Thi hành cỏc điều khoản của hiệp ước 1884, Phỏp đuổi cỏc quan quõn nhà Nguyễn ra ngoài thành và đưa đại quõn của chỳng vào. Số quõn cũn lại chia nhau đúng ở cỏc đường phố chớnh. Cụng sứ Phỏp ở Hà Nội đặt trụ ở ngụi nhà nay là 80 phố Hàng Gai. Đội quõn thụng tin đúng tại đền Ngọc Sơn, đội quõn tỡnh bỏo đúng tại chựa Quan Thượng bờn bờ hồ Gươm (khu nhà bưu điện hiện nay). Trong khi đú, tổng đốc Hà Nội phải về đúng trụ sở tại làng Tiờn Thị (phố Lý Quốc Sư ngày nay). Nha kinh lược, với viờn kinh lược sứ, đại diện tối cao cho triều đỡnh Huế cũng phải đến đúng trụ sở ở phố Hàng Gai đối diện toà cụng sức Phỏp để tiện bàn bạc (!)
Đến ngày 1-10-1888 triều đỡnh Huế dõng Hà Nội cho Phỏp. Hà Nội chớnh thức trở thành một thành phố theo chế độ nhượng địa. Từ đõy cỏc cơ quan triều đỡnh đúng tại Hà Nội khụng cũn quyền hành đối với Hà Nội mà chỉ là đúng nhờ trờn đất của Phỏp để tiếp tục quản lý những ruộng đất cũn lại theo quy chế bảo hộ. Nhưng trong lũng Hà Nội vẫn õm ỉ một phong trào chống Phỏp. Hội Tớn Nghĩa tập hợp gần 5.000 người yờu nước trong Hà Nội và cỏc vựng ngoại vi do Dương Hữu Quang cầm đầu tiến hành thường xuyờn cỏc vụ bắt bọn hào phỳ tay sai giặc, buộc chỳng nộp tiền của đển nuụi quõn, sắm vũ khớ. Dương Hữu Quang khụng phải người Hà Nội - ụng quờ huyện Thanh Oai (Hà Tõy) nhưng đó từng giữ chức tri huyện Thọ Xương. Đến năm 1883, khi Hà Nội và Sơn Tõy nối nhau thất thủ, ụng đứng ra tập hợp những người nghĩa khớ mưu việc chống giặc.
Quõn Tớn Nghĩa đó đột nhập Hà Nội bắt mục Bõyrơ (Beire) là giỏn điệp Phỏp, bố trớ đún đường cướp con voi tuần phủ Ninh Bỡnh gửi về biếu cụng sứ Phỏp ở Hà Nội; đỏnh bọn lớnh Phỏp trong cuộc đua thuyền trờn hồ Hoàn Kiếm do Phỏp và tay sai tổ chức ăn mừng một năm ký kết hiệp ước bỏn nước 1884; giết chết tờn đề đốc tay sai khi hắn dẫn giặc Phỏp về càn quột cỏc làng vựng Từ Liờm.
Tiếng sỳng Cần Vương cũng vang nổ xung quanh Hà Nội. Nghĩa quõn Bói Sậy của Nguyễn Thiện Thuật từ mạn Hưng Yờn đó triển khai hoạt động về phớa Hà Nội. Đờm 12 rạng sỏng ngày 26-6-1886, một đồn binh Phỏp gần cầu Đuống, cỏch Hà Nội 6 km bị tấn cụng. Đờm 16-7-1888, nghĩa quõn nó sỳng vào phỏo đài Phỏp trờn tả ngạn sụng Hồng.
Thực dõn Phỏp tỡm cỏch đối phú. Chỳng huy động lực lượng quõn sự lớn vào việc càn quột cỏc vựng quanh Hà Nội và hễ bắt được cỏc chỉ huy nghĩa quõn là đưa về xử tử tại Hà Nội để khủng bố tinh thần nhõn dõn. Ngày 15-4-1887, xử tử Nguyễn Cao tại Bói Dừa bờn hồ Gươm. Ngày 23-5-1891, xử tử Đốc Cập ở vườn hoa Pụnbe (nay là vườn hoa Chớ Linh); ngày 5-10-1893, xử tử một người Phỏp là Cờlụxỏt (Henri de Clausade) phản ngũ chạy sang hàng ngũ nghĩa quõn Đốc Tớt ở Hải Dương dưới chõn Cột Cờ, và chỉ một thỏng sau ngày 7-11 lại chặt đầu Đội Văn ở vườn hoa Pụn-be.
Bước vào những năm cuối thế kỷ XIX, thực dõn Phỏp càng rỏo riết thõu túm mọi quyền hành vào tay. Ngày 26-7-1897, chỳng bắt vua Thành Thỏi ký dụ bói bỏ Nha kinh lược Bắc Kỳ để chuyển quyền sang thống sứ Phỏp ở Bắc Kỳ. Cựng với việc cướp đất của dõn, chỳng mở thờm nhiều phố xỏ, xõy dựng doanh trại. Một số cơ sở chế biến, cửa hiệu dịch vụ của người Phỏp đó ra đời, như nhà mỏy rượu bia ễ-men (Hommel), hiệu thuốc tõy Blăng (Blanc)… Chỳng cho phỏ thành Hà Nội từ năm 1896 đến năm 1897 mới xong. Hà Nội dần dần mang bộ mặt mới.
Thực dõn Phỏp và tay sai cho rằng đó qua thời đỏnh dẹp. Ngày 4-12-1898, hội chợ Hà Nội lần thứ hai khai mạc trờn khu đất hai làng An Tập và Liờn Trỡ (khu vực Cung Văn hoỏ Lao động ngày nay), để quảng cỏo cho xứ Bắc Kỳ và Đụng Dương. (Hội chợ lần thứ nhất mở năm 1887 tại Trường Thi).
