Chương III của Điều lệ tổ chức và hoạt động của KTNN đó quy định về
cơ cấu tổ chức bộ mỏy KTNN, trong đú xỏc định, ngoài cỏc đơn vị chức năng (Văn phũng, Trung tõm KH và BDCB), tổ chức chuyờn mụn kiểm toỏn của KTNN gồm 4 KTNN chuyờn ngành và cỏc KTNN khu vực. Tổ chức bộ mỏy và phương thức quản lý hệ thống KTNN được thực hiện theo nguyờn tắc tập trung thống nhất. Đõy là mụ hỡnh tổ chức bộ mỏy cú vai trũ rất tớch cực bảo
chỉ đạo thống nhất từ Thủ tướng Chớnh phủ, Tổng KTNN đến cỏc đơn vị
thuộc và trực thuộc trờn tất cả cỏc mặt: Tổ chức bộ mỏy, nhõn sự, kế hoạch kiểm toỏn, phương thức hoạt động...
Tuy nhiờn, cú thể thấy một vài điểm hạn chế trong mụ hỡnh tổ chức của KTNN ở giai đoạn đầu mới thành lập như sau:
Thứ nhất, mụ hỡnh tổ chức và quản lý “tập trung thống nhất” bảo đảm tớnh độc lập cao cho hoạt động của KTNN; tuy nhiờn, khi quy mụ tổ chức của KTNN được mở rộng đểđỏp ứng yờu cầu kiểm toỏn thường xuyờn đối với cỏc
đối tượng kiểm toỏn thỡ sẽ tạo gỏnh nặng về quản lý lờn Tổng KTNN. Để
khắc phục tồn tại trờn, cần kiện toàn tổ chức, nõng cao năng lực bộ mỏy giỳp việc; tăng cường phõn cấp và mở rộng thẩm quyền cho cỏc KTNN khu vực.
Thứ hai, KTNN chuyờn ngành và KTNN khu vực cú địa vị phỏp lý
ngang nhau, đều là đơn vị trực thuộc KTNN thực hiện chức năng kiểm toỏn, song việc quy định KTNN chuyờn ngành cú trỏch nhiệm xõy dựng cỏc văn bản về chuyờn mụn nghiệp vụ kiểm toỏn và chỉ đạo về chuyờn mụn nghiệp vụ đối với cỏc KTNN khu vực là khụng hợp lý.
Thứ ba, trong thực tiễn hoạt động, việc phõn định phạm vi, trỏch nhiệm kiểm toỏn giữa KTNN chuyờn ngành và KTNN khu vực cũn chưa rừ ràng dẫn
đến những chồng chộo và thiếu sự phối kết hợp trong hoạt động kiểm toỏn đó làm giảm hiệu quả hoạt động của từng đơn vị cũng như của toàn ngành.
Như vậy, về cơ bản những quy định về mụ hỡnh tổ chức của KTNN trong giai đoạn đầu mới thành lập là đỳng hướng, cú nhiều mặt tớch cực; song, việc quy định cụ thể trờn cỏc mặt phõn cụng, phõn nhiệm, cơ cấu bộ mỏy, quan hệ lónh đạo, chỉ đạo... cũn phải tiếp tục được nghiờn cứu hoàn thiện cựng với quỏ trỡnh phỏt triển quy mụ, chức năng, nhiệm vụ của KTNN.
Sau hơn 10 năm xõy dựng và phỏt triển, cơ sở phỏp lý cho hoạt động, kiểm tra, kiểm soỏt về tài chớnh và tài sản nhà nước của KTNN là Nghị định số 70/CP ngày 11/7/1994 và Quyết định số 61/TTg ngày 24/01/1995 của Thủ
tướng Chớnh phủđó bộc lộ nhiều vấn đề hạn chế, nhất là về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, tổ chức bộ mỏy của KTNN cũng như loại hỡnh kiểm toỏn mà KTNN được thực thi. Để khắc phục những hạn chế nờu trờn; đồng thời, hoàn thiện một bước cơ sở phỏp lý về tổ chức và hoạt động của KTNN cho phự hợp với yờu cầu cải cỏch nền hành chớnh nhà nước, ngày 13/8/2003 Chớnh phủ ban hành Nghị định số 93/2003/NĐ-CP quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của KTNN. Nghị định số 93/2003/NĐ-CP của Chớnh phủ đó bổ sung một số chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ
chức của KTNN (so với Nghị định số 70/CP của Chớnh phủ), cụ thể là: