Một là, việc Nhà nước cấp đăng kí sinh hoạt tiến tới công nhận tư cách pháp nhân cho các tổ chức, hệ phái đạo Tin lành là điều cần thiết song cũng đứng trước những thách thức từ thực tiễn Việt Nam và tính phù hợp với xu thế thế giới.
Những nhà nghiên cứu cho rằng, việc công nhận tư cách pháp nhân cho các tổ chức, hệ phái thường có khuynh hướng tập trung vào một tổ chức, hệ phái tiêu biểu nhất cho mỗi giáo hội điển hình là trường hợp hai Hội thánh tiêu biểu đại diện cho Tin lành tại Việt Nam. Hơn nữa “trong quá trình công nhận tư cách pháp nhân của các tổ chức tôn giáo thường kết hợp hai khái niệm pháp lý: tư cách pháp nhân và tư cách thể nhân. Với rất nhiều tôn giáo ở Việt Nam, mặc dù chưa có tư cách pháp nhân nhưng vẫn sử dụng tư cách thể nhân để hoạt động tôn giáo khá bình thường” [74, tr.52].
Kinh nghiệm của các quốc gia trên thế giới cho thấy, việc công nhận các tổ chức thường được diễn ra theo ba con đường “thứ nhất, công nhận bằng các quy tắc hiến định, thứ hai, công nhận bằng các thỏa thuận quốc tế; thứ ba, công nhận bằng con đường đăng ký” [74, tr.50].
Hai là, việc Nhà nước cấp đăng kí sinh hoạt, công nhận tư cách pháp nhân cho các tổ chức, hệ phái đạo Tin lành trong thực tiễn tiếp tục đặt ra những vấn đề về lộ trình, điều kiện, nhân tố con người quản lý,…
Nhìn chung, các tổ chức, hệ phái tích cực ủng hộ đường lối đổi mới của Đảng và Nhà nước, tuân thủ chính sách. Còn tồn tại tình trạng thờ ơ, không hợp tác hoặc chống đối trong một bộ phận chức sắc dẫu không nhiều, không trở thành hiện tượng phức tạp. Bên cạnh đó vẫn còn một số biểu hiện suy thoái đạo đức của tín đồ và biểu hiện tiêu cực trong hoạt động của tổ chức, hệ phái, từ thiện xã hội chưa được thực hiện từ tâm mà mang tính hình thức, vụ lợi,... Đặc biệt, sự đa dạng của các tổ chức, hệ phái đã dẫn đến hiện tượng nhiều nơi hội thánh tự phong chức, phong phẩm, đơn phương công nhận các chi hội, hội nhánh,... Một số cá nhân tự ý xây dựng công trình tín ngưỡng, tôn giáo chưa được cấp phép theo quy định của pháp luật. Điều này đặt ra nhiều thách thức với công tác quản lí nhà nước trong việc công nhận tư cách pháp nhân về tổ chức đối với các hội thánh.
Mặt khác, chính tính đa dạng tổ chức, hệ phái của Tin lành cũng hàm chứa những mối quan hệ phức tạp, nhạy cảm, gây khó khăn cho nhận thức cũng như ứng xử của nhiều chính quyền cơ sở. Một bộ phận cán bộ làm công tác tôn giáo còn đánh giá thiên kiến, thiếu khách quan về Tin lành, gây cản trở trong việc cấp phép công nhận tư cách pháp nhân của tổ chức, hệ phái. Việc quá chặt chẽ trong quản lí hoặc quá buông lỏng, nể nang hoặc thậm chí lơ là, để tổ chức, hệ phái phát triển tự phát khiến việc cấp phép chưa đúng lộ trình, quy định cũng là một vấn đề đặt ra hiện nay. Bên cạnh đó, từ phía tổ chức, hệ phái, vẫn còn tình trạng ngoài các tổ chức, hệ phái chưa đủ điều kiện được xét công nhận tư cách pháp nhân thì còn một số vì nhiều lí do trở nên e ngại, né tránh.
Việc được Nhà nước công nhận tư cách pháp nhân khiến Tin lành hoạt động công khai, hợp pháp. Đây cũng là quyền lợi và nhu cầu chính đáng của tất cả các tổ chức, hệ phái, đảm bảo các tổ chức, hệ phái được hoạt động bình đẳng trước pháp luật. Đối với công tác quản lý của Nhà nước, việc này một mặt giúp nhận diện những tổ chức, hệ phái hoạt động chân chính, tôn trọng pháp luật đồng thời tạo cơ sở pháp lý đấu tranh với những tổ chức bị các thế lực thù địch lợi dụng, cải thiện
mối quan hệ giữa chính quyền với các tổ chức, củng cố khối đại đoàn kết toàn dân tộc, ngăn chặn tình trạng phát triển đột biến của đạo Tin lành.
Thực tế cho thấy, được công nhận tư cách pháp nhân khiến chức sắc và tín đồ Tin lành có chung tâm lí phấn chấn, tiếp tục tích cực các hoạt động từ thiện xã hội. Đối với tín đồ là người nước ngoài, từ khi Luật Tín ngưỡng, tôn giáo thực thi cho phép họ được sinh hoạt và được công nhận nếu đủ điều kiện đã khiến họ thỏa mãn nhu cầu sinh hoạt tâm linh, an tâm sinh sống và làm việc tại Việt Nam.
Việt Nam vẫn đang trên con đường hoàn thiện hệ thống pháp luật để phù hợp với xu thế phát triển của thời đại cũng như hoàn cảnh lịch sử của quốc gia, để giải quyết hiệu quả mối quan hệ giữa văn bản luật, thực thi pháp luật với sự phát triển của tôn giáo. Chưa kể đến việc trong quá trình hoàn thiện hệ thống pháp luật, Việt Nam còn vấp phải tư duy chủ quan duy ý chí, phiến diện trong thế giới quan khi nhận thức và giải quyết vấn đề tôn giáo của một bộ phận không nhỏ cán bộ; sự yếu kém, lúng túng và thiếu đồng bộ trong công tác thực thi pháp luật của nhiều chính quyền, sở, ban, ngành trực tiếp giải quyết các vấn đề tôn giáo ở địa phương,...
Những điều này đã thực sự đưa lại những thách thức đối với việc công nhận tư cách pháp nhân và tạo điều kiện cho hoạt động của các tổ chức, hệ phái.
Có thể nói, trong bối cảnh nhiều loại hình tổ chức, hệ phái như hiện nay, việc cấp phép công nhận tư cách pháp nhân có ý nghĩa quan trọng giúp hoạt động sinh hoạt tôn giáo đi vào nề nếp, giúp chính quyền quản lí hiệu quả những sinh hoạt này đồng thời giải quyết tốt mối quan hệ dân tộc - tôn giáo, quốc gia - quốc tế.