Điểm nổi bật nhất trong hợp tác quốc tế về thuế đầu những năm 2000 là việc Tổng cục Thuế chủ trì chuẩn bị nội dung dự thảo trình Bộ Tài chính và giúp việc cho Bộ Tài chính, Bộ Thương mại và Chính phủ đàm phán Hiệp định thương mại song phương Việt - Mỹ. Kết quả là Hiệp định thương mại Việt - Mỹ đã được ký kết năm 2001.
Ngày 08/10/2001, Thượng viện Mỹ thông qua Hiệp định; ngày 18/10/2001, Tổng thống Mỹ G. Bush ký Nghị quyết Thông qua Hiệp định, và ngày 24/11/2001, Quốc hội nước Cộng hòa XHCN Việt Nam đã thông qua Hiệp định. Hiệp định Thương mại Việt - Mỹ có nhiều nội dung như các thỏa thuận về thương mại hàng hóa, thương mại dịch vụ, sở hữu trí tuệ, đầu tư… Trong đó, thỏa thuận về thuế, đặc biệt là thuế quan có vị trí rất quan trọng. Đặt trong bối cảnh Việt Nam và Mỹ đã chính thức bình thường hóa quan hệ vào năm 1995 thì những năm sau đó các giao dịch kinh tế thương mại giữa các doanh nghiệp của hai nước gia tăng đáng kể, việc tạo điều kiện thuận lợi hơn nữa cho hoạt động thương mại của các chủ thể kinh tế ở giai đoạn này là rất cấp thiết. Bởi vậy, đóng góp của Tổng cục Thuế trong việc chuẩn bị và sớm ký kết Hiệp định Thương mại Việt - Mỹ có thể coi là một thành tựu quan trọng trong lĩnh vực hợp tác quốc tế về thuế.
Trong giai đoạn 2001-2003, thực hiện nhiệm vụ được giao, Tổng cục Thuế đã tích cực đàm phán để Chính phủ ký các hiệp định tránh đánh thuế hai lần với 5 nước trên thế giới. Đã triển khai đàm phán với 8 nước Mi-an-ma, Philippines, Ai-xơ-Len, Cộng hòa Dân chủ nhân dân Triều Tiên, Cu Ba, Pakistan và Banladesh; tổ chức ký hiệp
định với 5 nước, gồm Mi-an-ma (2000), Phần Lan (2001), Philipines (2001), Ai-xơ-Len (2002), Cộng hòa Dân chủ nhân dân Triều Tiên (2002), Cu Ba (2002).
Mục đích ký kết các Hiệp định tránh đánh thuế hai lần nhằm loại bỏ việc đánh thuế trùng bằng cách: Miễn, giảm số thuế phải nộp tại Việt Nam cho các đối tượng cư trú của nước ký kết hiệp định; hoặc khấu trừ thuế mà đối tượng cư trú Việt nam đã nộp tại nước ký kết hiệp định vào số thuế phải nộp tại Việt Nam. Đặc biệt, do toàn bộ các hiệp định nêu trên đều có điều khoản khoán thuế, nên đã thực sự tạo điều kiện hưởng lợi về miễn, giảm thuế tại Việt Nam cho các nhà đàu tư nước ngoài. Ngoài ra, Hiệp định còn tạo khuôn khổ pháp lý cho việc hợp tác và hỗ trợ lẫn nhau giữa các cơ quan thuế Việt Nam với cơ quan thuế các nước kết trong công tác quản lý thuế quốc tế nhằm ngăn ngừa việc trốn lậu thuế đối với các loại thuế đánh vào thu nhập và vào tài sản.
Trong giai đoạn này, ngành Thuế đã nhận được nhiều sự hỗ trợ của các tổ chức quốc tế trong việc chuẩn bị cho cuộc cải cách lớn của Ngành
Lễ ký biên bản hoàn tất đàm phán Hiệp định tránh đánh thuế 2 lần giữa Việt Nam và Cu Ba (năm 2002)
như dự án hợp tác với Thụy Điển, Nhật Bản, Liên minh châu Âu (EU), Ngân hàng Thế giới (WB), Quỹ Tiền tệ quốc tế (IMF) và Tổng công ty Tài chính quốc tế (IFC). Ngày 14/11/2002, thỏa thuận hợp tác đầu tiên được ký kết giữa cơ quan thuế hai nước Việt Nam và Hàn Quốc. Hợp tác được triển khai trên cơ sở thỏa thuận hợp tác song phương được ký cho từng giai đoạn 5 năm. Qua thỏa thuận hợp tác này, cơ quan thuế hai nước cùng nhau trao đổi, thảo luận về những kinh nghiệm trong công tác thuế, góp phần cải thiện được công tác quản lý thuế của hai nước, đồng thời tăng cường mối quan hệ hợp tác ngày càng có hiệu quả giữa cơ quan Thuế hai nước.
