Tương đồng và dị biệt được xem là hai mặt trong tính đa dạng của các tổ chức, hệ phái Tin lành. Sự tương đồng của các tổ chức, hệ phái được biểu hiện trong những đặc trưng chung về tín lý của Tin lành. Sự khác biệt giữa các tổ chức, hệ phái được thể hiện ở phương diện thực hành, cộng đồng sinh hoạt tôn giáo của Tin lành như tổ chức bộ máy, phương thức hoạt động, số lượng tín đồ, phạm vi hoạt động,… Tính khác biệt này chịu sự tác động từ chính sách tôn giáo của một quốc gia đối với Tin lành.
Xét trên phương diện chính sách, thực tế đã cho thấy, một quốc gia có chính sách pháp luật chấp nhận nhiều phương thức thực hành niềm tin và cộng đồng sinh hoạt Tin lành hay không chấp nhận hoặc ít chấp nhận, sự đa dạng của các tổ chức, hệ phái sẽ diễn ra theo những xu hướng khác nhau. Việt Nam cũng không nằm ngoài quy luật đó. Mặt khác, chính tính đa dạng, hiện đại của Tin lành cũng tác động trở lại chính sách tôn giáo đòi hỏi chính sách tôn giáo phải có những điều chỉnh kịp thời, phù hợp, linh hoạt theo từng diễn biến tình hình cụ thể.
Một là: Chính sách đảm bảo quyền tự do tín ngưỡng, tôn giáo của Đảng và Nhà nước Việt Nam đối với đạo Tin lành đã tác động đến sự đa dạng về tổ chức, hệ phái Tin lành.
Tự do tín ngưỡng, tôn giáo là một quyền hiến định. Trên thế giới, quyền tự do tín ngưỡng, tôn giáo được coi là một trong những quyền dân sự và chính trị cơ bản. Quyền tự do tín ngưỡng, tôn giáo đã được ghi nhận trong những văn bản quốc tế mang tính chất pháp lý điển hình như trong điều 18, phần III của ICCPR - Công
ước quốc tế về các quyền dân sự và chính trị của Đại hội đồng Liên Hợp Quốc, chính thức có hiệu lực ngày 23 tháng 3 năm 1976. Mặc dù còn có những cách tiếp cận khác nhau xong hầu hết các chính thể trên thế giới đều coi tự do tư tưởng, tự do tín ngưỡng và tôn giáo là quyền lợi chính đáng của mỗi cá nhân.
Chính sách đảm bảo tự do tín ngưỡng, tôn giáo ở Việt Nam có từ sớm. Sau đổi mới, đặc biệt là từ sau năm 1990, việc thực hiện quyền tự do tín ngưỡng, tôn giáo ở Việt Nam đã tiếp tục được khẳng định, đổi mới về nhận thức và thực hiện cụ thể hơn trong thực tiễn đời sống. Từ sau năm 1990 đến nay, hàng loạt văn bản liên quan trực tiếp đến đảm bảo quyền tự do tín ngưỡng, tôn giáo đã ra đời như Nghị quyết 24/NQ- TƯ, chỉ thị 37 của Bộ Chính trị, Nghị định 69-HĐCP, Chỉ thị số 01/CT-TTg Về một số công tác đối với đạo Tin lành ngày 04 tháng 02 năm 2005,… Chính sách tôn trọng quyền tự do, tín ngưỡng tôn giáo của Đảng và Nhà nước Việt Nam bên cạnh là việc nhìn nhận sự tồn tại, đánh giá đúng tình hình thực tế, từng bước bình thường hóa và có những giải pháp phù hợp từng thời điểm, từng vùng địa bàn có Tin lành hoạt động đã tác động đến sự đa dạng về tổ chức, hệ phái Tin lành. Mọi công dân có quyền theo hoặc không theo một tổ chức tôn giáo nào. Người dân được tự do lựa chọn tổ chức sinh hoạt tôn giáo cho mình. Nhiều tổ chức, hệ phái được sinh hoạt bình thường trên cơ sở pháp luật, đảm bảo không gây bất ổn cho tình hình chính trị - xã hội, không triệt tiêu các giá trị văn hóa, tín ngưỡng tôn giáo truyền thống.
Hai là: Chính sách công nhận tư cách pháp nhân và cấp phép sinh hoạt cho điểm nhóm của Nhà nước Việt Nam đối với đạo Tin lành đã tác động đến sự đa dạng về tổ chức, hệ phái Tin lành.
