Du nhập vào Việt Nam, Tin lành va chạm với thiết chế tín ngưỡng tôn giáo đa thần ở vùng nông thôn, làng xã cố kết chặt chẽ, đặc biệt là việc thờ cúng ông bà tổ tiên; chính quyền thực dân phong kiến lại ủng hộ Công giáo. Sau năm 1975, thoát khỏi chế độ đế quốc thực dân, Việt Nam lại chủ trương xây dựng nền văn hóa xã hội chủ nghĩa, không cấm đạo nhưng cũng không chủ trương phát triển đạo. Các giá trị đạo đức Tin lành nói riêng, các tôn giáo khác nói chung chung sống hòa bình cùng các giá trị văn hóa cốt lõi của dân tộc. Nền tảng tinh thần của dân tộc là chủ nghĩa Mác Lênin, là các giá trị truyền thống phù hợp với tính cộng đồng, lối sống cộng cảm của người Việt, tôn giáo không chi phối đời sống xã hội, không tham chính. Dẫu vậy, sự đa dạng về tổ chức, hệ phái Tin lành ở Việt Nam hiện nay đặt ra thách thức không nhỏ đối với công tác nghiên cứu lí luận và tổng kết thực tiễn của Nhà nước nhằm thực hiện có hiệu quả công tác quản lí.
Một là, sự đa dạng gây nên những khó khăn cho công tác quản lý của Nhà nước trong nhận diện, phân biệt các tổ chức, hệ phái Tin lành. Thực tế trong những năm qua ở Việt Nam cho thấy, quản lí Nhà nước luôn bám sát tình hình, đời sống của cộng đồng đạo Tin lành. Nhưng cũng có những thời điểm, ở địa phương, quản lí Nhà nước tỏ ra kém hiệu lực. Điều này bắt nguồn từ nguyên nhân một số chính
quyền buông lỏng quản lí, một số nơi chưa có đủ cán bộ làm công tác tôn giáo, có biểu hiện xa rời tín đồ có đạo. Nhưng mặt khác, điều này cũng bắt nguồn từ chính sự linh hoạt trong phương thức sinh hoạt, đa dạng trong cơ cấu của các tổ chức, hệ phái khiến công tác quản lí chưa theo kịp diễn biến.
Hai là, sự đa dạng đặt ra vấn đề có cần những cấp độ và chế tài quản lý khác nhau cho các tổ chức, hệ phái Tin lành. Sự xuất hiện thêm mới của các loại hình Tin lành phi hệ phái, tư gia đã đặt ra nhiều vấn đề mới cho công tác quản lí Nhà nước. Môi trường xã hội tác động đến sự đa dạng của các tổ chức, hệ phái; việc cạnh tranh, liên kết, chấp hành pháp luật của các tín đồ ở các địa bàn khác nhau cũng đưa đến nhiều thách thức cho công tác quản lí ấy. Đối với mỗi tổ chức, hệ phái, mỗi nhóm tín đồ, với lịch sử hình thành và đặc thù tâm lí khác nhau, cần có những nghiên cứu, tổng kết và ứng xử khác nhau của chính quyền. Có thể vận dụng chung, cứng nhắc một cơ chế cho quản lí tính đa dạng hay phải có chế tài riêng đối với từng tổ chức, hệ phái là câu hỏi đặt ra đối với nhà quản lí.