Bọn chỳng khụng hề biết rằng Hà Nội lỳc này đó là mục tiờu tấn cụng của nghĩa quõn hai tỉnh Hà Đụng và Sơn Tõy dưới sự chỉ huy của Vương Quốc Chớnh. ễng quờ làng Cổ Am (Vĩnh Bảo, Hải Dương) từ năm 1895 đó về tu ở chựa Ngọc Long Động (nay ở xó Phụng Chõu, huyện Chương Mỹ, tỉnh Hà Tõy). Tại đõy ụng tập hợp những người yờu nước chống Phỏp, trong số tướng lĩnh cú nhiều người ở Hà Nội như Nguyễn Hanh, Hoa Văn Trứ ở Cổ Nhuế, Đỗ Đắc Kiờn ở làng Đăm. Đinh Cụng Bạch ở Thọ Xương. Đỳng
vào đờm 5-12-1898, nghĩa quõn đó ộm sỏt bờn ngoài, chỉ chờ đốn điện trong phố tắt là tấn cụng ngay vào. Cựng lỳc, cỏc tầng lớp nhõn dõn trong thành phố, từ cỏc nhà nho đến cỏc thợ thuyền, bồi bếp làm cụng cho bọn Phỏp, kể cả một số lớnh nguỵ được vận động từ trước, sẵn sàng nổi dậy phối hợp. Nhưng do kế hoạch bị lộ, bọn Phỏp đó thiết quõn luật và tăng cường phũng bị nờn tới giờ quy định mà đốn điện trong thành phố vẫn khụng tắt, nghĩa quõn bố trớ bờn ngoài đành phải rỳt. Tuy nhiờn ở một số nơi như Sơn Tõy, Hà Đụng, nghĩa quõn đó rào làng, đào hào, đắp luỹ, tiến hành trừ gian. Đặc biệt đội nghĩa quõn 300 người do ụng Tuần Vọng chỉ huy, ngay trong đờm đú đó nổ sỳng tấn cụng đồn Ngọc Hà (quận Ba Đỡnh). Sự kiện này đó cú ảnh hưởng lớn. Giặc Phỏp điờn cuồng đối phú bằng cỏch chộm giết và đày ra Cụn Đảo hàng trăm người dõn. Nhưng người Hà Nội vẫn bền gan chiến đấu.
Để khộp lại chương này, cũng cũn phải kể tới dũng văn học ca ngợi cuộc khỏng chiến chụng Phỏp đú. Tiờu biểu là chựm tỏc phẩm liờn quan đến việc “thất thủ Hà thành” gồm Di biểu của Hoàng Diệu, Chớnh khớ ca, Hà Thành thất thủ ca (khuyết danh) và nhiều thơ điếu, cõu đối phựng, thơ đề vịnh... Những ỏng văn thơ này đề tài cũng khỏ tập trung. Nếu trong triều đỡnh đó chia ra hai phỏi chủ hoà và chủ chiến thỡ trong dõn chỳng cũng nổi lờn một làn súng khụng tuõn mệnh vua, tự ý tổ chức chống ngoại xõm. Và nhõn dịp này họ cụng khai tỏ rừ ý chớ của mỡnh. Đối với họ, bảo vệ thành Hà Nội, bảo vệ Tổ quốc là chớnh nghĩa, Hoàng Diệu và cỏc chiến sĩ bỏ mỡnh vỡ bảo vệ thành mặc dự chốg mệnh vua nhưng vẫn là trung nghĩa, phải đạo.
Những người “tận trung” ấy mang trong mỡnh chớnh khớ của trời đất, quyết đem cỏi chết để tỏ rừ một thỏi độ, để rửa nhục cho đất nước. Hoangg Diệu với trỏch nhiệm một vị tướng bảo vệ thành đó khụng thể đang tõm “bỏ thành chạy trốn”, “mở cổng thành cho chỳng tự do ra vào” hoặc “rỳt hết quõn đi cho chỳng khỏi ngờ (!)” mà ụng nghĩ: “Nơi trung thổ trở nờm đất địch, sống thẹn cựng nhõn sĩ Bắc Hà; lũng cụ trung thề với thành Long, chết mong theo Nguyễn Tri Phương dưới đất” (Di biểu). í chớ của Hoàng Diệu đó khớch lệ quõn sĩ và họ cũng đó chiến đấu hết mỡnh khiến quõn Phỏp phải hoảng sợ.
Cho dẫu rằng Hà thành thất thủ, tướng quõn Hoàng Diệu tuẫn tiết, nhiều nghĩa sĩ bỏ mỡnh, nhưng họ và ụng đó trở nờn bất tử:
Sử sỏch ngàn năm cũn truyền tiết liệt
Người cụ thần lấy cỏi chết để tỏ gan trung nghĩa... Nghỡn năm nỳi Nựng cũn nờu chớnh khớ,
Khỏch anh hựng tới đú dũng lệ ngổn ngang (Sĩ tử Hà Thành viếng Hoàng Diệu)
Chựm tỏc phẩm văn học yờu nước cuối thế kỷ XIX đó gúp thờm một tiếng núi mới cho dũng văn học yờu nước của Thăng Long ngàn năm, đú là giọng điệu bi trỏng và cảm khỏi. Những tỏc phẩm này gúp phần đặt một cỏi mốc, cỏi đà để văn thơ yờu nước, cổ động, văn thơ chớnh trị nở rộ vào đầu thế kỷ XX.