Sự đa dạng về tính chất hoạt động đưa đến những địa vị pháp lý khác nhau của các tổ chức, hệ phái. Trong tính đa dạng về cơ cấu tổ chức, hệ phái, Tin lành bao gồm các tổ chức, hệ phái được Nhà nước công nhận về mặt tổ chức, cấp đăng ký hoạt động tôn giáo và cả nhưng loại hình chưa được công nhận.
Việc nhận diện sự đa dạng các tổ chức, hệ phái Tin lành theo tiếp cận về địa vị pháp lý có ý nghĩa quan trọng, giúp Nhà nước thực thi hiệu quả chính sách quản lý; giúp các tổ chức, hệ phái hoạt động một cách hợp pháp theo khuôn khổ pháp luật; chống các thế lực thù địch lợi dụng tình cảm tôn giáo của tín đồ gây kích động, mất trật tự an toàn xã hội hoặc phản ứng quá khích với chính quyền.
Đối với các tổ chức, hệ phái được Nhà nước công nhận về mặt tổ chức, cấp đăng ký hoạt động tôn giáo:
Một số tổ chức, hệ phái có điều lệ, hiến chương và quy chế mục sư rất rõ ràng, cụ thể. Mọi hoạt động nghi lễ và sinh hoạt đạo được thể hiện đúng theo các văn bản mang tính quy định bắt buộc của Hội thánh. Điều này cũng cho thấy tính
chất hoạt động minh bạch, không gây những hiểu lầm về nhận thức cho tín đồ dẫn đến thực hành đạo sai và cũng tạo thuận lợi cho cơ quan của nhà nước trong công tác quản lý. Thực tế, các tổ chức, hệ phái đã được nhà nước công nhận về mặt tổ chức đều có tính chất hoạt động rõ ràng.
Trong phần thứ nhất Điều lệ của Hội thánh Tin lành Việt Nam (miền Bắc), điều 2 nêu: “Mục đích của Hội thánh là hội họp những người Việt Nam có lòng kính thờ Đức Chúa Trời và có lòng tin cậy Tin lành Cứu rỗi của Đức Chúa Jesus Christ để thành lập một Hội thánh duy nhất theo như giáo lý đã được bày tỏ ra trong Kinh thánh Cựu - Tân ước. Cũng lo truyền bá đạo Tin lành”. Điều 3 chỉ rõ: “Tôn chỉ Hội thánh Tin lành Việt Nam (miền Bắc) là “hết lòng, hết linh hồn, hết ý, kính mến Đức Chúa Trời và yêu người lân cận như mình. Nghĩa là:
1. Hết lòng kính thờ Đức Chúa Trời ba ngôi
2. Yêu Tổ quốc, bảo vệ hòa bình, thực hiện công bằng bác ái, tự do, bình đẳng và lao động” [47, tr.3-4].
Tính đến ngày 28/02/2018, Nhà nước đã công nhận là tổ chức tôn giáo đối với 09 tổ chức: Hội thánh Tin lành Việt Nam (miền Nam), Hội thánh Tin lành Việt Nam (miền Bắc), Hội truyền giáo Cơ đốc Việt Nam, Hội thánh Tin lành Trưởng lão Việt Nam, Hội thánh Mennonite Việt Nam, Hội thánh Liên hữu cơ đốc Việt Nam, Giáo hội Báp tít Việt Nam (tên gọi cũ là Hội thánh Báp tít Việt Nam (Nam Phương)), Giáo hội Cơ đốc Phục lâm Việt Nam, Tổng hội Báp tít Việt Nam (tên gọi cũ là Tổng hội Báp tít Việt Nam (Ân điển - Nam Phương)).
Nhà nước đã cấp đăng ký hoạt động tôn giáo cho 01 tổ chức: Hội thánh Phúc âm ngũ tuần Việt Nam và công nhận ban đại diện cho 01 tổ chức là Ban đại diện Giáo hội các Thánh hữu ngày sau của Chúa Giê su Ki tô Việt Nam [dẫn theo danh sách các tổ chức đã được Nhà nước công nhận cấp đăng ký hoạt động tôn giáo thuộc khu vực
quản lý nhà nước đối với hoạt động đạo Tin lành của Ban tôn giáo Chính phủ].
