Trong giai đoạn 2001 - 2003, theo Nghị định số 281-HĐBT ngày 7/8/1990 của Hội đồng Bộ trưởng về việc thành lập hệ thống thu thuế nhà nước trực thuộc Bộ Tài chính và các quyết định của Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế về chức năng, nhiệm vụ quyền hạn và cơ cấu tổ chức của cục thuế và các phòng thuộc Tổng cục Thuế, trong giai đoạn này ngành Thuế chưa có bộ phận pháp chế ở Tổng cục Thuế và cơ quan thuế cấp dưới; chức năng, nhiệm vụ pháp chế tại Tổng cục Thuế được giao cho Phòng Chính sách.
Lần thay đổi cơ cấu tổ chức ngành Thuế năm 2003 chỉ có một sự thay đổi nhỏ về bộ máy làm công tác pháp chế ở cơ quan Tổng cục Thuế. Theo Quyết định số 218/2003/QĐ-TTg ngày 28/10/2003 của Thủ tướng Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Tổng cục Thuế trực thuộc Bộ Tài chính, Quyết định số 188/2003/QĐ-BTC ngày 14/11/2003 của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các Ban và Văn phòng thuộc Tổng cục Thuế đã hình thành bộ phận pháp chế ở Tổng cục Thuế với tư cách là một ban chịu trách nhiệm cả về chính sách và pháp chế, đó là Ban Pháp chế - Chính sách. Tuy vậy, với cách thức tổ chức này, cán bộ làm công tác pháp chế là cán bộ kiêm nhiệm. Ở cơ quan thuế cấp cục và chi cục trong giai đoạn này chưa có bộ phận pháp chế riêng.
Trong bối cảnh bộ máy tổ chức, chức năng, nhiệm vụ pháp chế chưa được quy định cụ thể và đầy đủ, Ban Pháp chế - Chính sách chủ yếu chỉ thực hiện công tác pháp chế là thẩm định các văn bản hướng dẫn,
trả lời về chính sách thuế do các Ban khác soạn thảo; xây dựng chương trình ban hành văn bản pháp luật thuế. Một số nhiệm vụ pháp chế khác được giao cho các đơn vị thuộc Tổng cục Thuế thực hiện, như: công tác tuyên truyền phổ biến giáo dục pháp luật giao cho Ban Tuyên truyền và hỗ trợ người nộp thuế...
Giai đoạn 2004-2007, công tác pháp chế của ngành Thuế có những cải cách như sau:
Về tổ chức bộ máy, giai đoạn từ năm 2004 đến 1/7/2007: Theo Quyết định số 218/2003/QĐ-TTg ngày 28/10/2003 của Thủ tướng Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Tổng cục Thuế trực thuộc Bộ Tài chính, Quyết định số 188/2003/
QĐ-BTC ngày 14/11/2003 của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các Ban và Văn phòng thuộc Tổng cục Thuế, chức năng, nhiệm vụ pháp chế tại Tổng cục Thuế được giao cho Ban Pháp chế - Chính sách (nay là Vụ Chính sách) thực hiện, cán bộ làm công tác pháp chế là cán bộ kiêm nhiệm.
Ở Tổng cục Thuế, do bộ phận pháp chế chưa được thành lập thành tổ chức độc lập nên chức năng, nhiệm vụ pháp chế chưa được quy định cụ thể và đầy đủ. Ban Pháp chế - Chính sách chủ yếu chỉ thực hiện công tác thẩm định các văn bản hướng dẫn, trả lời về chính sách thuế do các ban khác của Tổng cục Thuế soạn thảo; xây dựng chương trình ban hành văn bản pháp luật thuế. Một số nhiệm vụ pháp chế khác được giao cho các đơn vị thuộc Tổng cục Thuế thực hiện. Mô hình tổ chức giai đoạn này dẫn đến công tác pháp chế của ngành Thuế còn hạn chế, chưa đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ của Ngành.
- Về tham gia tố tụng các vụ án hình sự: Cơ quan thuế tham gia với vai trò là người có quyền lợi và nghĩa vụ liên quan. Tổng hợp số liệu tại 63 cục thuế tỉnh, thành phố cho thấy: Năm 2005 có 14 vụ, năm 2006 có 6 vụ và năm 2007 có 7 vụ.
