Thuyết lựa chọn hợp lý xuất phát từ Anh, bắt nguồn từ thuyết vị lợi (utilitarinism), truyền qua kinh tế học tân cổ điển (neo-classical). Đây là cốt lõi lý luận của kinh tế học, nó được hoàn thiện, cải tiến và là nền tảng cho các lý thuyết khác như lý thuyết trò chơi. Nó lan truyền (dù bên cạnh sự ủng hộ, còn có nhiều phản bác), sang chính trị học, xã hội học, luật học, lý thuyết tổ chức, khoa học quản lý và sang nhiều lĩnh vực khác. Luận đề trung tâm của thuyết lựa chọn hợp lý cho rằng con người luôn hành động một cách có chủ đích, có suy nghĩ để lựa chọn và sử dụng các nguồn lực một cách hợp lý nhằm đạt được kết quả tối đa với chi phí tối thiểu (Smelser 1997). Người khởi xướng việc áp dụng lý thuyết này vào trong định chế hay tổ chức là Max Webber trong cuốn sách “chủ nghĩa tư bản tư sản hợp lý” (rational bourgeois capitalism), khái niệm này bao hàm việc tổ chức dựa trên hệ thống các ý tưởng, con người và nguồn lực kết hợp lại nhằm tối đa hóa lợi ích cho cá nhân hoặc tổ chức.
Trong lĩnh vực công, lý thuyết lựa chọn hợp lý cho rằng, chính phủ tại mỗi quốc gia trước khi đưa ra các quyết định hoặc ban hành chính sách, họ phải nhắm đến mục tiêu là cải thiện phúc lợi cho người dân và phải có trách nhiệm trong quá trình tổ chức thực hiện sao cho nguồn lực công được phân bổ, quản lý và sử dụng đạt hiệu quả và hiệu lực nhất (Broadbent & Guthrie 1992, theo Nath 2011). Nguyên tắc này được áp dụng có ảnh hưởng đến việc phát triển kiểm toán hoạt động trên các khía cạnh sau:
Thứ nhất, để thực hiện được mục đích và trách nhiệm này, các chính phủ luôn phải thiết lập trước các mục tiêu, xây dựng tiêu chuẩn, công cụ, phương tiện đo lường đánh giá kết quả thực hiện so với mục tiêu định trước nhằm cải thiện hiệu lực hoạt động và hiệu quả quản lý của mình trong mỗi đơn vị công. Trên cơ sở đó, các SAI mới có thể thu thập được thông tin, số liệu phục vụ cho việc tổ chức thực hiện kiểm toán hoạt động. Điều này cho thấy đặc điểm quản lý của mỗi đơn vị công ảnh hưởng tới việc triển khai và tổ chức thực hiện thành công kiểm toán hoạt động;
Thứ hai, hoạt động trong lĩnh vực công rất đa dạng, phức tạp và không phải lúc nào cũng có thể đo lường và đánh giá được kết quả thực hiện như trong lĩnh vực
tư. Trong trường hợp này, những nguyên tắc, thông lệ chung được áp dụng từ lý thuyết lựa chọn hợp lý chính là tiền đề quan trọng để các bên liên quan đạt được đồng thuận khi đưa ra một ý kiến đánh giá nào đó, chẳng hạn, người đứng đầu một đơn vị cung cấp dịch vụ công có trách nhiệm tổ chức thực hiện nhiệm vụ của mình nhằm mục đích tối đa hóa lợi ích cho người dân với kinh phí tối thiểu chứ không phải nhằm phục vụ lợi ích của cá nhân hoặc tổ chức của mình. Theo đó, đặc điểm hoạt động của các đơn vị công cũng có ảnh hưởng tới việc phát triển kiểm toán hoạt động;
Thứ ba, theo Wilkins & Boyle (2011), kiểm toán hoạt động vẫn tiếp tục phát triển dưới những hình thức riêng biệt và với thứ tự ưu tiên khác nhau và thông qua đó, có những cơ hội tiếp tục học tập lẫn nhau trong kinh nghiệm của các SAI chẳng hạn, phương pháp tiếp cận trong kiểm toán hoạt động ở Anh và Hà Lan hoàn toàn trái ngược nhau. Ở Anh các vấn đề quản lý luôn là thứ tự ưu tiên, trái lại, đánh giá chính sách chỉ xếp thứ hai ngược lại với trường hợp Hà Lan. Nguyên nhân là do các SAI cũng phải áp dụng nguyên tắc lựa chọn hợp lý trong việc lựa chọn chiến lược phát triển của mình trên cơ sở cân đối khả năng thực hiện và khả năng duy trì tính độc lập và khách quan trong việc lựa chọn chủ đề và đối tượng kiểm toán. Vì vậy, khả năng và mức độ độc lập của mỗi SAI cũng ảnh hưởng tới việc phát triển kiểm toán hoạt động.