Dự toán thu ngân sách là một bộ phận của dự toán ngân sách nhà nước, là chỉ tiêu xác định nhiệm vụ, khả năng thu ngân sách của một khoản thu, sắc thuế, địa bàn được cơ quan nhà nước có thẩm quyền quyết định và được thực hiện trong một thời kỳ, là khâu đầu tiên trong quá trình quản lý ngân sách nhà nước. Do đó, công tác lập dự toán thu ngân sách nhà nước luôn được gắn liền với những quy định của Luật Ngân sách nhà nước và sự thay đổi trong cơ cấu tổ chức bộ máy của Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế.
Về cơ bản, có thể chia các bước đổi mới trong công tác lập dự toán thu ngân sách nhà nước thành 2 giai đoạn:
- Từ trước năm 2002, công tác lập dự toán thu ngân sách được thực hiện theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước số 47-L/CTN ngày 20/3/1996 và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Ngân sách nhà nước số 06/1998/QH10 ngày 20/5/1998. Theo đó quy trình lập dự toán ngân sách đã có sự đổi mới so với thời kỳ trước khi có Luật, thời gian lập dự toán được quy định sớm hơn, bắt đầu từ 15 tháng 6 hàng năm (trước đây được quy định vào tháng 10 hàng năm).
Trong giai đoạn này, tổ chức bộ máy ngành Thuế được tổ chức quản lý chủ yếu theo đối tượng nộp thuế và phương thức quản lý áp dụng theo cơ chế “Thông báo thuế”. Do đó, việc lập dự toán và theo dõi thực hiện theo nhóm đối tượng nên dự toán tính và giao chi tiết theo đối tượng nộp thuế, kiểm điểm thực hiện theo các phòng quản lý theo nhóm đối tượng như: nhóm đối tượng thuộc ngành giao thông, bưu điện, điện lực, ngân
hàng... Đồng thời trong giai đoạn này, Tổng cục Thuế không chỉ tham mưu cho Bộ Tài chính trong công tác thảo luận, tổng hợp dự toán thu của các địa phương, các doanh nghiệp mà còn tham mưu thảo luận dự toán thu thuế từ hoạt động xuất nhập khẩu với Tổng cục Hải quan, khi đó là cơ quan thuộc Chính phủ thực hiện chức năng quản lý nhà nước về lĩnh vực hải quan và tổ chức thực hiện chế độ quản lý của Nhà nước về hải quan trên phạm vi cả nước.
- Trong giai đoạn từ năm 2002 đến 2010, có sự thay đổi của Luật Ngân sách nhà nước, chức năng nhiệm vụ cũng như cơ cấu tổ chức bộ máy của Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế góp phần giúp cho công tác lập dự toán thu ngân sách nhà nước đạt được nhiều kết quả, dự toán thu ngày càng chi tiết, cụ thể, có cơ sở tính toán khoa học, sát thực với khả năng phát sinh nguồn thu.
Đầu tiên là việc Quốc hội khóa XI đã thông qua Luật Ngân sách nhà nước số 01/2002/QH11 ngày 16/12/2002 thay thế Luật Ngân sách nhà nước năm 1996 và luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Ngân sách
Lễ ký kết quy chế phối hợp giữa ngành Thuế, Hải quan, Kho bạc trong công tác thu thuế (tháng 5/2004)
nhà nước năm 1998, theo đó quy trình lập dự toán ngân sách nói chung và dự toán thu ngân sách nói riêng đã có sự đổi mới tích cực, đó là:
(i) Thời gian lập dự toán thu ngân sách nhà nước được triển khai sớm hơn trước (trước 31 tháng 5 hàng năm, tính từ khi có Chỉ thị của Thủ tướng Chính phủ), đã tạo điều kiện để các đơn vị liên quan có thời gian thực tế lập dự toán thu ngân sách, các cơ quan có thẩm quyền có thời gian xem xét và thẩm định dự toán, qua đó nhằm nâng cao chất lượng dự toán thu ngân sách nhà nước;
(ii) Các cơ sở, căn cứ lập dự toán thu ngân sách nhà nước được xác định tương đối đầy đủ, hợp lý và có ý nghĩa đối với các đơn vị lập dự toán thu ngân sách nhà nước; đồng thời việc quy định dự toán thu ngân sách phải chi tiết theo từng nội dung của mục lục ngân sách nhà nước cũng mang lại nhiều ý nghĩa trong công tác quản lý thu;
(iii) Sửa đổi quy định phân cấp một số khoản thu giữa ngân sách Trung ương và ngân sách địa phương như khoản thuế tiêu thụ đặc biệt từ hàng hóa, dịch vụ trong nước trước đây thuộc nguồn thu ngân sách trung ương hưởng 100%, nay là khoản thu phân chia theo tỷ lệ (%) giữa ngân sách trung ương và ngân sách địa phương... đã khuyến khích các địa phương tăng cường hơn công tác quản lý thu và lập dự toán thu sát thực đối với các khoản thu này để đảm bảo cân đối thu - chi ngân sách trên địa bàn.
