Lờ Chiờu Thống sau khi chạy khỏi Thăng Long bốn sai người sang Trung Quốc cầu xin quõn Thanh sang cứu viện. Vua Càn Long vốn cú dó tõm thụn tớnh nước ta, nờn nhõn cơ hội này, hắn bốn cử ngay Tổng đốc Lưỡng Quảng Tụn Sĩ Nghị chỉ huy binh mó 4 tỉnh Quảng Đụng, Quảng Tõy, Võn Nam, Quý Chõu, tất cả 29 vạn quõn tiến vào xõm chiếm nước ta.
Ngày 28 thỏng 10 năm Mậu Thõn (1788), quõn Tụn Sĩ Nghị từ Quảng Chõu xuất phỏt.
Quõn Tõy Sơn ở Bắc Hà, theo chủ trương của Ngụ Thỡ nhậm, tạm thời rỳt lui về Biện Sơn (Thanh Húa) và Tam Điệp (Ninh Bỡnh) để bảo toàn lực lượng.
Ngày 22 thỏng 11 năm Mậu Thõn (1788), quõn Tụn Sĩ Nghị kộo vào chiếm thành Thăng Long. Tụn Sĩ Nghị sai bắc cầu phao qua sụng Nhị Hà ở Bồ Đề, rồi cho quõn lớnh đúng đồn ở những bói cỏt ven sụng. Lờ Chiờu Thống mời Nghị vào trong điện Kớnh Thiờn, nhưng Nghị e ngại bị bao võy nờn đúng bản doanh ở Tõy long cung. Vài ngày sau khi đến Thăng Long, Tụn Sĩ Nghị theo lệnh của Càn Long phong cho Lờ Chiờu Thống làm An Nam quốc vương.
Ngày 24 thỏng 11 năm Mậu Thõn (đầu năm 1789), tướng Nguyễn Văn Tuyết phi ngựa về đến Phỳ Xuõn cấp bỏo tỡnh hỡnh quõn Thanh với Nguyễn Huệ. Ngay lập tức, Nguyễn Huệ theo lời khuyờn của cỏc tướng "định lập vị hiệu, ban lệnh õn xỏ buộc lấy nhõn tõm rồi hóy kộo quõn ra Bắc", sai người đắp đàn trờn nỳi Bõn (ở phớa Nam nỳi Ngự Bỡnh) làm lễ tế cỏo trời đất, rồi lờn ngụi hoàng đế, lấy niờn hiệu Quang Trung.
Ngày 25 thỏng 11 năm Mậu Thỡn, chỉ một ngày sau khi nhận được tin cỏo cấp, thỡ quõn ngũ Tõy Sơn đó chỉnh tề lờn đường.
Ngày 29, thỡ đại quõn của Tõy Sơn kộo ra đến Nghệ An đúng quõn ở đấy mươi ngày để tuyển thờm quõn đội. Vài ngày sau, số quõn của Quang Trung đó cú đến hơn 10 vạn người.
Đờm 30 tết Nguyờn đỏn, quõn Tõy Sơn đó nhanh chúng vượt qua bến đũ Giỏn Khẩu (Ninh Bỡnh). Đờm mựng 3 tết Kỷ Dậu, quõn Tõy Sơn hạ đồn Hạ Hồi.
Mờ sỏng mựng 5 tết, quõn Tõy Sơn do Quang Trung chỉ huy đỏnh chiếm đồn Ngọc Hồi. Cựng ngày hụm đú, cỏnh quõn do đụ đốc Long chỉ huy tiến đỏnh đồn Khương Thượng (Đống Đa). Chỉ huy đồn Khương Thượng là Sầm Nghi Đống thắt cổ tự tử.
Chiều mựng 5 tết Kỷ Dậu, quõn Tõy Sơn rầm rộ kộo vào thành Thăng Long giải phúng. Quang Trung với chiếc ỏo bào nhuộm khúi sỳng đó ngả thành mầu đen đem 80 thớt voi và quõn đội hựng trỏng tiến vào giữa sự hõn hoan phấn khởi của nhõn dõn kinh thành. Thật đỳng như cảnh tượng mà thi sĩ Ngụ Ngọc Du sau này đó tả trong bài Long Thành quang phục kỷ thực [ghi chộp việc khụi phục thành Thăng
Đời sống đụ thị
Về mặt danh nghĩa, từ ngày 24 thỏng 11 năm Mậu Thõn (đầu năm 1789) sau khi lờn ngụi hoàng đế, đặt niờn hiệu Quang Trung, triều đỡnh Tõy Sơn chớnh thức coi Phỳ Xuõn (Huế) là kinh đụ của đất nước.