Đối với các tổ chức, hệ phái chưa được Nhà nước công nhận về mặt tổ chức, cấp đăng ký hoạt động tôn giáo:
Các tổ chức, hệ phái chưa được Nhà nước công nhận về mặt tổ chức có tính chất hoạt động tương đối khác nhau. Một số tổ chức, hệ phái hoạt động ổn định,
đường hướng rõ như Hội thánh Liên hữu Báp tít Việt Nam, Hội thánh Tin lành Báp tít liên hiệp Việt Nam, Hội Chúng Ngũ tuần Việt Nam, Hội thánh Nhân chứng Giê hô va,.... Bên cạnh đó cũng có nhiều tổ chức, hệ phái tính chất và đường hướng hoạt động chưa rõ ràng như Hội thánh Tin lành Nguồn sống, Hội thánh An bình hạnh phúc, Hội thánh Tin lành Thánh Khiết, Hội thánh Tin lành tình thương,...
Có nhiều nguyên nhân dẫn đến tính chất hoạt động của các tổ chức, hệ phái không giống nhau. Nguyên nhân đầu tiên xuất phát từ chính việc đa dạng về bày tỏ đức tin với Chúa trời của mỗi tín đồ, dẫn đến mỗi tổ chức, hệ phái với những người đứng đầu và thành phần tín đồ, nhu cầu tín ngưỡng không giống nhau sẽ có những hoạt động với tính chất không giống nhau. Nguyên nhân thứ hai có thể kể tới là tôn chỉ, mục đích, điều kiện tài chính các tổ chức, hệ phái và thái độ hợp tác với chính quyền của mục sư đứng đầu có những khác biệt, dẫn đến tính chất hoạt động có thể rõ ràng, ổn định hoặc không. Ngoài ra còn những nguyên nhân khác. Tuy nhiên, có thể nhận thấy, để tồn tại vững chắc, thu hút được tín đồ và tiếp tục giữ, tăng tín đồ, tổ chức, hệ phái buộc phải có một tính chất hoạt động ổn định với đường hướng cụ thể, rõ ràng, bám sát với Hiến chương, những nguyên tắc căn bản của đạo Tin lành và phù hợp với đời sống thực tiễn của tín đồ.
Mặc dù Luật Tín ngưỡng, tôn giáo của Việt Nam mới có hiệu lực thực thi vào 01/01/2018 song đường lối tự do tín ngưỡng, tôn giáo cho quần chúng nhân dân của Đảng Cộng sản Việt Nam đã xuất hiện từ rất sớm và cập nhật xu hướng thời đại khi tiếp cận từ góc độ quyền con người, nhu cầu của tín đồ. Điều chỉnh so với Pháp lệnh trước đó, Luật Tín ngưỡng, tôn giáo đã chuyển một số nội dung thuộc thẩm quyền của Thủ tướng Chính phủ sang giao cho cơ quan quản lý Nhà nước về tín ngưỡng, tôn giáo cấp trung ương. Thay cho các yêu cầu về “quy định“ như trong Pháp lệnh, Luật đã bổ sung các “thông báo về văn bản” nhằm tăng thẩm quyền giải quyết công việc nội bộ cho các tổ chức tôn giáo. Trên cơ sở Luật định, nhiều tổ chức, hệ phái đủ điều kiện sẽ được xem xét, hoàn thiện các thủ tục cần thiết nhằm công nhận tư cách pháp nhân.
