Sau khi chiếm được Bắc Thành từ tay triều Tõy Sơn, Gia Long khụng định đụ ở đõy mà chọn Phỳ Xuõn (Huế) làm kinh đụ của cả nước. Từ đấy, kinh thành Thăng Long phải chịu một sự chuyển đổi lớn: từ kinh thành trong hơn 800 năm trước trở thành trấn thành rồi dần dần trở thành tỉnh thành. Sự chuyển đổi ấy cú nhiều lý do: một là cỏc chỳa Nguyễn đó từng ở Phỳ Xuõn (Huế) trong mấy trăm năm (từ 1687), ảnh hưởng của nhà Nguyễn tại miền này cú nhiều mà nền nếp tổ chức đó cú sẵn, cho nờn vua Gia Long nhà Nguyễn lỳc này khụng muốn dời đi nơi khỏc; hai là nhõn dõn ngoài Bắc khi ấy khụng tớn nhiệm nhà Nguyễn và nhất là tầng lớp sĩ phu Bắc Hà vẫn tưởng nhớ nhà Lờ, cho nờn việc đúng đụ ở Thăng Long là khụng cú lợi cho nhà Nguyễn. Do đấy, Gia Long đó quyết định đúng đụ ở lại nơi cũ là Phỳ Xuõn, khụng ra Thăng Long, cử Nguyễn Văn Thành làm Tổng trấn Bắc Thành.
Từ năm 1802, Gia Long thiết lập thờm một đơn vị hành chớnh mới đú là "thành". Cả nước ta bấy giờ cú hai thành: Bắc Thành và Gia Định thành. Bắc Thành lại chia thành 5 nội trấn là Sơn Nam thượng, Sơn Nam hạ, Kinh Bắc, Sơn Tõy, Hải Dương và 6 ngoại trấn là: Thỏi Nguyờn, Lạng Sơn, Tuyờn Quang, Cao Bằng, An Quảng, Hưng Húa. Gia Định thành bao gồm 5 trấn: Phiờn An, Biờn Hũa, Vĩnh Thanh, Định Tường và Hà Tiờn.
Tại Bắc Thành cũng vào năm 1802, ngoài việc đặt chức Tổng trấn, Gia Long cho thiết lập 4 tào: Hộ, Binh, Hỡnh và Cụng chuyờn phụ trỏch cỏc mặt kinh tế, chiến tranh và phỏp luật. Triều đỡnh lấy chức Tham tri phụ trỏch cỏc Tào của Bắc Thành. Những viờn quan đứng đầu cỏc Tào núi trờn đều là quan lại cao cấp ở cỏc bộ tương đương được biệt phỏi đến. Thớ dụ như viờn quan Hữu tham tri bộ Hộ tại kinh đụ Huế, được cử ra phụ trỏch Hộ Tào; viờn quan Hữu tham tri bộ Binh thỡ phụ trỏch Binh Tào v.v...
Thỏng 8 năm Nhõm Tuất (1802), tại phủ Phụng Thiờn, nơi đúng lỵ sở của Bắc Thành (Thăng Long), Gia Long cho đặt "một Án phủ sứ và một Tuyờn phủ sứ thống trị hai huyện" Vĩnh Xương và Quảng Đức (Đại Nam thực lục (gọi tắt là Thực lục). Nxb Giỏo dục, H. 2002, tập I, tr. 518). Trong đú Án phủ sứ là vừ quan, phẩm trật vào hàng tũng tứ phẩm, Tuyờn phủ sứ là văn quan cũng cú hàm tũng tứ phẩm. Như vậy, chỳng ta thấy, mặc dự Gia Long đó bỏ chức Phủ doón phủ Phụng Thiờn thời Lờ trước đõy, nhưng vẫn đặt viờn quan đứng đầu phủ này ở quan hàm gần ngang với viờn quan đứng đầu cỏc trấn. Dưới thời Gia Long, chức Trấn thủ đứng đầu cỏc trấn là vừ quan cú hàm Chỏnh tam phẩm, và dưới là chức Tham hiệp là văn quan, hàm Chỏnh tứ phẩm. Cỏc viờn tri phủ đứng đầu cỏc phủ trong cỏc trấn chỉ cú hàm Chỏnh lục phẩm. (Thực lục, Sđd, tập I, tr. 596, 597).
Năm 1805, Gia Long đổi gọi phủ Phụng Thiờn thành phủ Hoài Đức, đồng thời cũng đổi tờn huyện Vĩnh Xương thành Thọ Xương và Quảng Đức thành Vĩnh Thuận. Huyện Thọ Xương cú 8 tổng, 115 thụn phường, cũn huyện Vĩnh Thuận cú 5 tổng, 40 thụn phường, trang trại.
Thỏng 8 năm Ất Sửu (1805), lấy cớ chữ Long (Rồng) là tượng trưng cho vua, chỉ cú thể dựng cho kinh sư mà thụi, Gia Long đó đổi chữ Long (trong tờn Thăng Long) là Rồng thành chữ Long là Thịnh. Cũng với tinh thần đú, chữ Hoàng Thành, từ nay khụng được dựng nữa.