Một là, xu hướng vận động, phát triển của các tổ chức, hệ phái đạo Tin lành. Cơ cấu các tổ chức, hệ phái Tin lành có sự thay đổi do gia tăng cơ học về số lượng tín đồ từ di cư, dịch chuyển lao động, kết hôn, cải đạo hoặc chuyển đổi tổ chức, hệ phái, … Các tổ chức, hệ phái tiếp tục có sự biến đổi, tái cấu trúc từ bên trong theo quy luật vận động của tồn tại. Phương thức thực hành niềm tin tiếp tục có sự điều chỉnh, biến đổi phù hợp với điều kiện thực tiễn. Nhiều tổ chức, hệ phái tiếp tục du nhập vào Việt Nam thông qua con đường ngoại giao, du lịch, văn hóa, hôn nhân,...
Nhiều tổ chức, hệ phái của người nước ngoài hoặc có yếu tố nước ngoài sẽ xuất hiện thêm trong thời gian tới.
Các tổ chức, hệ phái ảnh hưởng mạnh mẽ từ xu thế thế tục hóa và tiếp tục vận động theo xu thế vừa hiệp một, vừa cạnh tranh gay gắt. Tuy nhiên, các tổ chức, hệ phái sẽ cạnh tranh theo hướng nổi trội là chấp nhận và tôn trọng sự khác biệt trên cơ sở đồng tín lí, tinh thần thượng tôn pháp luật, gia tăng các phương thức truyền giáo, từ thiện xã hội để mở rộng ảnh hưởng, thu hút tín đồ. Đấu tranh trực tiếp, bài xích, phê phán giữa các tổ chức, hệ phái vẫn còn tiếp diễn nhưng sẽ giảm đi và ít căng thẳng hơn.
Trên thế giới hiện nay, nhà thờ Tin lành lớn theo kiểu Megachurch (Viện Nghiên cứu tôn giáo Hartford của Mỹ - Hartford institute for religion research - định nghĩa Megachurch là nhà thờ với hơn 2 nghìn tín đồ Tin lành cùng sinh hoạt định kì, theo http://hirr.hartsem.edu truy cập ngày 29/9/2019) đã xuất hiện và phổ biến ở một số nước như Mỹ, Nigeria, Hàn Quốc,… điều chưa có ở Việt Nam. Tuy nhiên, đây cũng có thể là một xu hướng của Tin lành Việt Nam trong tương lai, khi các tổ chức, hệ phái có thực lực hơn về địa vị xã hội, thực lực kinh tế, tầm ảnh hưởng, tiếp tục đẩy mạnh đa dạng hóa các mối quan hệ quốc tế.
Hai là, xu hướng về mối quan hệ giữa các tổ chức, hệ phái Tin lành với Nhà nước Nhận diện sự khác biệt giữa các tổ chức, hệ phái vẫn gặp nhiều khó khăn song việc công nhận tư cách pháp nhân sẽ khiến các tổ chức, hệ phái đi vào hoạt động ổn định. Một số tổ chức, hệ phái có khả năng thống nhất về mặt tổ chức hoặc có xu hướng nhập vào tổ chức, hệ phái có thực lực; sẽ tách ra khỏi tổ chức, hệ phái có vấn đề hoặc bị giải thể. Những tổ chức, hệ phái muốn tồn tại phải liên tục đổi mới để thích ứng, nỗ lực cải thiện mối quan hệ với chính quyền.
Các tổ chức, hệ phái Tin lành tiếp tục có môi trường xã hội thuận lợi để truyền giáo, thu hút tín đồ do Việt Nam ngày càng trở thành một “thị trường tôn giáo” với hơn ¼ dân số là tín đồ các tôn giáo, bên cạnh đa số còn lại theo tín ngưỡng hoặc chịu ảnh hưởng của tín ngưỡng. Mặt khác, do đổi mới chính sách tôn giáo, nhất quán chủ trương tôn trọng quyền tự do tôn giáo nên Việt Nam còn đứng trước một “siêu thị tôn giáo” rộng lớn, trong đó Tin lành có nhiều ưu thế bởi phù hợp đối tượng thị dân, dân tộc thiểu số. Ưu thế này lại được xúc tác bởi một cộng
đồng có đến 53 dân tộc thiểu số vốn tập trung đông ở “ba Tây” (nhất là Tây Bắc, Tây Nguyên - nơi truyền đến của Tin lành), đang trên đà phát triển công nghiệp hóa - hiện đại hóa đất nước.
Hệ thống chính sách, pháp luật về hoạt động tôn giáo được hoàn chỉnh và cởi mở, nhất là việc đăng ký sinh hoạt tôn giáo tập trung của tín đồ và việc công nhận tư cách pháp nhân tổ chức tôn giáo, sẽ giảm sự gia tăng các tổ chức, hệ phái Tin lành và cũng giảm đi các hình thức Hội thánh tư gia. Tuy nhiên những tác động tiêu cực về văn hóa xã hội của đạo Tin lành vẫn là điều cần được quan tâm.
Dựa trên cơ sở các văn bản mang tính pháp lý của nhà nước, giáo hội và tình hình thực tiễn, xu hướng sự đa dạng về tổ chức, hệ phái Tin lành ở Việt Nam sẽ mang tính chất vừa phong phú vừa phức tạp. Tín đồ Tin lành tiếp tục trở thành động lực trong công cuộc xây dựng và đổi mới đất nước. Bên cạnh đó, không loại trừ nhiều tổ chức, hệ phái tách/nhập/giải thể/phục hồi gây khó khăn cho việc giải quyết xung đột văn hóa và công tác quản lý Nhà nước.