Rỳt kinh nghiệm thất bại của thế hệ cha anh cuối thế kỷ XIX, thế hệ cỏch mạng mới của Việt Nam nhận thức được rằng muốn đỏnh bại kẻ thự, khụi phục độc lập dõn tộc, giờ đõy khụng thể chỉ dựng phương phỏp hoạt động cũ, mà phải cú một cuộc nổi dậy của đụng đảo nhõn dõn cả nước với những hỡnh thức hoạt động mới. Mục tiờu tấn cụng phải là cỏc trung tõm chớnh trị, kinh tế yết hầu của chủ nghĩa đế quốc Phỏp, trong số đú Hà Nội phải là vị trớ hàng đầu. Cho nờn Phan Bội Chõu, người tiờu biểu nhất cho xu hướng bạo động bấy giờ, đó chỳ ý đến vị trớ của Hà Nội từ rất sớm.
Ngay từ cuối năm 1902, nhõn dịp lễ khỏnh thành cầu Đu-me, (tức cầu Long Biờn), Phan Bội Chõu đó tỡm đường lờn yết kiến thủ lĩnh khởi nghĩa nụng dõn Hoàng Hoa Thỏm trờn nỳi rừng Yờn Thế (Bắc Giang). Lỳc này vỡ Đề Thỏm ốm nặng nờn chuyến đi của Phan Bội Chõu khụng đạt kết quả. Trong dịp này, Phan Bội Chõu dừng lại ở Hà Nội, liờn lạc với cỏc sĩ phu yờu nước tập trung khỏ đụng tại đõy để bàn kế hoạch phối hợp hành động. Sau đú ụng cựng một số người cựng chớ hướng thành lập Hội Duy Tõn tại Quảng Nam (5-1904) với mục đớch đỏnh đuổi Phỏp. Rồi Phan Bội Chõu sang Nhật Bản vào cuối thỏng 2- 1905. Trờn đất Nhật, ụng viết và xuất bản cỏc tài liệu tuyờn truyền cỏch mạng, vận động đồng bào đoàn kết yờu nước, cổ động thanh niờn xuất dương du học. Thụng qua nhiều con đường bớ mật, cuốn Việt Nam vong quốc sử và cỏc bài Đề tỉnh quốc dõn ca, Hải ngoại huyết thư của Phan Bội chõu đó lọt qua vũng kiểm soỏt dày đặc của quõn thự để về với người Hà Nội.
Đầu thỏng 7-1905, Phan Bội Chõu về nước bố trớ đưa thanh niờn sang Nhật. Trong chuyến về nước lần này, Phan Bội Chõu đó cú những cuộc tiếp xỳc với nhúm sĩ phu thuộc su hướng cải cỏch của Hà Nội, và đó nhiệt liệt tỏn đồng chủ trương lập cỏc hội cụng nụng thương do họ đề ra. Phan Bội Chõu nhận thấy nếu làm tốt cỏc việc đú sẽ rất cú lợi cho việc vận động cỏc thanh niờn xuất dương: cỏc hội cụng nụng thương vừa là nơi tập hợp đoàn kết nhõn dõn, vừa là cơ quan bớ mật đưa đún du học sinh và giỳp đỡ tài chớnh. Cửa hàng Đồng Lợi Tế ở phố Mó Mõy, hiệu thuốc bắc Tuỵ Phương gần ga Hàng Cỏ do Đỗ Cơ Quang đứng đầu ra đời vào chớnh lỳc này. Cỏc cụng ty cổ phần Quảng Hưng Long, Quảng Hợp Ích đều do cỏc sĩ phu thuộc xu hướng cải cỏch phụ trỏch, cũng cú quan hệ mật thiết với Phan Bội Chõu.
Cuối thỏng 7-1905 phong trào Đụg Du khởi đầu bằng việc một số thanh niờn đầu tiờn được đưa sang Nhật. Phong trào này đó được sự hưởng ứng nhiệt liệt của nhõn dõn Hà Nội về cả hai mặt: ủng hộ tài chớnh và đúng gúp người. Từ đất Nhật, cỏc bài Khuyến quốc dõn tư trợ du học văn, Kớnh cỏo toàn quốc phụ lóo văn của Phan Bội Chõu gửi về nước thống thiết kờu gọi ủng hộ phong trào du học đó được đồng bào Hà Nội tỏn thưởng nhiệt thành. Đỏng chỳ ý là cú nhiều người thuộc xu hướng cải cỏch, nhưng vẫn đưa con cỏi vào phong trào Đụng Du như Lương Văn Can đó cho hai con là Lương Ngọc Quyến và Lương Nghị Khanh sang Nhật.