó khăn, không còn nhận được viện trợ từ nước ngoài, kinh phí hoạt động trở nên eo hẹp nên hoạt động cầm chừng hoặc đã bị tan rã. Tuy nhiên sau đó một vài trong số này lại phục hồi trở lại như Hội thánh Nhân chứng Giê hô va, Hội thánh Môn đệ Đấng Christ, Giám lý,... Có những tổ chức, hệ phái đến nay đã được nhà nước công nhận và rất có thực lực, tích cực tham gia các hoạt động từ thiện xã hội như Hội thánh Mennonite Việt Nam,...
Tin lành Mennonite Việt Nam được du nhập vào Việt Nam từ năm 1954 với hình thức là một tổ chức cứu trợ xã hội. Từ sau năm 1957, các giáo sĩ thuộc Hội truyền giáo Mennonite phương Đông bắt đầu tiến hành công cuộc truyền giáo và mở được một số cơ sở truyền giáo ở Sài Gòn, Cần Thơ, Nha Trang,... Tính đến năm 1975, Hội thánh chỉ gây dựng được khoảng 500 tín đồ song lại rất tích cực trong các hoạt động từ thiện, cứu trợ, viện trợ,... Tuy nhiên, sau năm 1975, với việc rút về nước của hầu hết các giáo sĩ nước ngoài, Mennonite chỉ còn một cơ sở hoạt động cầm chừng ở Sài Gòn. Phải đến năm 1981, Mennonite mới trở lại hoạt động và cũng dưới hình thức là tổ chức cứu trợ xã hội. Năm 2003, Tổng giáo hạt Tin lành Mennonite được thành lập và tiến hành Đại hội lần thứ nhất vào năm 2008. Với đường hướng “Sống phúc âm, phụng sự Thiên Chúa, phục vụ Tổ quốc và đồng
hành cùng dân tộc”, năm 2009, Hội thánh trở thành tổ chức được công nhận tư cách pháp nhân. Hiện nay, tín đồ Hội thánh Mennonite tập trung đông tín đồ ở Gia Lai, Bình Phước, Quảng Ngãi, thành phố Hồ Chí Minh với hơn 10 nghìn tín đồ.