Thần học Tin lành truyền thống khi biện giải về đức tin, sự cứu chuộc của Chúa đã chỉ rõ sự tồn tại của hai thế lực chính ngự trị con người là chính quyền và Chúa. Mỗi con người sinh tồn ở một không gian sống khác nhau, chịu sự duy trì trật tự công của một kiểu tổ chức xã hội, một chính quyền khác nhau. Nhưng theo quan điểm tôn giáo, chính quyền chỉ có chức năng duy trì trật tự công cộng và sự tồn tại của con người ở cõi trần. Chính quyền không thể can thiệp vào thế giới linh hồn của con người. Chỉ có Chúa mới có quyền năng tối thượng, vừa tạo nên chính quyền do tội lỗi của con người, vừa là nguồn tin trực tiếp cho con người và có thể ban ân sủng, xá tội cho con người thông qua lí trí đức tin của chính họ. Nhờ chịu ơn Chúa, mỗi con người ở mỗi một trật tự chính quyền khác nhau sẽ được Chúa ban cho một trật tự khác nhau về tôn giáo. “Ý đồ sản xuất theo hệ thống để chuyển qua đạo Tin lành được thực hiện một cách không giống nhau giữa thành phố và nông thôn” [78, tr.28]. Bởi vậy mà những người Tin lành cho rằng, theo ý Chúa Tin lành cũng đã tạo nên những cơ cấu tổ chức với các trật tự khác nhau.
Về nguyên tắc cơ cấu tổ chức, Tin lành thiết lập cơ chế dân chủ trong tổ chức, thông qua hình thức bỏ phiếu kín trực tiếp để bầu nên hội đồng những người đứng đầu.
Đối với các tổ chức, hệ phái đã được nhà nước công nhận, có đường hướng hoạt động rõ ràng, nguyên tắc bỏ phiếu kín được nêu rõ trong quy định, hiến
chương. Điều lệ Hội thánh Tin lành Việt Nam (miền Bắc) quy định trong điều số 12: “Đại Hội đồng bầu cử các Ủy viên Ban trị sự Tổng hội bằng phiếu kín. Ai được đa số tuyệt đối trong quá bán số phiếu của số đại biểu nhóm thì trúng cử. Còn nếu phải bầu cử lần thứ hai mà hai người lại bằng phiếu nhau thì người lớn tuổi hơn đắc cử” [47, tr.11]. Điều 10 về nguyên tắc tổ chức của Hiến chương Hội thánh Tin lành Trưởng lão nhấn mạnh: “Giáo hội được tổ chức theo nguyên tắc dân chủ, công khai, bầu cử bằng phiếu kín. Nguyên tắc này được áp dụng trong tất cả các Hội Đồng và Đại Hội Đồng” [57, tr.17]. Hội thánh Liên hữu cơ đốc Việt Nam không nhắc tới nguyên tắc dân chủ trong Hiến chương nhưng có thể hiện điều này thông qua nội dung bầu cử ban kiểm phiếu, các tiểu ban, các thường vụ Hội đồng Trưởng nhiệm của Đại hội toàn quốc,…
Đối với các tổ chức, hệ phái chưa được nhà nước công nhận, có đường hướng hoạt động chưa rõ ràng, nguyên tắc tổ chức khá đơn giản, thường phụ thuộc vào vai trò của người đứng đầu.
Về loại hình cơ cấu tổ chức, tổ chức của Tin lành trái với Công giáo. Công giáo xây dựng một thiết chế thống nhất và tương đối chặt chẽ, thực quyền tập trung ở giáo xứ, giáo phận và giáo hội hoàn vũ trong khi Tin lành đa dạng và về tính chất có phần lỏng lẻo hơn.
Trước hết, Tin lành tồn tại loại hình tổ chức, hệ phái có cơ cấu tổ chức 2 cấp là Tổng hội (cấp trung ương của giáo hội, bao gồm tất cả các chi hội trực thuộc) và Chi hội (Hội thánh cấp cơ sở). Điển hình cho cơ cấu tổ chức loại này là Hội thánh Tin lành Trưởng lão, Hội thánh Liên hữu Cơ đốc, Hội truyền giáo Cơ đốc Việt Nam,…
Tin lành cơ bản được phân thành 2 cấp nhưng cũng có khi phân chia thành 3 cấp là Tổng Liên hội (hoặc Tổng hội), Ban đại diện và Chi hội. Điển hình cho loại cơ cấu này là Hội thánh Tin lành Việt Nam (miền Nam), trong khi Hội thánh Tin lành Việt Nam (miền Bắc) lại theo cơ chế 2 cấp. Tuy nhiên phân cấp bên dưới cấp chi hội của cả hai Hội thánh đều có chung các hội nhánh. Có thể nói đây là hai Hội thánh lớn, dẫn đầu về số lượng tín đồ trong đạo Tin lành, cùng chung tín lí nhưng hoạt động tương đối độc lập và lan tỏa ảnh hưởng ở những khu vực khác nhau. Những năm gần đây, hai tổ chức, hệ phái này vẫn diễn ra tình trạng sinh hoạt tôn
giáo gắn với truyền đạo trái pháp luật, tự phong chức phong phẩm, đơn phương công nhận các hội nhánh, khiến tình hình tôn giáo ở một số khu vực tiếp tục diễn biến phức tạp như ở Tây Nguyên, Tây Bắc.
