Bằng nhiều hoạt động phong phỳ, cỏc sĩ phu yờu nước thuộc xu hướng cải cỏch của Hà Nội hồi đầu thế kỷ XX đó gúp phần thức tỉnh lũng ỏi quốc trong nhõn dõn, bước đầu tấn cụng vào hệ tư tưởng phong kiến đang được thực dõn ra sức lợi dụng. Và như vậy là đó mở đường cho tư tưởng mới tràn vào, tạo điều kiện tinh thần cho cỏc phong trào đấu tranh rộng lớn sau đú. Lỳc ấy làn súng đấu tranh quyết liệt của nụng dõn miền Trung chống sưu cao, thuế nặng và phu phen tạp dịch cũng cú tiếng vang ra Hà Nội. Cho nờn chỉ ớt lõu sau thỡ Hà Nội đó lại sụi động với vụ đầu độc binh lớnh Phỏp. Hồi này khụng phải chỉ cỏc phong trào Đụng Du, Đụng Kinh nghĩa thục mới lấy Hà Nội làm trung tõm hoạt động, mà cả phong trào nụng dõn Yờn Thế (Bắc Giang) cũng tỡm cỏch vượt đồi nỳi trung du về đõy gõy cơ sở. Cỏc phỏi viờn của Đề Thỏm như Chỏnh Tĩnh, Đội Hổ, Lý Nho đó thành lập tại Hà Nội một tổ chức yờu nước bớ mật lấy tờn là hội Nghĩa Hưng. Đối tượng tuyờn truyền là binh lớnh người Việt trong quõn đội Phỏp. Tại cửa hàng cơm và chứa trọ của vợ chồng ụng Nguyễn Tĩnh (tức Nhiờu Sỏu) phố Cửa Nam và nhà thày búi Nguyễn Văn Phỳc (cũn cú tờn là Lang Sẹo) phố Hàng Buồm đó cú nhiều cuộc tiếp xỳc giữa phỏi viờn của Đề Thỏm với một số binh lớnh khố đỏ như Nguyễn Chớ Bỡnh (Đội Bỡnh), Đặng Đỡnh Nhõn (Đội Nhõn), Dương Bờ (Đội Cốc) …
Một kế hoạch đỏnh chiếm Hà Nội đó được vạch ra. Giờ hành động được ấn định vào tối 27-6-1908 và sẽ bắt đầu bằng một vụ đầu độc lớnh Phỏp trong cỏc doanh trại. Theo tiếng sỳng hiệu, nghĩa quõn bố trớ bờn ngoài từ trước sẽ tiến vào đỏnh chiếm cỏc cụng sở. Nhưng do cụng việc tiến hành khụng được cẩn mật nờn bọn Phỏp đó đỏnh hơi được và bố trớ canh phũng. Sau đú, việc đầu độc lớnh Phỏp trong trại vẫn thực hiện được trút lọt, gần 250 tờn vừa sĩ quan và binh lớnh bị trỳng độc sau bữa ăn tối nhưng bọn chỳng chỉ bị say và được cứu chữa kịp thời vỡ chất cà độc dược khụng đủ mạnh. Lập tức bọn Phỏp ra lệnh bỏo động, tước ngay khớ giới và giữ binh lớnh người Việt lại trong trại để tra xột. Đồng thời chỳng ra lệnh giới nghiờm, khoỏ kớn cỏc cửa ụ, võy rỏp cỏc khu phố. Kết quả là sỳng hiệu trong thành khụng phỏt, nghĩa quõn ở bờn ngoài biết việc đó bạo lộ nờn phải rỳt lui. Vụ đỏnh ỳp Hà Nội khụng thành, nhưng việc đầu độc lớnh Phỏp đó làm sụi nổi dư luận một thời, nhất là làm cho cỏc giới thực dõn ở Đụng Dương rất hoang mang. Để trấn an bố lũ và uy hiến nhõn dõn ta, chỳng đó xử chộm Đội Bỡnh, Đội Cốc và Đội Nhõn, bờu đầu ở cỏc cửa ụ. Sau đú, chỳng cũn xẻ chộm, kết ản tử hỡnh vắng mặt, khổ sai chung thõn và giam giữ một số đụng người khỏc nữa. Với nhiều phụ nữ như bà Nhiờu Sỏu, chỳng cũng khụng từ cực hỡnh, bỏ bà vào chiếc thựng gỗ đống dinh nhọn bờn trong rồi lăn mạnh trờn nền đất (cú tư liệu núi bà là người làng Tương Mai và tờn chớnh là Nguyễn Thị Ba).
Trong quỏ trỡnh điều tra, chỳng đó tỡm được nhiều chứng cớ khẳng định Đề Thỏm cú vai trũ trong kế hoạch đỏnh Hà Nội và vụ đầu độc. Đú là một trong những nguyen nhõn khiến chỳng quyết định lại mở cuộc tấn cụng lớn vào căn cứ Yờ Thế thỏng 1-1906.