Một là, sự đa dạng gây nên những khó khăn nhất định cho Nhà nước trong việc nhận diện, phân biệt, nắm bắt hoạt động, nhất là hoạt động của các tổ chức, hệ phái vi phạm pháp luật.
Tôn giáo từng được nhận định là một ngành công nghiệp. Bên cạnh việc phục vụ nhu cầu sinh hoạt tâm linh thuần túy, nhiều người còn tham gia vào các tổ chức tôn giáo với mục đích hưởng lợi. Lợi nhuận tôn giáo thu được từ các cuộc vận động, quyên góp, viện trợ và thậm chí cả từ việc hưởng trợ cấp từ các thế lực thù địch để truyền đạo trái pháp luật. Hoạt động tôn giáo trái pháp luật còn xuất phát từ
những nhận thức sai lệch hoặc chưa đầy đủ, thái độ nông nóng muốn phát triển đạo của một bộ phận chức sắc trong một số tổ chức, hệ phái Tin lành.
Phần lớn các hoạt động tôn giáo trái pháp luật đều ở những khu vực dân trí thấp, đời sống dân sinh nghèo nàn, lạc hậu. Địa bàn và thời gian hoạt động tôn giáo trái pháp luật lại được thay đổi liên tục để tránh sự can thiệp của chính quyền. Điển hình về hoạt động tôn giáo trái pháp luật là khu vực miền núi phía Bắc những năm 1990 trở đi.
Cùng với những hạn chế trong công tác quản lí, chậm cập nhật hoặc quá nôn nóng, cực đoan, duy ý chí, ở một số địa phương, sự phát triển ngoài mong muốn của đạo Tin lành đã khiến chính quyền không kiểm soát được. Điều này cũng gây không ít khó khăn cho việc nhận thức, nắm bắt tình hình và xử lí của các cấp có thẩm quyền.
Hai là, đội ngũ cán bộ làm công tác tôn giáo còn gặp phải hạn chế về nhận thức, kỹ năng và phương tiện vật chất để xử lý hoạt động của các tổ chức, hệ phái vi phạm pháp luật
Thực tế quả trình phát triển của Tin lành ở Việt Nam từ khi du nhập đến nay đã cho thấy, hoạt động tôn giáo trái pháp luật luôn luôn tồn tại với những diễn biến phức tạp. Trong bối cảnh đa dạng các tổ chức, hệ phái, nhiều tổ chức, hệ phái vẫn chưa được nhà nước cấp đăng kí công nhận, các tổ chức, hệ phái này lại có các quan hệ rộng rãi với quốc tế, tín đồ chịu ảnh hưởng từ cơ chế thị trường,... hoạt động tôn giáo trái pháp luật vẫn còn đất để sinh dưỡng. Cùng với những nhận thức chưa đầy đủ, tình hình thực tiễn và những hành động nóng vội, cực đoan của một bộ phận cán bộ làm công tác tôn giáo làm cho hoạt động tôn giáo trái pháp luật của đạo Tin lành trở thành vấn đề đặt ra cấp bách đối với công tác quản lí tôn giáo của nhà nước.
Ba là, sự xuất hiện của các tổ chức, hệ phái mới, người nước ngoài hoặc có yếu tố nước ngoài đòi hỏi sự phối hợp quản lý của các Bộ, Ban, ngành và chính quyền địa phương
Tin lành với tư cách là một sản phẩm của nền dân chủ tư sản, cũng như tất cả các tôn giáo khác tồn tại dưới chế định xã hội ấy, đều phải chịu các quy phạm pháp luật, tín đồ tham gia vào xã hội dân sự với tư cách công dân. Nghĩa là tín đồ vừa được hưởng lợi từ xã hội pháp quyền, từ các khung khổ pháp lí; vừa phải có trách
nhiệm thực hành pháp luật. Tuy nhiên, một bộ phận tín đồ ý thức được quyền lợi nhưng lại chưa nhận thức rõ trách nhiệm và vị thế pháp lí khi trở thành một chủ thể thực hiện quyền, vẫn còn có những hoạt động vi phạm pháp luật. Vì vậy, sự đa dạng về tổ chức, hệ phái Tin lành cũng đặt ra vấn đề phải xử lý nghiêm mọi hoạt động vi phạm pháp luật ảnh hưởng đến an ninh trật tự xã hội; đồng thời giải quyết và giảm thiểu những xung đột văn hóa trong quá trình truyền bá đạo Tin lành.
Cũng cần nói thêm, để hạn chế và loại bỏ việc hoạt động tôn giáo trái pháp luật của đạo Tin lành, Nhà nước cần đảm bảo chính sách tôn giáo phù hợp với sự vận động và phát triển của xã hội, với tình hình tôn giáo ở Việt Nam và tương thích với luật pháp quốc tế. Bên cạnh đó, cần thực hiện đầy đủ và đúng đắn chính sách tôn giáo để không đẩy các hoạt động tôn giáo nói chung, hoạt động tôn giáo của Tin lành đến vi phạm pháp luật.
Ngoài ra, sự đa dạng về tổ chức, hệ phái Tin lành ở Việt Nam hiện nay cũng đặt ra một số vấn đề đối với đời sống văn hóa, xã hội đất nước. Có thể nói, ảnh hưởng từ môi trường đạo Tin lành, một số lề thói sinh hoạt cũ lạc hậu, tùy tiện của tín đồ đã được thay đổi. Nhiều tín đồ đã thực hiện lối sống văn minh, góp phần xây dựng cộng đồng với đời sống văn hóa mới lành mạnh. Đa dạng trong cơ cấu tổ chức, phương thức tồn tại, các tổ chức, hệ phái Tin lành, đặc biệt là các loại hình tư gia đã khiến đời sống tôn giáo Việt Nam trở nên phong phú. Văn hóa của các tín đồ Tin lành trở thành một phần độc đáo trong đời sống văn hóa dân tộc, giao thoa, chuyển hóa lẫn nhau.
Tuy nhiên, cũng không khó nhận thấy, khi du nhập vào Việt Nam, dù có những khác biệt nhất định với nhau, nhưng tất cả các tổ chức, hệ phái Tin lành đều tạo nên cuộc xung đột với văn hóa truyền thống, trước hết ở việc va chạm với tín ngưỡng thờ cúng tổ tiên. Sự va chạm một cách quyết liệt này khiến không ít tín đồ mâu thuẫn với gia đình, dòng họ, gây xáo trộn các giá trị truyền thống, tạo nên sự thiếu thiện chí đối với Tin lành trong một bộ phận người dân không theo đạo - nhất là thời kỳ đầu truyền đạo Tin lành.
Lối sống văn minh của đông đảo tín đồ Tin lành như tuân thủ pháp luật, tích cực lao động, tiết kiệm, hăng hái tham gia từ thiện xã hội,... đã góp phần khiến văn
hóa Việt Nam tích hợp thêm các yếu tố hiện đại, có giá trị, theo kịp xu thế hội nhập của thế giới. Nhưng mặt khác, việc đa dạng các mối quan hệ quốc tế cũng khiến hoạt động của các tổ chức, hệ phái trở nên phức tạp, khó kiểm soát, thậm chí ảnh hưởng xấu đến đời sống văn hóa xã hội của đất nước.
Những người nước ngoài cư trú hợp pháp ở Việt Nam theo đạo Tin lành cũng có những khác biệt về lối sống, phong tục tập quán,... Thực trạng này đặt ra thách thức không nhỏ đối với văn hóa xã hội và quan hệ quốc tế.