Một là, sự đa dạng mở ra khả năng liên kết, hiệp một song không loại trừ nguy cơ mâu thuẫn, đối lập giữa các tổ chức, hệ phái.
Đa dạng đặt ra vấn đề về liên kết giữa các tổ chức, hệ phái trong và ngoài nước theo hình thức và những mức độ, tính chất không giống nhau. Ở Việt Nam, liên kết được thể hiện rõ nhất qua các hình thức liên hệ phái, hội liên gia,... Chuỗi liên kết theo chiều ngang là giữa các tổ chức, hệ phái với nhau, theo chiều dọc là giữa các tổng liên hội với các chi hội cơ sở. Xoay quanh chuỗi liên kết này là các tổ chức, hệ phái quốc tế trên tinh thần đồng đạo. Như vậy, có thể khẳng định, tính đa dạng tạo nên mối liên kết đa chiều giữa các tổ chức, hệ phái.
Liên kết tạo động lực phát triển, kiểm soát mức độ suy giảm đức tin của tín đồ. Liên kết giúp tín đồ tăng cường tình cảm gắn bó với tổ chức, hệ phái, củng cố đức tin. Liên kết khiến các tổ chức, hệ phái có thể cùng thảo luận các vấn đề chung, tháo gỡ những vướng mắc. Đặc biệt, liên kết giúp tăng cường tiềm lực vật chất cho các hoạt động tôn giáo. Hiện nay, phần lớn các tổ chức, hệ phái Việt Nam đều gây dựng quan hệ chặt chẽ với tổ chức gốc ở nước ngoài và nhận sự hỗ trợ về vật lực, nhân lực thường xuyên từ nước ngoài. Một số tổ chức, hệ phái không liên hệ với nước ngoài nhưng vẫn duy trì củng cố mối quan hệ với các tổ chức, hệ phái khác trong nước. Một bộ phận nhỏ bảo thủ ít liên hệ. Tất cả các tổ chức, hệ phái đều thiết lập liên hệ, hiệp thông giữa tổng hội và cơ sở. Việc liên kết mở ra khả năng hợp
nhất một số tổ chức nhưng không loại trừ khả năng cạnh tranh giữa họ. Liên kết và cạnh tranh vẫn là hai mặt tồn tại trong sự đa dạng của các tổ chức, hệ phái.
Hai là, sự đa dạng các tổ chức, hệ phái người nước ngoài hoặc có yếu tố nước ngoài đặt ra những thách thức cho đời sống xã hội.
Liên kết cũng đặt ra một số vấn đề đối với cộng đồng đạo Tin lành. Việc liên kết tiếp nhận hỗ trợ từ nước ngoài sẽ khiến các tổ chức, hệ phái có sự chênh lệch về tiềm lực vật chất so với nhau, dễ đưa đến những bất đồng, mâu thuẫn. Liên kết với nước ngoài cũng khiến các tổ chức, hệ phái trong nước dễ thụ động hoặc bị lôi kéo, làm trái pháp luật. Quan hệ liên kết trong tôn giáo đan xen với các quan hệ quốc tế trên nhiều lĩnh vực như ngoại giao, văn hóa, xã hội,... cũng có thể là căn nguyên gia tăng căng thẳng giữa các quốc gia, các vùng lãnh thổ trên thế giới.