Cũng dựa trên những căn cứ của Luật, nhiều tổ chức, hệ phái Tin lành chưa đủ điều kiện để được công nhận cấp đăng ký hoạt động. Nhóm này có nguồn gốc ra
đời, tình hình hoạt động phong phú, đa dạng, phức tạp hơn so với các tổ chức, hệ phái đã được công nhận và đến nay vẫn chưa có con số thống kê chính xác. Theo thống kê sơ bộ của Ban Tôn giáo Chính phủ tính đến năm 2016, không tính đến các tổ chức phi chính phủ, có khoảng 124 tên gọi tổ chức, hệ phái chưa được công nhận khác nhau, với gần 80 ngàn người đang sinh hoạt tôn giáo. Bên cạnh đó, sự xuất hiện của hàng loạt các tổ chức, hệ phái “đề cao cảm xúc” mà quản lý nhà nước định danh là Tin lành tư gia đã khiến cho diện mạo của các tổ chức, hệ phái Tin lành chưa được công nhận ngày càng trở nên phong phú hơn.
Sự tồn tại đa dạng của các tổ chức, hệ phái Tin lành đặt ra vấn đề cần thiết hay không cần thiết những khung pháp lí khác nhau hoặc những cấp độ quản lý khác nhau cho từng tổ chức, hệ phái. Đồng thời, thực tiễn này cũng đặt ra thách thức về mối quan hệ giữa khuôn khổ pháp lí của Luật với trình độ nhận thức và thực hành theo Luật của một bộ phận tín đồ, nhất là tín đồ người dân tộc thiểu số. Tín đồ người dân tộc thiểu số bị hạn chế trong khả năng tiếp cận Luật do những khó khăn về trình độ nhận thức, hoàn cảnh kinh tế - chính trị - xã hội. Một số tổ chức, hệ phái có biểu hiện tranh giành, lôi kéo, vận động tín đồ từ các tổ chức, hệ phái đã được công nhận (hoặc ngược lại) sang, gây phức tạp nhất định trong đời sống của cộng đồng đạo Tin lành. Một số tổ chức, hệ phái còn e ngại hoặc chưa chủ động làm hồ sơ xin chính quyền cấp đăng ký công nhận sinh hoạt gây khó khăn cho công tác quản lý của chính quyền, tạo kẽ hở cho các thế lực phản động can thiệp, âm mưu chống phá nhà nước.
Ngoài ra, trong số các tổ chức, hệ phái chưa được Nhà nước công nhận, một số tổ chức, hệ phái đã bị lợi dụng danh nghĩa Tin lành. Những tổ chức này đã gây ra các vụ biểu tình, khiếu kiện kéo dài hoặc truyền đạo trái pháp luật, kích động tín đồ mê tín dị đoan, ảnh hưởng tiêu cực đến đời sống xã hội,... Điển hình là vụ việc của Hội thánh Đức Chúa trời, Dương Văn Mình...
Tác giả ghi nhận trong cuộc trao đổi với Nam, 52 tuổi, trưởng công an huyện Hà Quảng, tỉnh Cao Bằng, 11 giờ ngày 29 tháng 9 năm 2018 như sau: “Công an trên chú vất vả lắm mà (khi mà - tác giả) đồng bào mình theo đạo của Dương Văn Mình. Đạo này bảo là năm 2000 trái đất nổ tung, Chúa nhập vào Dương Văn Mình.
Chúa Giêsu đấy, người nào đi theo Dương Văn Mình thì không phải làm gì, không phải học con chữ, mà vẫn có đồ ăn, có biết chữ. Còn bảo là thế thì mình trẻ thì mình trẻ luôn, trẻ mãi mãi, người đang già là trẻ ra luôn, ốm đau không cần gì tự khỏi hết. Họ thờ con ve, con cóc đấy. Năm nay là 2018 rồi đây mà đúng không. Họ chống chính quyền mình bằng cách dựng nhà đòn, bảo là nhà của người Mông mà sinh hoạt văn hóa đấy. Nhưng rồi lại tuyên truyền lôi kéo bà con mình, nói sai sự thật, chống lại chính quyền. Khi các chú dỡ bỏ do họ dựng nhà đòn trái pháp luật thì họ ngăn cản lắm, bằng mọi biện pháp đấy chứ”.
3.3. SỰ ĐA DẠNG VỀ CƠ CẤU TỔ CHỨC VÀ PHƯƠNG THỨC HOẠTĐỘNG CỦA CÁC TỔ CHỨC, HỆ PHÁI TIN LÀNH Ở VIỆT NAM