nguyên gốc truyền thống (“bàng hệ”), đa số còn lại duy trì nguyên gốc truyền thống (“trực hệ”), gây dựng mối quan hệ gần gũi, chia sẻ với nhau trong tinh thần đại kết. Nên trên thực tế có hiện tượng chuyển từ tổ chức, hệ phái Tin lành này sang tổ chức, hệ phái Tin lành khác, có cả những người sinh hoạt Tin lành không hệ phái. Để xác định hệ phái Tin lành, người ta dựa vào nguồn gốc hình thành (nhập lại hoặc tách ra từ một hệ phái Tin lành), vào cách thức hành đạo (trên nền tảng là Kinh thánh, tín đồ dùng niềm tin lí trí, tự hiệp thông với Thiên Chúa), hàng giáo phẩm (với hai chức vụ chủ yếu là mục sư và truyền đạo) và thiết chế giáo quyền (theo cơ chế dân chủ),... Trong cách gọi, hoặc nêu tên trực tiếp tổ chức, hệ phái hoặc thêm hai từ “Tin lành” phía trước. Không ít trường hợp, sự khác nhau giữa các tổ chức, hệ phái chỉ là danh xưng. Ở Việt Nam, các tổ chức, hệ phái đa dạng về thời gian, nguồn gốc du nhập (du nhập vào từ trước năm 1975, tan rã nay phục hồi hoặc hoạt động ổn định cho đến nay, hoặc mới du nhập gần đây, hoặc có yếu tố nước ngoài), về xu hướng thần học (Luther, Calvin, hỗn hợp, phi hệ phái), về cơ cấu tổ chức (hai cấp, ba cấp hoặc linh hoạt), về thành phần dân tộc, địa vị pháp lý, phương thức hoạt động, truyền giáo,...
4. Có nhiều cách ứng xử khác nhau đối với thực tế đa dạng tổ chức, hệ phái Tin lành, đó là hoặc chấp nhận tính đa dạng (gọi là chủ nghĩa đa nguyên “religious
pluralism”) hoặc không chấp nhận tính đa dạng, chỉ sùng bái độc tôn tôn giáo của mình (gọi là chủ nghĩa độc thần “exclusivism”) hoặc chấp nhận cả tính đa dạng lẫn độc quyền (gọi là chủ nghĩa bao gồm “inclusivism”). Dù có nhiều cách ứng xử khác nhau, song không thể phủ nhận, đa dạng tổ chức, hệ phái Tin lành vừa là đặc trưng, vừa là dấu hiệu cho thấy sự hiện diện sống động của tôn giáo này, dù có va chạm quyết liệt với tín ngưỡng đa thần truyền thống của cư dân nhiều nước, nơi Tin lành đi qua, trong đó có Việt Nam.