Từ đõy Thăng Long khụng giữ vai trũ là kinh đụ, nờn "Tõy Sơn gọi là Bắc Thành" (Đại Nam nhất thống chớ, tập III. Nxb KHXH, H. 1971, tr. 152). Theo lời đề nghị của Ngụ Thỡ Nhậm, Quang Trung thực hiện chế độ phõn phong cho cỏc con trấn giữ những nơi trọng yếu. Quang Thựy được phong làm Khang cụng lĩnh chức Bắc Thành tiết chế thủy bộ chư quõn. Bắc Thành bấy giờ gồm 7 nội trấn là Thanh Húa ngoại (tức Ninh Bỡnh sau này), Sơn Nam thượng, Sơn Nam hạ, Sơn Tõy, Kinh Bắc, Hải Dương, Phụng Thiờn và 6 ngoại trấn là Lạng Sơn, Cao Bằng, Tuyờn Quang, Hưng Húa, Thỏi Nguyờn, Yờn Quảng. Trị sở của khu Bắc Thành là Thăng Long, đó được đổi tờn là Bắc Thành.
Quang Trung khụng những chăm lo phục hồi kinh tế nụng nghiệp, mà cũn rất chỳ ý phỏt triển cụng thương nghiệp. Thăng Long đổi làm Bắc Thành, tuy khụng cũn là kinh đụ của cả nước, nhưng vẫn là một trung tõm kinh tế rất phỏt đạt. Cảnh tượng phồn thịnh của Bắc Thành - Thăng Long đó được nhà thơ Nguyễn Huy Lượng ghi lại những nột điển hỡnh trong bài Tụng Tõy Hồ phỳ nổi tiếng của mỡnh. Ở đõy, cảnh hoang tàn của những năm cuối thời Lờ Mạt "buổi ấy cũng gúp phần tang hải, sỏu thu trời bao xiết nỗi hoang khụ" đó biến mất, để nhường chỗ cho những hoạt động cụng thương nghiệp nhộn nhịp. Thành Thăng Long xưa đó được sống lại với những hoạt động thủ cụng nghiệp như: "Lũ Thạch khối khúi tuụn nghi ngỳt...", "Thoi oanh nọ ghẹo hai phường dệt gấm... lửa đúm ghen Nam xó gõy lũ", "Chày Yờn Thỏi nện trong sương chểnh choảng, lưới Nghi Tàm ngăn ngọn nước quanh co...". Và những hoạt động thương nghiệp như: "Khỏch Ngụ Sở chợ Tõy ngồi san sỏt...", "Rập rềnh cuối bói Đuụi Nheo, thuyền thương khỏch hóy chen buồm bươm bướm...".
Để trỏnh sự ẩn lậu dõn đinh và tiện cho sự kiểm soỏt nhõn khẩu của Nhà nước, Quang Trung cho ban hành một thứ tớn bài gọi là Thiờn hạ đại tớn, dưới ghi rừ họ tờn, quờ quỏn và điểm chỉ của người mang thẻ. Tất cả mọi hạng dõn đinh khụng phõn biệt giàu nghốo, sang hốn đều phải mang tớn bài và sẵn sàng xuất trỡnh cho người kiểm soỏt xem. Trong chớnh sỏch văn húa, Quang Trung tỏ thỏi độ tụn trọng đối với cỏc tớn ngưỡng của nhõn dõn. Quang Trung tụn sựng Nho giỏo, nhưng tỏ ra rộng rói và tụn trọng cỏc tớn ngưỡng khỏc của dõn chỳng. Nhõn dõn làng Văn Chương (khu vực quanh Văn Miếu, thuộc quận Đống Đa - Hà Nội) cũn truyền rằng: Trong những biến loạn vào cuối thời Lờ Mạt, những tấm bia tiến sĩ tại Văn Miếu bị lật đổ lung tung. Nhõn dõn địa phương nhờ nhà nho hiệu là Tam Nụng cư sĩ (tờn thật là Hà Năng Ngụn) làm một tờ sớ xin vua Quang Trung cho gúp tiền dựng lại. Được tin ấy, Quang Trung lập tức sai cỏc quan ở Bắc Thành phải bỏ tiền cụng ra tu bổ lại Văn Miếu và dựng lại cỏc bia tiến sĩ.
Đối với Phật giỏo ở Bắc Thành, Quang Trung khụng hạn chế nhưng đó chấn chỉnh lại. Nhà vua bắt tất cả bọn người cụn đồ, lười biếng trốn trỏnh trong cỏc chựa phải hoàn tục, trở về quờ quỏn sản xuất. Những tăng nhõn cú đạo đức, và thành tõm thờ Phật mới được phộp ở lại chủ trỡ cỏc chựa.
Đối với đạo Kitụ, Quang Trung bói bỏ chế độ cấm đạo của cỏc triều vua trước và cú thỏi độ rộng rói đối với cỏc giỏo sĩ cũng như tớn đồ ở Bắc Thành và trờn cả nước.