Chủ trương công nhận tư cách pháp nhân và cấp phép sinh hoạt cho điểm nhóm Tin lành của Nhà nước Việt Nam cũng đã có những tác động trực tiếp đến sự đa dạng về tổ chức, hệ phái Tin lành. Hiện nay, phần đông các tổ chức, hệ phái đều có nguyện vọng được Nhà nước cấp phép cho công nhận tư cách pháp nhân. Nếu chủ trương này được thực hiện đúng, sát hợp tình hình thực tiễn, chính quyền sẽ đảm bảo nhận diện được đúng diện mạo, cơ cấu, quy mô, tốc độ phát triển cũng như xu hướng phát triển trong tính đa dạng của các tổ chức, hệ phái.
Những tổ chức, hệ phái với chủ trương sống tốt đời, đẹp đạo sẽ nghiêm túc thực hiện chính sách của chính quyền và có môi trường pháp lí để sinh hoạt đạo bình thường. Việc quản lý các tổ chức, hệ phái Tin lành tại từng vùng địa bàn sẽ dần đi vào nề nếp ổn định. Ngược lại, những tổ chức, hệ phái hoặc điểm nhóm né tránh hoặc viện dẫn nhiều lí do để không đăng kí cấp phép sinh hoạt sẽ gây phức tạp cho tình hình tôn giáo đất nước. Ở một góc độ khác, chủ trương và chính sách công nhận tư cách pháp nhân, cấp giấy phép đăng kí sinh hoạt điểm nhóm không được chính quyền thực hiện đúng quy trình, gây khó dễ hoặc buông lỏng quản lý, buông xuôi để phát triển tự phát thì các tổ chức, hệ phái sẽ khó sinh hoạt đạo được bình thường và sẽ tác động tiêu cực trở lại đối với chính quyền.
Lênin từng khẳng định các nhà nước sẽ không can thiệp vào tín ngưỡng tôn giáo bởi đây là việc tư nhân, bởi “tuyên chiến với tôn giáo là tự sát” nhưng các nhà nước pháp quyền phải quản lý việc thực hiện các hoạt động thực hành và cộng đồng tín ngưỡng tôn giáo bằng luật. Đảng Cộng sản và nhà nước pháp quyền xã hội chủ nghĩa Việt Nam nhất quán đường lối tôn trọng quyền tự do tín ngưỡng tôn giáo và quản lý tín ngưỡng tôn giáo bằng luật, bằng các chính sách cụ thể cho từng tôn giáo. Đối với Tin lành, chính sách của Nhà nước có vai trò quan trọng trong tác động đến sự đa dạng về tổ chức, hệ phái; là một chiều kích không thể bỏ quên khi đánh giá những tác động này.
Trên thực tế, khi đánh giá về tác động của chính sách và thực hiện chính sách, cần nhận thấy rằng giai đoạn trước và sau năm 2005, diện mạo, hoạt động cũng như tính đa dạng tổ chức, hệ phái đạo Tin lành hoàn toàn có sự khác biệt. Từ năm 1975 đến năm 2005, một thời gian dài việc không công nhận pháp nhân về mặt tổ chức, không công nhận hoạt động, không thừa nhận sự xuất hiện của các tổ chức Tin lành mới khiến các tổ chức Tin lành trở nên phân tán. Thời gian này, phong trào Hội thánh tư gia phát triển, các tổ chức, hệ phái hoạt động chủ yếu ở vùng dân tộc thiểu số. Năm 2005, sau khi có Chỉ thị 01 Về một số công tác đối với đạo Tin lành và đến nay, cùng với Luật tín ngưỡng, tôn giáo, các sở, ban, ngành, địa phương đã có những nhận thức toàn diện, đầy đủ và đúng đắn hơn về đạo Tin lành, tạo điều kiện cho nhiều tổ chức, hệ phái Tin lành được phát triển hợp pháp trên cả nước. Một mặt, những tổ chức, hệ phái xây dựng cơ sở tôn giáo, truyền đạo, phong chức, sang
nhượng đất đai,… trái pháp luật bị xử lý nghiêm. Mặt khác, việc phong chức phong phẩm cho chức sắc, cử chức sắc đi học nghiệp vụ thần học, đăng ký sinh hoạt điểm nhóm,… đúng quy định của pháp luật được chính quyền các địa phương quan tâm đúng mức, tạo điều kiện, giải quyết đúng lộ trình. Nói cách khác, sự tác động từ chính sách đổi mới tôn giáo của Nhà nước từ năm 2005 đã khiến đạo Tin lành đối diện với thực tế đa dạng nhưng không còn phân tán để tồn tại.