Trong cuộc trao đổi với tác giả luận án tại cơ sở làm việc của Ban đại diện Tin lành tỉnh Đăk Lăk, 08h30 ngày 14/12/2019, nam mục sư quản nhiệm nhà thờ (ủy viên Tổng Liên hội sinh năm 1964) nhận định: “Tín hữu Tin lành Đăk Lăk thuộc Hội thánh Tin lành Việt Nam (miền Nam) là chính. Trong Hội thánh thành phố Ban Mê Thuột có 33 chi hội, có 30 hội thánh chính thức, còn lại ít hơn, cũng có thể ghép là điểm nhóm, trong các huyện thì huyện Cư M‘gar là rất đông tín đồ. Tín đồ người Kinh cả tỉnh chưa quá 3 ngàn trong khoảng 180 ngàn. Về đường hướng hoạt động của Hội thánh Tin lành Việt Nam miền Nam và miền Bắc thì cơ bản giống nhau vì Hội thánh Tin lành Việt Nam (miền Bắc) cũng thuộc Hội thánh Tin lành Việt Nam (miền Nam) trước đây. Chỉ là hệ thống tổ chức của mỗi hội thánh, giáo hội cũng như Tổng hội thì có quy chế, nội quy và hiến chương có thể là khác khác. Miền Bắc thì đa giáo phái nhiều hơn và đặc biệt miền Bắc (Hội thánh Tin lành Việt Nam miền Bắc - tác giả chú thích) có đặc điểm là kết hợp hay không phân biệt về giáo phái so với Hội thánh Tin lành Việt Nam (miền Nam). Miền Bắc có điểm chung còn miền Nam (Hội thánh Tin lành Việt Nam (miền Nam) - tác giả chú thích) thì độc lập. Nên giữa miền Nam và miền Bắc, để quyết định nhập một là khó. Miền Bắc đường lối như miền Nam nhưng có sự thông công rộng hơn. Các giáo phái miền Bắc, họ có cuộc thông công chung với nhau, ví dụ đi nước ngoài, ngoài trực thuộc CMA không thì không nói nhưng họ còn tổ chức liên đoàn truyền giáo hay liên đoàn tất cả các giáo phái. Miền Nam chỉ hiệp thông trong hội thánh của mình”.
Đối với các tổ chức, hệ phái chưa được nhà nước công nhận, cơ cấu mang tính linh hoạt hơn. Một số tổ chức, hệ phái được điều hành bởi hệ thống 2 cấp, một số bởi cơ chế 3 cấp gồm cấp trung ương, cấp cơ sở, cấp trung gian, trong đó cấp trung gian là địa hạt, giáo khu hoặc miền. Trường hợp Hội thánh Truyền giảng Phúc Âm có 4 cấp liên kết nhau theo hệ thống dọc gồm Hội thánh địa phương, Giáo khu (hơn 15 Hội Thánh địa phương), Giáo hạt (ít nhất 02 giáo khu, hơn 40 Hội Thánh địa phương) và Tổng Hội. Nếu Tổng hội ở quá xa so với Giáo khu, một số tổ chức,
hệ phái sẽ chấp thuận thành lập thêm tổ chức Khu vực, với tư cách là tổ chức lâm thời, khâu trung gian cho việc thành lập Giáo khu.
Về cơ bản, do mới hình thành hoặc đã bị tan rã nay mới phục hồi, pha trộn nhiều giáo lí để thu hút tín đồ và thích nghi với điều kiện thực tế, cơ cấu của các tổ chức, hệ phái chưa được nhà nước công nhận đang trên đường định hình, phần lớn chưa rõ ràng, chưa ổn định.
Cơ cấu của tất cả các tổ chức, hệ phái thường đơn giản, gọn nhẹ, tới mức có nhận định cho rằng dường như mỗi người, với mỗi cây thập giá và một quyển Kinh thánh là có thể trở thành một tố chức. Đối với các tổ chức, hệ phái Tin lành, việc thiết lập cơ cấu phải linh hoạt và sẵn sàng thay đổi. Đây vừa là đặc trưng vừa được xem là vấn đề quan trọng hàng đầu đối với Tin lành. Cơ cấu linh hoạt là cách thức để Hội thánh tồn tại vững chắc cho đến ngày Chúa Giê su tái lâm, là sứ mệnh thiêng liêng theo lời Chúa. Sứ mệnh ấy được răn dạy trong Kinh thánh là Xây dựng hội thánh Chúa và Môn đồ hóa muôn dân: “Hội thánh là một, sự ban cho và chức vụ thì nhiều. Đấng Christ, nhờ Ngài mà cả thân thể ràng buộc vững bền bởi những cái lắt léo, khiến các phần giao thông với nhau, tùy lượng sức mạnh của từng phần, làm cho thân thể lớn lên, và tự gây dựng trong sự yêu thương (Ê phê số 4:1-16)” [79, tr.239]; “Đức Chúa Jêsus đến gần, phán cùng môn đồ như vầy: Hết cả quyền phép ở trên đời và dưới đất đã giao cho ta. Vậy, hãy đi dạy dỗ muôn dân, hãy nhơn danh Đức Cha, Đức Con, và Đức Thánh Linh mà làm phép Bắp - têm cho họ, và dạy họ giữ hết cả mọi đều mà ta đã truyền cho các ngươi. Và nầy, ta thường ở cùng các ngươi luôn cho đến ngày tận thế (Ma thi ơ 28:18-20)” [79, tr.40].