Sau khi cựng với Nguyễn Huệ đỏnh chiếm Thăng Long, lật đổ chỳa Trịnh, Nguyễn Hữu Chỉnh được anh em Tõy Sơn cho ở lại giữ đất Nghệ An. Nhưng lỳc bấy giờ tỡnh hỡnh kinh thành Thăng Long khụng yờn: Trịnh Bồng õm mưu tổ chức lại phủ liờu và đặt Lờ Chiờu Thống vào địa vị bự nhỡn như cũ. Lờ Chiờu Thống phải viết thư cầu cứu Nguyễn Hữu Chỉnh đem quõn ra giỳp sức.
Năm 1787, Nguyễn Hữu Chỉnh kộo quõn vào Thăng Long, đuổi Trịnh Bồng, và được Lờ Chiờu Thống phong làm Bỡnh chương quõn quốc trọng sự Đại tư đồ (Tể tướng), tước Bằng trung cụng. Cậy thế cú cụng, Chỉnh đem võy cỏnh chiếm giữ cỏc chức vị quan trọng trong triều đỡnh và ngoài cỏc trấn. Chỉnh tự lập trại quõn doanh Vừ thành, đúng ở phủ chỳa Trịnh, tự tiện giải quyết mọi vấn đề chớnh trị. Địa vị của Lờ Chiờu Thống lại trở thành hoàn toàn bự nhỡn.
Những hành động của Nguyễn Hữu Chỉnh ở Bắc Hà đều được Nguyễn Huệ theo dừi chặt chẽ. Cuối năm 1787, Nguyễn Huệ sai Ngụ Văn Sở và Phạm Văn Lõn đem quõn ra Nghệ An, hợp binh với Vũ Văn Nhậm và sai Vũ Văn Nhậm làm Tiết chế quõn thủy bộ, kộo ra Bắc diệt Nguyễn Hữu Chỉnh.
Thỏng 12 năm 1787, Vũ Văn Nhậm kộo quõn ra Thanh Húa. Trấn thủ Thanh Húa là Lờ Duật, bộ hạ của Chỉnh bỏ chạy lờn phớa Bắc sụng Trinh Giang.
Được tin quõn Tõy Sơn kộo ra Thăng Long, Chỉnh vội sai thuộc tướng là Nguyễn Như Thỏi làm Thống lĩnh, Ninh Tốn làm Tham tỏn quõn vụ đem 2 vạn quõn vào Thanh Húa chống cự. Nhưng Lờ Duật và Nguyễn Như Thỏi đều bị quõn Tõy Sơn giết chết ở Đa Mai, gần dóy nỳi Tam Điệp. Chỉ cũn một mỡnh Ninh Tốn chạy thoỏt.
Nghe tin Lờ Duật, Nguyễn Như Thỏi bị chết, khiến Chỉnh vụ cựng bối rối, vua Lờ Chiờu Thống và bọn triều thần hoang mang cực điểm. Nguyễn Hữu Chỉnh và con là Du phải tự mỡnh mang đại đội binh thuyền ra chống cự. Nhưng Chỉnh và Du cũng bị Vũ Văn Nhậm đỏnh cho đại bại. Hai cha con vội vàng chạy về Thăng Long.
Lờ Chiờu Thống và bọn Nguyễn Hữu Chỉnh biết rằng khụng thể chống cự lại với đội quõn Tõy Sơn thiện chiến nờn lại bỏ Thăng Long lếch thếch mang vợ con chạy lờn Kinh Bắc. Đến Kinh Bắc thỡ quõn lớnh trốn đi quỏ nửa, chỉ cũn hơn 430 người và 60 cỗ ngựa. Chỉnh lại vội vó đem số tàn quõn này vượt qua sụng Như Nguyệt (sụng Cầu), đến nỳi Tam Tằng (Bắc Giang) thỡ gặp quõn Tõy Sơn do Nguyễn Văn Hũa chỉ huy chặn đỏnh. Quõn Chỉnh nhanh chúng tan ró, Du bị bắt và bị chặt đầu, cũn Chỉnh tộ ngựa chạy trốn đến Mục Sơn (thuộc vựng Yờn Thế - Bắc Giang), thỡ cũng bị bắt đem về Thăng Long. Vũ Văn Nhậm kể tội và sai xộ xỏc Chỉnh.