- Về các vụ án hành chính về thuế: Từ năm 2004-2007, trung bình mỗi năm phát sinh từ 6 - 10 vụ kiện. Kết quả phán quyết của Tòa án đối với các vụ án hành chính về thuế, số lượng vụ án cơ quan thuế thua kiện chiếm tỷ lệ lớn, trong đó có nhiều vụ án thua kiện do lỗi về thủ tục hành chính.
Trong giai đoạn 2008-2010, sự kiện quan trọng nhất trong công tác pháp chế của ngành Thuế là việc thành lập bộ phận chuyên trách về công tác pháp chế ở Tổng cục Thuế. Theo đó, từ 1/7/2007, ngành Thuế được thành lập tổ chức pháp chế độc lập thực hiện theo Quyết định số 76/2007/QĐ-TTg ngày 28/05/2007 của Thủ tướng Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Tổng cục Thuế trực thuộc Bộ Tài chính; Quyết định số 48/2007/QĐ-BTC ngày 15/6/2007 quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các Ban và Văn phòng thuộc Tổng cục Thuế; Quyết định số 49/2007/
QĐ-BTC ngày 15/6/2007 của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của cục thuế trực thuộc Tổng cục Thuế. Tại Tổng cục Thuế, đã thành lập Ban Pháp chế, tại Cục Thuế Thành phố Hồ Chí Minh và Cục Thuế Thành phố Hà Nội được thành lập Phòng Pháp chế.
Năm 2010, căn cứ Quyết định số 115/2009/QĐ-TTg ngày 28/9/2009 của Thủ tướng Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Tổng cục Thuế trực thuộc Bộ Tài chính, Bộ Tài chính đã ban hành Quyết định số 106/QĐ-BTC ngày 14/1/2010 quy định nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các vụ, văn phòng thuộc Tổng cục Thuế; Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế ban hành Quyết định số 502/QĐ-TCT ngày 29/3/2010 quy định chức năng, nhiệm vụ của các phòng thuộc cục thuế; Quyết định số 503/QĐ-TCT ngày 29/3/2010 của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế. Theo đó, tại Tổng cục Thuế đã đổi tên Ban Pháp chế thành Vụ Pháp chế. Tại các cục thuế:
thành lập bộ phận pháp chế. Tuy nhiên, đến năm 2010 mới có 2 Cục Thuế Thành phố Hồ Chí Minh và Cục Thuế Thành phố Hà Nội thành lập Phòng Pháp chế độc lập, 61 cục thuế còn lại chưa thành lập bộ phận pháp chế độc lập mà chức năng, nhiệm vụ pháp chế được giao cho phòng Tổng hợp - Nghiệp vụ - Dự toán thực hiện. Tại các chi cục thuế: các chi cục thuế có số thu trên 1.000 tỷ đồng/năm hoặc quản lý trên 5.000 doanh nghiệp được tổ chức đội pháp chế độc lập. Tuy nhiên, đến năm 2010 chưa có chi cục thuế nào tổ chức đội pháp chế độc lập. Chức năng, nhiệm vụ pháp chế được giao cho đội tổng hợp - nghiệp vụ - dự toán thực hiện.
Đến năm 2010, ngành Thuế mới chỉ có 3 tổ chức pháp chế được
thành lập độc lập gồm Vụ Pháp chế tại Tổng cục Thuế và 2 Phòng Pháp chế tại Cục Thuế Thành phố Hồ Chí Minh và Hà Nội; còn lại 755 đơn vị (61 cục thuế và 694 chi cục thuế) chưa thành lập tổ chức pháp chế độc lập (kể cả tổ pháp chế trong phòng Tổng hợp - Nghiệp vụ - Dự toán đối với cục thuế, tổ pháp chế trong đội Tổng hợp - Nghiệp vụ - Dự toán đối với chi cục thuế).
Trong khoảng 10 năm, đặc biệt là khoảng 4 năm cuối của giai đoạn 2001 - 2010, khi bộ máy pháp chế chuyên trách đã hình thành, công tác pháp chế đã được triển khai cơ bản đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ. Tại cơ quan Tổng cục Thuế, các nhiệm vụ công tác pháp chế ngành Thuế đã được triển khai tương đối toàn diện. Đó là:
Vụ Pháp chế đã tích cực tham gia đã góp phần nâng cao chất lượng các văn bản, đảm bảo các văn bản ban hành phù hợp các quy định pháp luật và thực tiễn.
