Vấn đề quy hoạch phát triển du lịch được tỉnh Phú Thọ quan tâm và triển khai từ khá sớm. Ngay sau khi tỉnh Phú Thọ được tái lập, nhận thức rõ tầm quan trọng của công tác quy hoạch, tỉnh Phú Thọ đã tập trung chỉ đạo triển khai xây dựng Quy hoạch tổng thể phát triển du lịch tỉnh Phú Thọ đến năm 2010. Năm 2006 tỉnh tiến hành rà soát, đánh giá 5 năm thực hiện quy hoạch, trên cơ sở đó, đã phối hợp với Viện nghiên cứu phát triển du lịch - Tổng cục Du lịch xây dựng quy hoạch điều chỉnh phát triển du lịch tỉnh Phú Thọ giai đoạn 2006 - 2010, định hướng đến năm 2020. Theo quy hoạch này, định hướng phát triển không gian du lịch Phú Thọ xoay quanh trung tâm du
lịch của tỉnh là thành phố Việt Trì (bao gồm toàn bộ khu di tích lịch sử Đền Hùng, các điểm di tích thuộc vùng đất Kinh đô Văn Lang cổ và các phường xã khác của thành phố), với mục tiêu xây dựng Việt Trì trở thành thành phố lễ hội về với cội nguồn dân tộc; đồng thời xác định 4 địa bàn du lịch vệ tinh (địa bàn du lịch thị trấn Hạ Hoà và phụ cận; điạ bàn du lịch thị trấn Thanh Sơn, Tân Sơn và phụ cận; địa bàn du lịch thị trấn Thanh Thuỷ và phụ cận; địa bàn du lịch thị trấn Đoan Hùng và phụ cận). Quy hoạch cũng đã xác định định hướng xây dựng khu du lịch trọng điểm có ý nghĩa đặc biệt quốc gia Đền Hùng, 2 khu du lịch quốc gia khác là vườn quốc gia Xuân Sơn và đầm Ao Châu cùng 6 địa điểm du lịch địa phương; 8 tuyến du lịch nội địa và quốc tế [49].
Trên cơ sở quy hoạch tổng thể, tỉnh đã và đang chỉ đạo xây dựng quy hoạch chi tiết một số khu, điểm du lịch trọng yếu như Đền Hùng, đầm Ao Châu, vườn Quốc gia Xuân Sơn, Bến Gót, nước khoáng nóng Thanh Thuỷ. Một số quy hoạch nhánh về giao thông liên kết khu, điểm du lịch, quy hoạch đường điện, quy hoạch khôi phục và phát triển làng nghề phục vụ du lịch; một số chương trình, dự án trọng điểm về du lịch (chương trình du lịch về cội nguồn liên kết 3 tỉnh Phú Thọ - Yên Bái - Lào Cai, dự án khu du lịch Văn Lang, dự án du lịch cao cấp Bãi Nổi - La Phù…) cũng đang được xây dựng để triển khai thực hiện. Thành phố Việt Trì đã xây dựng Quy hoạch thành phố Lễ hội về cội nguồn và các huyện Tam Nông, Thanh Thuỷ, Tân Sơn đã xây dựng quy hoạch hoặc đề án phát triển du lịch của địa phương, các huyện còn lại đều cũng đã xây dựng được kế hoạch dài hạn phát triển du lịch trên cơ sở quy hoạch chung của tỉnh. Tuy nhiên, một số nội dung quan trọng khác của Quy hoạch tổng thể phát triển du lịch chưa được cụ thể hoá thành các quy hoạch nhánh hoặc kế hoạch chi tiết mang tính dài hạn, nhất là các quy hoạch về đào tạo nguồn nhân lực; kế hoạch đầu tư hệ thống xử lý môi trường.
Chất lượng một số quy hoạch đã xây dựng còn hạn chế; một số quy hoạch chi tiết triển khai chậm, không hoàn thành đúng tiến độ (như Quy
hoạch khu du lịch nước khoáng nóng Thanh Thuỷ, du lịch đầm Ao Châu), khiến các nhà đầu tư gặp nhiều khó khăn khi lựa chọn dự án đầu tư. Trong các quy hoạch, việc bố trí khu vực tái định cư cho dân chưa được quan tâm đúng mức; tổ chức thực hiện quy hoạch có nội dung chậm và nhiều vướng mắc, nhất là trong công tác giải phóng mặt bằng, giải ngân các dự án.