Có nhiều quan điểm khác nhau giải thích việc các SAI chuyển đổi chức năng từ xác nhận thông tin tài chính và xem xét việc tuân thủ pháp luật sang kiểm toán hoạt động chẳng hạn như (i) bất cập của loại hình kiểm toán truyền thống; (ii) yêu cầu và kỳ vọng của công chúng ngày càng cao, trách nhiệm đòi hỏi đối với những nhà quản lý ngày càng lớn; (ii) xuất hiện những sự kiện lớn cũng có tác động tới việc chuyển đổi mô hình kiểm toán chẳng hạn như việc mở rộng chính sách tài khóa, tăng chi tiêu ngân sách, nợ công; (iv) kiểm toán hoạt động xuất hiện chịu ảnh hưởng từ việc đổi mới quản trị trong lĩnh vực công và ngược lại (Barzelay & cộng sự 1996; Leeuw 1996; Shand & Anand 1996…). Tuy nhiên, cả trong lý luận và thực tiễn của các SAI đều thừa nhận rằng, vai trò cơ bản của kiểm toán hoạt động là (1) nâng cao trách nhiệm giải trình hay còn gọi là vai trò giám sát và (2) giúp cải tiến hiệu quả hoạt động. Nhiều quan điểm cho đây là hai mục tiêu cơ bản cần đạt được trong khi tiến hành kiểm toán. Tuy nhiên, theo Barzelay & cộng sự (1996), hai vai trò này khó có thể thực hiện đồng thời trong thực tiễn hoạt động kiểm toán bởi những hạn chế xuất hiện từ đối tượng được kiểm toán cũng như những hạn chế vốn có trong nghề
nghiệp kiểm toán. Hạn chế này xuất phát từ việc nếu KTV đưa ra các ý kiến đánh giá kết quả hoạt động đạt được của các đơn vị được kiểm toán không đảm bảo được tính kinh tế, hiệu quả hoặc hữu hiệu và cung cấp thông tin về kết quả yếu kém này (trách nhiệm giải trình) thì hầu hết các đơn vị được kiểm toán có xu hướng tìm cách bảo vệ quan điểm cũng như kết quả của mình. Trong trường hợp này, việc thuyết phục đơn vị thực hiện, thay đổi cách thức, phương pháp quản lý điều hành sẽ khó khả thi và thành hiện thực. Ngược lại, nếu ý kiến của KTV cho rằng đơn vị được kiểm toán có kết quả hoạt động tốt thì KTV hoàn tất được trách nhiệm giải trình. Vì vậy, việc lựa chọn mục tiêu kiểm toán nào giữa trách nhiệm giải trình và cải tiến hiệu quả hoạt động cũng hết sức quan trọng và tác động tới kết quả kiểm toán hoạt động.