Từ khi thành lập năm 1994 đến nay có năm người đảm nhận vị trí Tổng KTNN. Giai đoạn trước khi Luật KTNN 2005 được ban hành có một Tổng KTNN trước đó từng là giảng viên đại học chuyên ngành về tài chính - kế toán. Chính sự am hiểu về lý thuyết kiểm toán trên cương vị là Tổng KTNN đã góp phần thúc đẩy việc quy định thêm loại hình kiểm toán hoạt động trong Luật KTNN, Chuẩn mực Kiểm toán Nhà nước và các Quy trình kiểm toán liên quan.
Vị Tổng KTNN thứ tư, được bổ nhiệm trong năm 2011. Ảnh hưởng lớn nhất của Tổng KTNN này là những kết quả tạo ra liên quan tới việc chuyển đổi phạm vi công việc kiểm toán truyền thống sang kiểm toán hoạt động, cụ thể:
Thứ nhất, tìm kiếm sự đồng thuận của các đại biểu Quốc hội chấp thuận bổ sung vào Dự thảo sửa đổi Hiến pháp năm 1992 địa vị pháp lý của SAV, cùng với quy định việc bổ nhiệm và thẩm quyền của Tổng KTNN.
Thứ hai, sửa đổi, bổ sung hầu hết các chuẩn mực, quy trình kiểm toán của SAV trong đó bổ sung nhiều nội dung liên quan đến kiểm toán hoạt động. Chẳng hạn, yêu cầu phải thiết lập các tiêu chuẩn đánh giá liên quan tới tính kinh tế, hiệu quả và hữu hiệu trong các quy trình kiểm toán.
Thứ ba, khi ban hành những mục tiêu tổng quát để xây dựng kế hoạch kiểm toán tổng thể trong toàn ngành, nhiều mục tiêu kiểm toán mới được yêu cầu bổ sung liên quan tới các khía cạnh kiểm toán hoạt động. Ví dụ, từ năm 2011, Tổng KTNN yêu cầu tất cả các kế hoạch kiểm toán các dự án đầu tư xây dựng công trình phải thiết lập các mục tiêu đánh giá "chất lượng, tiến độ, giá cả” là các khía cạnh trong một cuộc kiểm toán hoạt động. Trong lĩnh vực kiểm toán các Tập đoàn, Tổng công ty, các công ty nhà nước nắm cổ phần chi phối, Tổng KTNN đều yêu cầu đánh giá hiệu quả sử dụng vốn của các đơn vị này nhất là đầu tư vốn ra ngoài ngành, đồng thời phải xác định những yếu kém trong quản lý điều hành.
Thứ tư, yêu cầu toàn ngành tiến hành nhiều cuộc kiểm toán chuyên đề hoặc thực hiện kiểm toán lồng ghép21, trong đó tập trung vào kiểm toán và đánh giá công tác quản lý tài nguyên, khoáng sản, đất đai ...là những lĩnh vực có nhiều thất thoát lãng phí.
Thứ năm, Tổng KTNN cũng khẳng định rõ trong việc đề ra chiến lược phát triển của SAV, mở rộng tiến hành kiểm toán chuyên đề nhằm tích lũy kiến thức, kinh nghiệm tạo cơ sở chuẩn bị tiến hành kiểm toán hoạt động độc lập. Khẳng định này được lặp lại trong nhiều cuộc họp giao ban, hội thảo trực tuyến trong toàn ngành. Chẳng hạn, trong cuộc họp tổng kết cuối năm 2011, Tổng KTNN đã phát biểu tại Kiểm toán Nhà nước khu vực IV "Cần tập trung vào kiểm toán chuyên đề và chuyển dần sang tiến hành kiểm toán hoạt động một cách độc lập”.
21
Kiểm toán lồng ghép: Là việc kết hợp cuộc kiểm toán chuyên đề và kiểm toán ngân sách hàng năm trong một cuộc kiểm toán. Ví dụ năm 2013, KTNN kiểm toán NSNN thành phố Hồ Chí Minh trong đó có chuyên đề nhà ở tái định cư, chuyên đề đất, tài nguyên khoáng sản.
Như vậy, với đóng góp trên có thể cho thấy vai trò của ba vị Tổng KTNN trong giai đoạn từ 2005- 2013: (i) đóng góp những nội dung quy định trong Luật KTNN năm 2005 và trong Hiến pháp sửa đổi năm 2013, xây dựng chiến lược phát triển kiểm toán hoạt động đến năm 2020 trong đó xem kiểm toán hoạt động có vai trò tương đương với loại hình kiểm toán truyền thống; (ii) duy trì và đẩy mạnh việc triển khai các cuộc kiểm toán chuyên đề liên quan đến các lĩnh vực quản lý, sử dụng nguồn lực công; (iii) yêu cầu nâng cao chất lượng các cuộc kiểm toán và chú trọng dần vào các mục tiêu đánh giá tính kinh tế, hiệu quả và hiệu lực cũng như việc triển khai các chính sách, Nghị quyết của Quốc hội và Chính phủ.