Trong giai đoạn 2004-2007, Tổng cục Thuế đã chuyển phần việc đàm phán và tổ chức thực hiện các cam kết về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu sang Vụ Hợp tác quốc tế - Bộ Tài chính để tập trung vào việc đàm phán và triển khai các hiệp định tránh đánh thuế hai lần đối với thuế đánh trên thu nhập và tài sản với các quốc gia và vùng lãnh thổ. Đồng thời, tổ chức triển khai thực hiện một số hoạt động hợp tác quốc tế về thuế với các tổ chức quốc tế và với một số nước trên thế giới.
Trên phương diện đàm phán hiệp định, đến đầu thời kỳ này, do phần lớn các quốc gia Tổ chức hợp tác và phát triển kinh tế (OECD), ASEAN và Trung Quốc - các nhà đầu tư lớn nhất vào Việt Nam đã có ký hiệp định thuế với Việt Nam nên việc đàm phán hiệp định triển khai tập trung vào các vùng, khu vực trên thế giới mà Nhà nước và chính phủ có chiến lược đẩy mạnh quan hệ hợp tác kinh tế chính trị và ngoại giao, như một số các quốc gia OECD là các nhà đầu tư lớn tại Việt Nam nhưng chưa có Hiệp định như Hoa Kỳ, New Zealand và các quốc gia thuộc châu Á, châu Phi, châu Mỹ Latinh mà Việt Nam muốn thúc đẩy quan hệ chính trị ngoại giao và xúc tiến đầu tư tại đó.
Trong giai đoạn này, Tổng cục Thuế Tổng cục Thuế đã kết thúc đàm phán với 2 nước Pakistan và Bangladesh và tiếp tục triển khai đàm phán với với 4 nước Xây-sen, Xri-lan-ca, Bru-ney và Ai-len. Kết quả đã trình Chính phủ ký kết Hiệp định tránh đánh thuế hai lần với 6 nước gồm Pakistan (2004), Bangladesh (2004), Tây Ban Nha (2005), Xâysen (2005), Xri-lan-ca (2005), Ai Cập (2006) và Bru-ney (2007).
Thực hiện các Hiệp định đã ký kết và trên cơ sở đúc kết thực
tiễn của giai đoạn trước và kinh nghiệm của các nước trên thế giới, năm 2005, Tổng cục Thuế đã trình Bộ Tài chính ban hành Thông tư 133/2004/BTC ngày 31/12/2004 để thay thế cho bốn Thông tư hướng dẫn thực hiện hiệp định đang tồn tại trước đó. Điểm mới của Thông tư 133/2004/BTC là ngoài việc thống nhất việc hướng dẫn áp dụng hiệp định vào một thông tư duy nhất, việc đề nghị áp dụng hiệp định của người nộp thuế đã được thực hiện theo các mẫu biểu in sẵn, vừa tiện lợi cho người nộp thuế vừa tạo cơ sở để áp dụng công nghệ tin của cơ quan thuế khi cần thiết.
Bên cạnh việc tích cực và chủ động triển khai đàm phán để trình Chính phủ ký kết các hiệp định tránh đánh thuế hai lần, trong giai đoạn này, ngành Thuế cũng đẩy mạnh hoạt động hợp tác các nước trên thế giới và các tổ chức quốc tế mà điển hình là Nhật Bản, Hàn Quốc và Lào.
