Quá trình thành lập và phát triển kiểm toán hoạt động của Kiểm toán Nhà nước (SAV) có thể phân chia thành hai giai đoạn cụ thể như sau:
Giai đoạn thứ nhất từ năm 1994 đến cuối năm 2005: Kiểm toán Nhà
nước ra đời theo Nghị định số 70/NĐ-CP ngày 11/7/1994 của Chính phủ và điều lệ hoạt động theo Quyết định số 61/TTg ngày 24/01/1995 của Thủ tướng Chính phủ. Trong giai đoạn này hoạt động kiểm toán được quy định như sau:
Thành lập Kiểm toán Nhà nước để giúp Thủ tướng Chính phủ thực hiện chức năng kiểm tra, xác nhận tính đúng đắn, hợp pháp của tài liệu và số liệu kế toán của các cơ quan Nhà nước, các đơn vị sự nghiệp, các đơn vị kinh tế Nhà nước và các đoàn thể quần chúng, các tổ chức xã hội sử dụng kinh phí do Ngân sách Nhà nước cấp.
Trong giai đoạn này, Tổng kiểm toán đã ban hành Hệ thống Chuẩn mực kiểm toán nhà nước lần đầu tiên đính kèm theo Quyết định số 06/1999/QĐ-KTNN. Tuy nhiên, hệ thống chuẩn mực này chưa đề cập tới kiểm toán hoạt động.
Ngoài chức năng xác nhận số liệu báo cáo tài chính (kiểm toán tài chính), SAV còn có chức năng là “đánh giá tính tuân thủ, tính kinh tế trong việc quản lý, sử
dụng ngân sách nhà nước và tài sản công” theo Nghị định 93/2003/NĐ-CP của Chính phủ. Như vậy, về mặt quy định pháp luật, lần đầu tiên tính kinh tế đã được xem như là một mục tiêu cần đánh giá đối với hoạt động của SAV. Phạm vi kiểm toán cũng được mở rộng sang “quản lý, sử dụng”, không bị bó hẹp chỉ trong các tài liệu, số liệu kế toán. Tuy nhiên, trong giai đoạn này SAV vẫn là cơ quan trực thuộc Chính phủ.
Giai đoạn thứ hai, từ đầu năm 2006 tới nay: Luật Kiểm toán nhà nước
được Quốc hội khoá XI, kỳ họp thứ 7, thông qua ngày 14/6/2005, có hiệu lực thi hành từ 01/01/2006 mở ra thời kỳ phát triển mới cho SAV: Địa vị pháp lý của SAV được nâng cao phù hợp với vị trí, vai trò, chức năng và nhiệm vụ được giao. Theo quy định tại Điều 13 của Luật Kiểm toán nhà nước: "Kiểm toán Nhà nước là cơ quan chuyên môn về lĩnh vực kiểm tra tài chính nhà nước do Quốc hội thành lập, hoạt động độc lập và chỉ tuân theo pháp luật". Quy định về địa vị pháp lý của SAV như trên đã phù hợp Điều 5 trong Tuyên bố Lima về kiểm tra tài chính công của Tổ chức các Cơ quan Kiểm toán tối cao (INTOSAI).
Cơ quan Kiểm toán Nhà nước chỉ có thể thực hiện được nhiệm vụ của mình một cách khách quan và hiệu quả khi nó có vị trí độc lập với cơ quan bị kiểm tra và được bảo vệ trước những ảnh hưởng từ bên ngoài.
Như vậy, khác với giai đoạn trước đây, giai đoạn này, SAV không trực thuộc Chính phủ và quy định này nhằm bảo đảm tính độc lập về mặt nghiệp vụ và thiết chế của SAV. Đặc biệt, Luật Kiểm toán Nhà nước (Luật KTNN) cũng đã bổ sung quy định về mục đích kiểm toán tính kinh tế, hiệu quả tại Điều 3:
Hoạt động kiểm toán nhà nước phục vụ việc kiểm tra, giám sát của Nhà nước trong việc quản lý, sử dụng ngân sách, tiền và tài sản nhà nước góp phần thực hành tiết kiệm, chống tham nhũng, thất thoát, lãng phí, phát hiện và ngăn chặn hành vi vi phạm pháp luật; nâng cao hiệu quả sử dụng ngân sách, tiền và tài sản nhà nước.
Theo quy định tại Điều 14 của Luật KTNN: SAV có chức năng kiểm toán báo cáo tài chính, kiểm toán tuân thủ, kiểm toán hoạt động đối với cơ quan, tổ chức quản lý, sử dụng ngân sách, tiền và tài sản nhà nước. Đây là các chức năng kiểm toán hiện đại được các quốc gia phát triển trên thế giới áp dụng.
Và loại hình kiểm toán hoạt động được luật hóa chính thức tại các Điều 4- Khái niệm kiểm toán hoạt động; Điều 36 - Loại hình kiểm toán; Điều 39 - Nội dung kiểm toán hoạt động.
Sau khi Luật KTNN ra đời, SAV đã phối hợp tích cực với các cơ quan của Quốc hội xây dựng và trình Ủy Ban thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết số 917/2005/NQ-UBTVQH11 ngày 15/9/2005 của UBTVQH về quy định Quy trình xây dựng và ban hành Hệ thống chuẩn mực Kiểm toán Nhà nước. Trên cơ sở Nghị quyết này, Tổng Kiểm toán Nhà nước (Tổng KTNN) đã quyết định thành lập Ban Chỉ đạo triển khai xây dựng Hệ thống chuẩn mực kiểm toán nhà nước để xây dựng Hệ thống chuẩn mực kiểm toán nhà nước bảo đảm phù hợp với các Chuẩn mực kiểm toán quốc tế và tình hình thực tiễn hoạt động của SAV trình Tổng KTNN ban hành.
Kiểm toán Nhà nước cũng đã ban hành 6 Quy trình kiểm toán gồm: Quy trình kiểm toán chung, Quy trình kiểm toán Chương trình mục tiêu Quốc gia, Quy trình kiểm toán Ngân sách nhà nước, Quy trình kiểm toán Doanh nghiệp nhà nước, Quy trình kiểm toán Dự án đầu tư, Quy trình kiểm toán các Tổ chức tài chính-ngân hàng. Việc ban hành các quy trình kiểm toán đã giúp cho hoạt động kiểm toán được thuận lợi và đạt kết quả tốt hơn.
Qua khảo sát lịch sử hình thành kiểm toán hoạt động trong lĩnh vực công ở Việt Nam trên phương diện pháp lý, có thể khẳng định, so với các quốc gia đã phát triển kiểm toán hoạt động, Việt Nam đã ban hành khá đủ khung pháp lý cho việc hình thành để phát triển kiểm toán hoạt động.