Ngoài sự kế thừa những nhiệm vụ, quyền hạn quy định tại Nghịđịnh số
70/CP của Chớnh phủ và Điều lệ về tổ chức và hoạt động của KTNN, Nghị định số 93/2003/NĐ-CP của Chớnh phủ đó thể chế hoỏ một số nhiệm vụ của KTNN theo chủ trương đổi mới tổ chức và hoạt động của bộ mỏy nhà nước, cải cỏch hành chớnh, minh bạch tài chớnh và tăng cường kiểm tra tài chớnh nhà nước; bổ sung nhiệm vụ quản lý nhà nước về ngành, lĩnh vực, cụ thể là:
- Trỡnh Chớnh phủ, Thủ tướng Chớnh phủ hoặc Bộ trưởng được Thủ
tướng Chớnh phủ phõn cụng cỏc dự ỏn, dự thảo văn bản QPPL về kiểm toỏn nhà nước; chiến lược, quy hoạch phỏt triển, kế hoạch dài hạn 5 năm và hàng năm về KTNN và tổ chức thực hiện cỏc văn bản QPPL, chiến lược, quy hoạch, kế hoạch sau khi được phờ duyệt.
- Ban hành, hướng dẫn, kiểm tra và tổ chức thực hiện cỏc tiờu chuẩn, quy trỡnh, quy phạm và cỏc phương phỏp chuyờn mụn, nghiệp vụ kiểm toỏn ỏp dụng trong cỏc đơn vị trực thuộc KTNN theo quy định của phỏp luật;
- Khi thực hiện nhiệm vụ kiểm toỏn, KTNN độc lập, chỉ tuõn theo phỏp luật; chịu trỏch nhiệm trước phỏp luật về kết luận kiểm toỏn của mỡnh;
- Cụng khai bỏo cỏo kết quả kiểm toỏn hàng năm theo quy định của phỏp luật;
- Kiểm tra, giải quyết khiếu nại, tố cỏo, chống tham nhũng, lóng phớ, tiờu cực và xử lý vi phạm trong hoạt động kiểm toỏn nhà nước đối với cỏn bộ, cụng chức, viờn chức thuộc thẩm quyền quản lý của KTNN;
- Tổ chức cụng tỏc thụng tin, tuyờn truyền và phổ biến, giỏo dục phỏp luật về kiểm toỏn nhà nước.