Trong giai đoạn này, Tổng cục thuế đã trình Bộ Tài chính ban hành Thông tư 117/2005/TT-BTC ngày 17/12/2005 hướng dẫn thực hiện việc xác định giá thị trường trong giao dịch kinh doanh giữa các bên có quan hệ liên kết. Việc ban hành thông tư là một đột phá về pháp lý trong lĩnh vực thuế quốc tế của Việt Nam, không chỉ tạo ra khung pháp lý cơ bản đầu tiên để cơ quan thuế Việt Nam đấu tranh với các hành vi lợi dụng xác định giá chuyển nhượng cho mục đích tránh thuế và trốn thuế trong các giao dịch qua biên giới mà còn là một sự cảnh báo kịp thời đối với những người nộp thuế đã, đang và có ý định phát triển các các dàn xếp với ý đồ lợi dụng này.
Với Nhật Bản, hoạt động hợp tác được triển khai trên cơ sở thỏa thuận ODA ký giữa Bộ Tài chính Việt Nam và Cơ quan Hợp tác quốc tế Nhật Bản (JICA). Theo đó, đối tượng thụ hưởng là Tổng cục Thuế Việt Nam và đơn vị thay mặt Chính phủ Nhật Bản thực hiện thỏa thuận là cơ quan thuế Nhật Bản. Trong quá trình triển khai Chiến lược cải cách hệ thống thuế từ năm 2005 đến 2010, ngành Thuế đã nhận được sự hỗ trợ liên tục và hiệu quả của JICA với 2 giai đoạn. Trong giai đoạn I (2005- 2008) trên các lĩnh vực: (1) Tuyên truyền hỗ trợ người nộp thuế; (2) kiểm tra, thanh tra thuế; (3) đào tạo cán bộ thuế. Quan hệ hợp tác giữa hai ngành Thuế Việt Nam - Lào trong giai đoạn này đã thể hiện đúng quan hệ Việt - Lào là quan hệ hữu nghị đặc biệt. Ngành Thuế Việt Nam bằng nguồn lực của chính mình, đã giúp ngành Thuế Lào một cách toàn diện từ xây
dựng chính sách thuế, tổ chức bộ máy, đào tạo nguồn nhân lực, trang bị thiết bị tin học.
Với Hàn Quốc: Hợp tác được triển khai trên cơ sở thỏa thuận hợp tác song phương được ký cho từng giai đoạn 5 năm giữa lãnh đạo ngành Thuế hai nước. Sau thỏa thuận hợp tác đầu tiên được ký năm 2002, năm 2007, ngành Thuế hai nước ký tiếp thỏa thuận hợp tác cho giai đoạn 2007 - 2012.
Năm 2007, Tổng cục Thuế đã giúp Bộ Tài chính đã đăng cai tổ chức thành công Hội nghị Diễn đàn thuế châu Á lần thứ 4, qua đó, đã góp phần nâng cao vị thế của ngành Thuế Việt Nam với các nước trong khu vực.
Ngoài ra, trong giai đoạn này, Tổng cục Thuế vẫn tiếp tục nhận được sự hợp tác, hỗ trợ kỹ thuật rất hiệu quả của các tổ chức tài chính quốc tế như IMF, WB, OECD, IFC cho các hoạt động cải cách của Ngành, đồng thời tiếp tục duy trì quan hệ với các quốc gia và vùng lãnh thổ trong SGATAR (Hiệp hội quản lý thuế các nước châu Á).
Trong giai đoạn 2008-2010, lĩnh vực hợp tác quốc tế về thuế tiếp tục phát triển tích cực, trong đó tập trung vào việc đàm phán và triển khai các Hiệp định tránh đánh thuế hai lần đối với thuế đánh trên thu nhập và tài sản với các quốc gia và vùng lãnh thổ. Năm 2008, việc triển khai đàm phán và ký kết hiệp định thuế theo hướng thực hiện chủ trương của Đảng, Chính phủ nhằm khuyến khích và thu hút hoạt động đầu tư nước ngoài, đặc biệt là từ các nước Trung Đông và hỗ trợ các DN trong nước đầu tư ra nước ngoài.
Trong năm 2008, ngoài việc kết thúc đàm phán với Ai-rơ-len và Áo, Tổng cục Thuế đã triển khai đàm phán với một loạt 6 nước thuộc Vùng Vịnh và các nước Trung Đông gồm Ô-man, Ca-ta, Các Tiểu vương quốc Ả-rập thống nhất (UAE), Cô - Oét, Ả rập Xê-út, Ba Ranh và các nước khác như Xlô-va-ki-a, Vê-nê-xu-ê-la. Kết quả đã tổ chức ký được Hiệp định với 7 nước và vùng lãnh thổ, gồm: Áo, Ai-len, Ô-man, Xlô-va-ki-a, Vê-nê-xu-ê-la, Ma-rốc và Hồng Kông.