Tiếp đến là việc Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định số 113/2002/QĐ-TTg ngày 4/9/2002 về việc chuyển Tổng cục Hải quan vào Bộ Tài chính, theo đó Tổng cục Hải quan từ một cơ quan trực thuộc Chính phủ trở thành cơ quan trực thuộc Bộ Tài chính thực hiện chức năng tham mưu, giúp Bộ trưởng Bộ Tài chính quản lý nhà nước về hải quan và tổ chức thực thi pháp luật về hải quan. Cùng với Tổng cục Thuế là cơ quan tham mưu cho Bộ Tài chính trong công tác lập dự toán thu thuế nội địa hàng năm, Tổng cục Hải quan cũng là cơ quan tham mưu giúp Bộ Tài chính trong việc lập dự toán thu thuế xuất nhập khẩu hàng năm theo quy định của Luật Ngân sách Nhà nước. Điều này đã giúp cho Bộ Tài chính chủ động hơn trong quá trình điều hành, lập dự toán ngân sách nhà nước.
Cùng với chuyển dịch mạnh mẽ sang kinh tế thị trường của nền kinh
tế và thực hiện hội nhập theo các cam kết quốc tế, khu vực như CEPT- ATIGA, Hiệp định khu vực thương mại tự do ASEAN - Trung Quốc, Hiệp định khung về hợp tác kinh tế toàn diện ASEAN - Hàn Quốc, Hiệp định đối tác kinh tế toàn diện ASEAN - Nhật Bản, Hiệp định thương mại hàng hóa ASEAN - Ấn Độ, Hiệp định đối tác kinh tế Việt Nam - Nhật Bản, Cam kết gia nhập Tổ chức Thương mại thế giới (WTO)... nền kinh tế cơ bản vận động theo quy luật thị trường; việc tính toán, giao dự toán và triển khai thực hiện theo đối tượng nộp thuế là không còn phù hợp và dự báo thu không còn chính xác.
Trong giai đoạn này, ngành Thuế đã có sự thay đổi căn bản về phương thức quản lý và tổ chức bộ máy. Từ năm 2004, Tổng cục Thuế đã triển khai thực hiện thí điểm cơ chế cơ sở kinh doanh “tự kê khai, tự nộp thuế”, theo đó người nộp thuế phải hoàn toàn chịu trách nhiệm về tính chính xác và trung thực của hồ sơ khai thuế cũng như việc thực hiện nghĩa vụ thuế của mình và cơ chế này được áp dụng rộng rãi trong phạm vi toàn quốc kể từ ngày 01/7/2007 khi Luật Quản lý thuế có hiệu lực thi hành. Để đảm bảo phù hợp với cơ chế quản lý tự tính, tự khai, tự nộp và Luật Quản lý thuế, cơ cấu tổ chức của ngành Thuế có sự thay đổi đáng kể, kể từ ngày 01/7/2007, ngành Thuế đã chuyển đổi sang mô hình quản lý thuế theo chức năng là chủ yếu, kết hợp với quản lý theo sắc thuế và theo đối tượng. Do đó, việc lập dự toán thu được chuyển dần từ khâu tính toán, giao, triển khai thực hiện theo đối tượng sang mô hình quản lý vĩ mô, việc tổng hợp tính toán được thực hiện theo khu vực, sắc thuế, khoản thu.
Để phù hợp với những thay đổi này, Tổng cục Thuế đã ban hành các Quyết định số 259/QĐ-TCT ngày 17/3/2006 về việc sửa đổi bổ sung chế độ báo cáo thống kê thuế và kế toán thuế, Quyết định số 651/QĐ-TCT ngày 22/4/2010 về việc ban hành hệ thống mẫu biểu xây dựng dự toán và báo cáo đánh giá tình hình thực hiện dự toán thu ngân sách trong ngành Thuế để sửa đổi, bổ sung hệ thống mẫu biểu, báo cáo phục vụ xây dựng dự toán thu ngân sách cho phù hợp với các chỉ tiêu, cơ sở dữ liệu có trên hồ sơ khai thuế; đồng thời ứng dụng mạnh mẽ công nghệ thông tin trong công tác quản lý thuế, trong công tác thu thập, xử lý và lưu trữ thông tin dữ liệu của ngành Thuế. Đây chính là yếu tố căn bản giúp cho công tác lập dự toán thu ngân sách ngày càng có cơ sở khoa học, sát với
khả năng phát sinh nguồn thu.
Bên cạnh đó, thực hiện Chương trình cải cách và hiện đại hoá hệ thống thuế giai đoạn 2005-2010 theo Quyết định số 1629/QĐ-BTC ngày 19/5/2005 của Bộ Tài chính về việc ban hành Kế hoạch cải cách và hiện đại hóa hệ thống thuế giai đoạn 2005-2010, nhằm nâng cao năng lực của các cán bộ tham gia xây dựng hệ thống chính sách thuế, trong đó đặc biệt chú trọng khả năng phân tích các yếu tố ảnh hưởng của sự thay đổi về chính sách thuế với nguồn thu của ngân sách nhà nước, từ năm 2006 đến nay ngành Thuế cũng đã từng bước nghiên cứu, tiếp cận với các mô hình dự báo thu hiện đại, tiên tiến, cập nhật kịp thời diễn biến tình hình kinh tế vĩ mô, các chỉ tiêu cân đối lớn có liên quan đến thu ngân sách để bổ sung đầy đủ dữ liệu thông tin phục vụ cho việc chạy thử nghiệm các mô hình phân tích dự báo thu ngân sách... góp phần nâng cao chất lượng dự báo thu và dự toán thu ngân sách.