Theo chỉ dụ của triều đỡnh Huế ngày 6 thỏng 8 năm Đồng Khỏnh thứ 3 (1-10-1888) ỏp dụng từ ngày 3-10-1888, Hà Nội trở thành một nhượng địa của thực dõn Phỏp. Từ ngày đú những người Việt Nam sinh ở Hà Nội đều là người của Phỏp (sujet fransais) mặc dầu khụng phải là cụng dõn Phỏp, phải tuõn theo phỏp luật của Phỏp và xột xử ở toà ỏn Phỏp. (Cũn Bắc Kỳ là đất “bảo hộ” những người sinh đẻ ở Bắc Kỳ (trừ Hải Phũng cũng là nhượng địa của thực dõn Phỏp) đều tuõn theo phỏp luật của Việt Nam và do toà ỏn Việt Nam xột xử).
Bộ mỏy hành chớnh:
Thực dõn Phỏp khụng chờ đến khi triều đỡnh Huế “nhượng” hẳn Hà Nội mới tổ chức bộ mỏy cai trị trờn thành phố này, mà đó tổ chức nú ngay khi chưa cú sự cụng nhận của triều đỡnh Huế.
Sau khi Rivie chết ở Cầu Giấy (19/5/1883) được một thỏng, Bụnan (Bonnal) đó được thực dõn Phỏp chỉ định giữ chức cụng sứ đầu tiờn của Hà Nội, mặc dầu tới hiệp ước Hỏcmăng (15-8-1883), triều đỡnh Huế mới cụng nhận Phỏp cú quyền đặt cụng sứ ở thành phố này.
Bụnan tới Hà Nội vào quóng thỏng 6-1883 và đặt cơ quan “Phỏp quốc trỳ sứ” của y tại phố Hàng Gai. Theo Bụ-nan thỡ một thời gian y khụng cú việc gỡ làm cả bởi vỡ dõn chỳng đó tản cư đi hết, và cỏi chết luụn đe doạ bọn thực dõn.
Tới giữa thỏng 9, Nguyễn Hữu Độ (tổng đốc Hà Nội) và Hoàng Cao Khải (tri huyện Thọ Xương) về đầu hàng Phỏp và trở thành tay sai đắc lực của cụng sứ Bụ-nan trong việc dụ nhõn dõn và tổ chức bộ mỏy cai trị của thực dõn ở Hà Nội.
Sau khi thực dõn Phỏp đó hạ thành Sơn Tõy và Bắc Ninh, bộ mỏy cai trị Hà Nội của chỳng mới cú điều kiện hoạt động.
Tới 1885, thực dõn Phỏp thành lập ở Hà Nội Hội đồng tư vấn lõm thời mặc dầu khụng cú hiệp ước nào cho phộp điều đú. Qua năm 1886, chỳng trắng trợn tự động lập Hội đồng tư vấn thành phố Hà Nội và Hải Phũng do viờn đốc lý chủ trỡ.
Hội đồng tư vấn Hà Nội này gồm cả người Phỏp lẫn người Việt. Thành phần những hội viờn người Phỏp toàn là những thầu khoỏn, nhà buụn v.v… Hội viờn người Việt gồm những nhà buụn lớn.
Hỡnh thức Hội đồng tư vấn này được duy trỡ tới 19-7-1888 – trước khi Hà Nội biến thành nhượng địa – thỡ đổi hẳn thành Hội đồng thành phố và tồn tại cho đến trước Cỏch mạng thỏng Tỏm 1945.
Như vậy trờn danh nghĩa thỡ bộ mỏy cai trị thành phố Hà Nội gồm Hội đồng thành phố, một đốc lý và hai phú đốc lý, nhưng trong thực tế thỡ thực quyền do tờn đốc lý nắm cả. Đốc lý do Toàn quyền chỉ định. Hội đồng thành phố gồm 12 đại biểu Phỏp và 4 đại biểu Việt. Năm 1930, thời kỳ cú nhiều biến động, thực dõn Phỏp rỳt số đại biểu người Việt xuống chỉ cũn 2 người.
Năm 1937, thời kỳ Mặt trận Bỡnh dõn, trong phiờn họp ngày 23/11/ của Hội đồng thành phố, do bất đồng ý kiến giữa đại biểu người Việt và đại biểu người Phỏp về vấn đề tăng thuế quỏ đỏng,cỏc đại biểu người Việt bỏ hội nghị ra về. Hơn 200 người dự thớnh và đại biểu cỏc bỏo cũng bỏ về theo.
Năm 1938, do cao trào Mặt trận Dõn chủ ở Hà Nội, Phan Thanh là một trớ thức yờu nước người tỉnh Quảng Nam trỳng cử vào Hội đồng thành phố do đú nhõn dõn Hà Nội đó cú tiếng núi của đại biểu chõn chớnh của mỡnh trong Hội đồng. Ngày 20-1-1939, ụng từ chức vỡ cỏc đại biểu người Phỏp khụng chịu theo đề nghị của ụng là mở rộng quyền bầu cử và đưa số đại biểu người Việt lờn ngang với số đại biểu người Phỏp. Nhưng ngày 16-4 cựng năm, nhõn dõn Hà Nội lại bầu ụng vào Hội đồng.
Về hành chớnh cấp cơ sở thỡ cho tới đầu những năm 20, thành phố Hà Nội gồm 8 hộ (quartier). Đứng đầu mỗi hộ là một hộ phố (chef de quartier). Cỏc hộ phố do đốc lý bổ nhiệm từ hàng ngũ cỏc thõn hào ở trong hộ. Mỗi hộ chia ra một số cụm dõn cư gồm một số đường phố, đứng đầu cụm là một trưởng phố (chef de rues). Ban đầu cỏc hộ phố trưởng phố làm cỏc việc đăng ký sinh, tử, giỏ thỳ, thu cỏc loại thuế… nhưng tới cuối thập kỷ 20 thỡ cỏc cụng việc trờn do cỏc phũng chức năng của toà đốc lý đảm nhiệm. Hộ phố, trưởng phố chỉ cũn là những người đại diện cho tớnh chất tư vấn, tỡnh trạng này kộo dài tới tận 1945.
Lại cũng phải nờu một hỡnh thỏi hành chớnh đặc biệt của Hà Nội thời đú là Đại lý Hoàn Long và huyện cựng tờn.
Nguyờn là từ 1888, cỏi “thành phố Hà Nội” mà Đồng Khỏnh “nhường” cho Phỏp là một khu vực gồm hầu hết huyện Thọ Xương và quỏ một nửa huyện Vĩnh Thuận. Đến năm 1899, Phỏp lấy phần đất cũn lại của hai huyện trờn và một số xó thuộc hai huyện Từ Liờm và Thanh Trỡ lập ra “Khu ngoại thành Hà Nội”, (Zoone suburrbaine autour de la ville de Hanoi) do đốc lý Hà Nội kiờm quản. Đến 1915, chỳng đổi gọi khu này là huyện Hoàn Long cho thuộc về tỉnh Hà Đụng, đứng đầu là một viờn tri huyện. Đến 1942, lại đem huyện đú trả về thành phố Hà Nội gọi tờn là “Đại lý đặc biệt Hà Nội” (Dộlộgation spộciale de Hanoi) gồm 8 tổng, 60 xó, do một viờn đại lý (dộlộguộ) hàm cụng sứ, người Phỏp đứng đầu trụ sở đặt tại Thỏi Hà ấp.