Vụ Pháp chế đã chủ trì, phối hợp với các vụ liên quan thực hiện nội dung rà soát văn bản quy phạm pháp luật về thuế hết hiệu lực thi hành.
Tuy nhiên, chưa thực hiện được nội dung rà soát, hệ thống hoá văn bản quy phạm pháp luật về thuế đang có hiệu lực cũng như phân loại, đánh giá một cách toàn diện hệ thống văn bản quy phạm pháp luật.
Vụ Pháp chế đã tham gia kiểm tra, xử lý văn bản theo các chuyên đề của Bộ Tài chính, kiểm tra phát hiện và kiến nghị xử lý nhiều văn bản hướng dẫn về thuế chưa phù hợp với quy định pháp luật, nâng cao trách nhiệm, ý thức tuân thủ pháp luật của cán bộ công chức trong ngành Thuế và của cơ quan thuế các cấp, đảm bảo việc áp dụng pháp luật thuế thống nhất, minh bạch.
Vụ Pháp chế đã tham mưu, trình Tổng cục ban hành Quyết định số 1416/QĐ-TCT ngày 30/10/2008 của Tổng cục Thuế về việc ban hành quy chế thẩm định dự thảo văn bản quy phạm pháp luật và văn bản hành chính tại cơ quan thuế các cấp.
Vụ Pháp chế được giao nhiệm vụ chủ trì cấp và quản lý chứng chỉ hành nghề đại lý thuế, quản lý hoạt động của nhân viên, đại lý thuế từ năm 2008. Vụ Pháp chế đã chủ trì soạn thảo, trình Tổng cục, Bộ Tài chính ban hành Thông tư số 28/2008/TT-BTC ngày 3/4/2008 hướng dẫn đăng ký và quản lý hoạt động hành nghề dịch vụ làm thủ tục về thuế,
việc tổ chức thi, cấp, thu hồi chứng chỉ hành nghề dịch vụ làm thủ tục về thuế. Trung bình hàng năm, Vụ Pháp chế thẩm định hơn 2.000 hồ sơ đăng ký dự thi, 450 hồ sơ dự thi đạt kết quả và hồ sơ cá nhân được miễn thi đủ điều kiện được cấp chứng chỉ hành nghề đại lý thuế.
Tại các cục thuế, căn cứ vào chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức bộ máy tại các cục thuế; chức năng, nhiệm vụ tổ chức pháp chế tại các cục thuế theo quy định tại Quyết định số 105/QĐ- BTC và Quyết định số 502/QĐ-TCT, các cục thuế đã tăng cường tổ chức thực hiện các chức năng, nhiệm vụ pháp chế. Bộ phận pháp chế tại các cục thuế đã tham gia đầy đủ, có trách nhiệm những ý kiến tham vấn theo đề nghị của các phòng chức năng và đề xuất xử lý về thuế đối với trường hợp phức tạp, chưa được quy định cụ thể rõ ràng trong các văn bản về thuế.
Vụ Pháp chế đã tham mưu trình Tổng cục Thuế hỗ trợ pháp lý cho các cơ quan thuế địa phương các vụ án, giúp cho cơ quan thuế các cấp căn cứ pháp lý để tranh tụng trước toà, rút kinh nghiệm chấn chỉnh về trình tự thủ tục trong việc ra quyết định xử lý về thuế theo đúng quy định.
Bên cạnh những kết quả đạt được, công tác pháp chế trong giai đoạn 2001 - 2010 vẫn còn một số hạn chế, bất cập. Đó là:
- Tổ chức bộ máy pháp chế tại Tổng cục, bộ phận pháp chế tại cơ quan thuế các cấp chưa hình thành độc lập xuyên suốt từ Trung ương đến địa phương, trong khi đặc thù của công tác pháp chế về thuế có tính chuyên môn sâu, việc thực hiện từng chức năng, nhiệm vụ tách riêng ảnh hưởng lớn đến hiệu quả thực hiện nhiệm vụ.
- Nhân lực làm công tác pháp chế ngành Thuế còn hạn chế cả về số lượng lẫn chất lượng, chưa tương xứng với chức năng, nhiệm vụ được giao.
- Công tác tham mưu tố tụng về thuế của tổ chức pháp chế các cấp còn hạn chế, nhất là tại các cơ quan thuế địa phương (cục thuế, chi cục thuế); kỹ năng tranh tụng của cán bộ thuế tại Tòa án còn yếu...