Các tổ chức, hệ phái mới hình thành ở Việt Nam gần đây ít thấy khác biệt về giáo lí so với các tổ chức, hệ phái đã hiện diện trước đó song cũng tồn tại dưới những biểu hiện rất đa dạng, một số mang tính chất truyền giáo, một số ảnh hưởng từ phong trào Ngũ tuần, số khác lại thuộc trường phái Báp tít. Sự ít khác biệt khiến một số nhà nghiên cứu đặt câu hỏi phải chăng, trong tính đa dạng, các tổ chức, hệ phái Tin lành hiện nay ngày càng có xu hướng xóa nhòa ranh giới về giáo lí.
Những tổ chức, hệ phái mang tính chất truyền giáo hiện nay khai trình đến hơn 10 nghìn người, có thể kể tới Liên đoàn Truyền giáo Phúc âm Việt Nam (Hội thánh Phúc âm), Hội thánh Báp tít Liên hữu, Báp tít Liên hiệp, Hội thánh Liên hiệp Truyền giáo, Liên đoàn Truyền giáo Phúc âm và Hội Truyền giảng Phúc âm.
Những tổ chức, hệ phái ảnh hưởng từ phong trào Ngũ tuần có khoảng 10 ngàn người, có thể kể tới Hội thánh Tin lành Thánh Khiết Việt Nam, Hội thánh Timôthê, Hội thánh Phúc âm Quyền năng Việt Nam Hội thánh Emmanuel, Hội thánh Olive, Hội thánh Độc lập Tân Bình, Hội thánh Ysơraên, Hội thánh Vườn Nho,...
Những tổ chức, hệ phái thuộc trường phái Báp tít có gần 6 ngàn người tham gia, có thể kể tới Đoàn Truyền giáo Báp tít Việt Nam, Hội thánh Báp tít Đấng Christ, Hội Thánh Báp tít Độc lập, Liên hiệp Báp tít Truyền giáo Việt Nam,...
Sau những năm 1990, nhiều tín đồ từ Đông Âu, Malaysia, Hồng Kông,... đã trở về nước, một số tổ chức, hệ phái mới hình thành ở Việt Nam đã được xuất hiện từ nhóm người này. Họ ra nhập vào các tổ chức, hệ phái đang hoạt động hoặc tự lập nên những tổ chức, hệ phái mới khiến tình hình của các Hội thánh trở nên phong phú hơn nhưng cũng ẩn chứa nhiều phức tạp.
Do thời gian hình thành mới, lại phụ thuộc nhiều vào năng lực và thái độ của người đứng đầu với chính quyền nên có những tổ chức, hệ phái ban đầu chịu sự kiềm tỏa, thao túng của các thế lực thù địch, phản động trong và ngoài nước. Tình hình này gây nên bất ổn đối với đời sống xã hội và sự phản ứng từ các tổ chức, hệ
phái Tin lành đã được công nhận. Đây cũng là một trong những nguyên nhân khiến cho các tổ chức, hệ phái được công nhận và họ không tìm thấy tiếng nói chung, thậm chí bài xích lẫn nhau. Hiện nay, trong tiến trình vận động chung của lịch sử, khi tự do, dân chủ và tiến bộ xã hội trở thành những mục tiêu thiên niên kỷ và xu hướng của thời đại, cùng với chính sách linh hoạt, mềm dẻo của chính phủ, nhiều tổ chức, hệ phái đã hạn chế dần những ảnh hưởng tiêu cực.
Bên cạnh đó, trong giai đoạn này gần đây cũng không thể không nhắc tới những tổ chức, hệ phái với danh nghĩa Tin lành, gây nên những bất ổn trong đời sống xã hội. Điển hình có thể kể tới trường hợp Hội thánh Đức Chúa Trời. Tổ chức Hội