Một số nghiên cứu đã cung cấp bằng chứng chỉ ra rằng cải cách quản trị công theo hướng hiện đại đã thúc đẩy việc ra đời và phát triển kiểm toán hoạt động tại nhiều quốc gia phát triển do (i) mục tiêu của cải cách quản trị công cũng nhằm đạt được tính kinh tế, hiệu quả và hữu hiệu trong quản lý và sử dụng nguồn lực công, (ii) hướng sang đo lường, kiểm soát, đánh giá kết quả đầu ra thay vì đầu vào.
Trong giai đoạn 2005 - 2014, nhiều chương trình, đề án cải cách hành chính công, đầu tư công được triển khai thực hiện nhằm cắt, giảm các thủ tục hành chính không cần thiết, gây lãng phí thời gian, chi phí xã hội cũng như các dự án đầu tư công không hiệu quả. Tuy nhiên, so với các quốc gia phát triển, quản trị công Việt Nam vẫn chủ yếu tập trung kiểm soát các yếu tố đầu vào, mức độ minh bạch thấp, trách nhiệm giải trình tồn tại một chiều theo hướng từ dưới lên và trọng tâm là tuân thủ pháp luật và các quy định, đặc biệt thiếu những quy định về chế độ trách nhiệm
cá nhân gắn với kết quả thực hiện các nhiệm vụ. Nhận định này cũng phù hợp với quan điểm của KTV1, KTV2, KTV4 khi trả lời hai câu hỏi nguyên nhân và thách thức khi triển khai kiểm toán hoạt động trên các khía cạnh (i) thủ trưởng các đơn vị được kiểm toán coi trọng việc tuân thủ quy định pháp luật hơn theo đuổi kết quả đầu ra; (ii) chưa có quy định chế độ chịu trách nhiệm cá nhân khi không đạt được mục tiêu đề ra.
Do đó, có thể khẳng định rằng, cải cách quản trị công ở Việt Nam còn chậm và hiện còn nhiều khác biệt so với mô hình quản trị công mới được áp dụng tại các quốc gia phát triển trên thế giới chính là nguyên nhân và thách thức trong việc triển khai kiểm toán hoạt động ở Việt Nam.