Lý thuyết quản trị công mới, được đề xướng bởi Hood (1991) với trọng tâm là mô hình quản trị công mới (New Public Management). Lý thuyết này đề cập xu hướng cải cách quản trị công thuộc các nước OECD vào đầu những năm 1980 bắt đầu từ Hoa Kỳ và Anh sau đó áp dụng phổ biến tại nhiều quốc gia khác. Nếu như mô hình quản lý công truyền thống (Traditional Public Management) hình thành và phát triển vào cuối thế kỷ 19 dựa trên một trong những nền tảng quan trọng nhất là xây dựng và tuân thủ pháp luật hay còn được gọi là học thuyết quan liêu bao gồm sáu nguyên tắc cơ bản (i) phải thượng tôn pháp luật; (ii) tổ chức quản lý theo thứ bậc; (iii) thẩm quyển trong tổ chức phụ thuộc vào vị trí và cấp bậc của mỗi cá nhân; (iv) quản lý công là một nghề đặc biệt, có được thông qua đào tạo; (v) làm toàn bộ thời gian và (vi) có khả năng học hỏi lẫn nhau (Nguyễn Viết Vy, 2013). Phương thức quản lý công truyền thống đã góp phần quan trọng trong việc ổn định nền hành chính công và được áp dụng rộng rãi bởi nhiều quốc gia trên thế giới, bởi vì nó không phụ thuộc vào bất cứ cá nhân nào trong tổ chức. Tuy nhiên, từ cuối những năm 1970, các hạn chế, khiếm khuyết (chẳng hạn thiếu năng động, ngại thay đổi, sử dụng lãng phí các nguồn lực công) của mô hình quản lý này dần bộc lộ châm ngòi
cho cuộc cải cách mạnh mẽ về phương thức quản lý trong lĩnh vực công và hình thành nên mô hình quản lý công mới.
Khác với mô hình quản lý công truyền thống, NPM ra đời dựa trên yếu tố cốt lõi là khuyến khích và cạnh tranh nhằm theo đuổi các mục tiêu tăng hiệu quả, giảm lãng phí, tăng cường trách nhiệm giải trình và tính minh bạch bằng cách thiết lập các mục tiêu rõ ràng, thúc đẩy việc quản lý dựa trên đo lường thành quả. NPM loại bỏ việc phân biệt giữa lĩnh vực công và lĩnh vực tư, tập trung việc quản lý dựa trên thành quả, chú trọng đến đầu ra thay vì đầu vào, đẩy mạnh việc phân cấp, phân quyền trong quản lý nhằm khuyến khích các cơ quan nhà nước, đơn vị cung cấp dịch vụ công “kiếm tiền thay vì tiêu tiền”. Qua đó,khắc phục được những hạn chế trong quản lý công truyền thống và góp phần giúp nhà nước nâng cao hiệu lực, hiệu quả quản lý điều hành kinh tế - xã hội. Cùng với xu hướng chuyển đổi sang áp dụng mô hình quản trị công mới này, các SAI cũng chuyển nhiệm vụ kiểm toán từ việc xác nhận số liệu, thông tinh tài chính, tuân thủ luật lệ và quy định sang kết hợp với đánh giá tính kinh tế, hiệu quả và hữu hiệu đối với các hoạt động trên nhằm giúp cơ quan nhà nước, đơn vị công cải tiến hiệu quả hoạt động và thực hiện trách nhiệm giải trình. Theo Barzelay & cộng sự (1996), quốc gia nào tiến hành cải cách quản trị công dựa trên các nguyên tắc và mục tiêu áp dụng từ lý thuyết quản trị công mới, kiểm toán hoạt động cũng sẽ xuất hiện và trở thành bộ phận không thể thiếu trong quản trị lĩnh vực công. Như vậy, chính những thay đổi nền tảng trong lĩnh vực công tại nhiều quốc gia đã tác động đến việc hình thành và phát triển kiểm toán hoạt động. Bên cạnh đó, tùy thuộc chủ đề, đối tượng kiểm toán hoặc đặc điểm của mỗi hoạt động trong các đơn vị công, các SAI sẽ quyết định áp dụng hình thức kiểm toán hoạt động phù hợp, chẳng hạn, đối với các chương trình, chính sách, dự án, các SAI thường áp dụng kiểm toán kết quả chương trình (hiệu lực chương trình), đối với việc quản lý và sử dụng vốn, tài sản, thường áp dụng kiểm toán hiệu quả hoặc kiểm toán giá trị của tiền...