Năm 2009, Tổng cục Thuế đã đàm phán với 9 nước là Ca-ta, Các Tiểu vương quốc Ả-rập thống nhất (UAE), Tuy-ni-di, Iran, Ca-dắc-xtan, Thổ Nhĩ Kỳ, Bác ba đốt, Lát via và Nam Phi; đã tổ chức ký kết được Hiệp
định thuế với 4 nước: Các Tiểu vương quốc Ả-rập thống nhất (UAE), Ca- ta, Cô-oét và Israel.
Trong năm 2010, Tổng cục Thuế đã đàm phán với 12 nước và vùng lãnh thổ là A-rập Xê-út, Ca-dắc-xtan, Libi, Hàn Quốc, Mô-dăm-bích, Palestin, Bồ Đào Nha, San Marino, New Zealand, Tajikistan, Macao và Hoa Kỳ. Năm 2010, Tổng cục Thuế đã tổ chức ký kết được 3 Hiệp định là A-rập Xê-út, Tuy-ni-di và Mô-dăm-bích.
Tính chung cả giai đoạn 2001 - 2010, Tổng cục Thuế đã chủ trì triển khai ký Hiệp định tránh đánh thuế hai lần được với 26 nước và vùng lãnh thổ, nâng tổng số nước và vùng lãnh thổ đã ký Hiệp định với Việt Nam tính đến hết năm 2010 lên con số 61. Trên phương diện quản lý Hiệp định, đã có các cải cách đặc biệt, từ năm 2007, việc áp dụng các hiệp định tránh đánh thuế hai lần đã được thực hiện theo cơ chế tự khai tự nộp và việc xử lý các đề nghị áp dụng hiệp định đã được giao toàn bộ cho cục thuế các tỉnh và thành phố.
Điểm mới của việc áp dụng áp dụng hiệp định là việc trao đổi thông tin về người nộp thuế giữa Việt Nam và nhiều nước đã được triển khai. Nếu năm 2009 chỉ có 10 trường hợp trao đổi thông tin thì
Tổng cục Thuế và Hiệp hội doanh nghiệp Hàn Quốc tổ chức đối thoại về chính sách thuế và quản lý thuế (tháng 9/2008)
năm 2010 là 27 trường hợp. Ngoài việc trao đổi thông tin từng trường hợp theo yêu cầu của cơ quan thuế các nước đối tác, thông qua kênh trao đổi thông tin tự động, Tổng cục Thuế Việt Nam đã bắt đầu nhận được các thông tin về hàng nghìn đối tượng nộp thuế Việt Nam có thu nhập từ các đối tác ký hiệp định như Úc, Nhật Bản, Hàn Quốc...
Các thông tin ký tắt là cơ sở để cơ quan đấu tranh với các hiện tượng không kê khai hoặc kê khai thấp thu nhập từ nước ngoài. Đồng thời, thông qua việc xử lý các thông tin trên cơ sở sử dụng các công cụ IT cán bộ thuế Việt Nam đã bước đầu làm quen với quá trình trao đổi thông tin tự động mà đã, đang và trở thành một yêu cầu tất yếu trong xu thế minh bạch hóa thông tin quản lý thuế toàn cầu của hiện nay và đến năm 2020.
Bên cạnh việc tập trung đàm phán để trình Chính phủ ký Hiệp định tránh đánh thuế hai lần, Tổng cục Thuế còn tích cực tham gia các hoạt động hợp tác quốc tế khác về thuế, đặc biệt là hợp tác với các nước trong khu vực và với các tổ chức quốc tế.
Hợp tác với Nhật Bản: Hợp tác được triển khai trên cơ sở thỏa thuận ODA ký giữa Bộ Tài chính Việt Nam và Cơ quan Hợp tác quốc tế Nhật Bản (JICA), theo đó, đối tượng thụ hưởng là Tổng cục Thuế Việt Nam và đơn vị thay mặt chính phủ Nhật Bản thực hiện thỏa thuận là cơ quan thuế Nhật Bản. Trong quá trình triển khai các Chiến lược cải cách hệ thống thuế từ năm 2005 đến 2010, ngành Thuế đã nhận được sự hỗ trợ liên tục và hiệu quả của JICA.
Hợp tác với Lào: Trong giai đoạn 2007 - 2010 đã trực tiếp viện trợ bằng tiền để trang bị máy tính cho Vụ thuế Lào, Trường Trung học Tài chính Viên Chăn và trang thiết bị giáo dục Học viện Tài chính Đông Khăm Xạng với số tiền vài trăm nghìn USD. Trong năm 2008, ngành Thuế Việt Nam giúp Bạn triển khai Luật Thuế GTGT từ việc hoàn chỉnh hệ thống các văn bản pháp quy dưới luật, xây dựng kế hoạch triển khai tổng thể Luật Thuế GTGT cho đến việc tổ chức các đoàn khảo sát tại Việt Nam theo yêu cầu của bạn đối với từng nội dung nghiệp vụ cụ thể trong quản lý thuế GTGT.
Hợp tác với Hoa Kỳ: 2007 là năm hợp tác đầu tiên giữa hai nước trong lĩnh vực thuế. Trong vòng một năm triển khai Thỏa thuận hỗ trợ kỹ thuật
đã có 6 lượt chuyên gia vào tư vấn và hỗ trợ kỹ thuật cho Việt Nam với các nội dung thiết thực phục vụ công tác quản lý thuế như: xây dựng bản mô tả công việc của các chức năng quản lý thuế và chức năng kiểm tra nội bộ; xây dựng Bản đạo đức nghề nghiệp cán bộ thuế, xây dựng Bản mô tả sai phạm và các hình thức kỷ luật tương ứng, tiến hành các khoá đào tạo cho cán bộ quản lý và cán bộ kiểm tra nội bộ.
Trong giai đoạn 2008-2010, Tổng cục Thuế đã đẩy mạnh các dự án hợp tác với WB, IMF và IFC.
Tổng cục Thuế đã hợp tác với IFC triển khai dự án “Đơn giản hóa thủ tục hành chính cho các doanh nghiệp nhỏ và vừa ở Việt Nam.
Dự án nhằm hỗ trợ cho sự thành công của chiến lược cải cách-hiện đại hóa hệ thống thuế giai đoạn 2005-2010. Theo những nội dung đã được thỏa thuận, IFC trợ giúp Tổng cục Thuế Việt Nam trong việc cải thiện môi trường pháp luật thuế cho các doanh nghiệp nhỏ và vừa, khuyến khích chuẩn hóa các khu vực kinh tế lớn chưa theo chuẩn mực, đồng thời tăng cường tính hiệu quả của hệ thống quản lý thuế, giảm chi phí tuân thủ cho người nộp thuế và gánh nặng chi phí hành chính cho cơ quan thuế.
Trong giai đoạn này, Dự án Hiện đại hóa quản lý thuế (TAMP) với WB bắt đầu được khởi động với kỳ vọng tạo ra sự biến đổi về chất trong hệ thống quản lý của ngành Thuế Việt Nam theo hướng hiện đại. Mặc đù là một Dự án với qui mô lớn (hàng trăm triệu USD) và phạm vi rộng (xây dựng và vận hành Hệ thống thông tin quản lý thuế tích hợp (ITAIS) đối với mọi sắc thuế và người nộp thuế trên phạm vi toàn quốc), nhưng trong những năm tháng đầu tiên này, ngành Thuế đã nỗ lực hoàn thành một loạt các công việc quốc trọng làm cơ sở để triển khai Dự án như xây dựng và phê duyệt báo cáo nghiên cứu khả thi; Kế hoạch triển khai tổng thể dự án; Kế hoạch đấu thầu tổng thể dự án, triển khai Hội nghị khởi động dự án, rà soát hồ sơ mời thầu Hệ thống ITAIS, và tổ chức nhiều đoàn khảo sát, học tập kinh nghiệm triển khai Dự án Hiện đại hóa quản lý thuế (vay vốn Ngân hàng Thế giới, sử dụng giải pháp thương mại có sẵn); Khảo sát, học tập kinh nghiệm về xây dựng hệ thống tiêu thức đánh giá các chức năng quản lý thuế...
Trong giai đoạn 2008-2010, ngành Thuế tiếp tục thắt chặt quan hệ