Khi nuôi thủy sản theo hình thức công nghiệp ñều không thể tránh khỏi việc dùng thuốc, nhằm các mục ñích tiêu diệt tác nhân gây bệnh, nâng cao sức khỏe vật nuôi và quản lý ñiều kiện môi trường. Ngoài tác dụng chính của thuốc, còn có các tác dụng phụ ảnh hưởng tới sức khỏe vật nuôi, sinh thái môi trường, chất lượng sản phẩm và sức khỏe con người. Tại Việt Nam, việc dùng kháng sinh và hóa chất trong nghề nuôi tôm sú ñã rất phổ biến trong nhiều năm nay.
ðểñánh giá tác ñộng tiêu cực của việc dùng thuốc trong NTTS, chúng ta có thể ñề cập ñến một số vấn ñề sau:
a. Tác ñộng ñến môi trường sinh thái:làm mất tính ña dạng của các loài
b. Ảnh hưởng tới vật nuôi thủy sản:Sinh trưởng chậm
c. Gây ra hiện tượng kháng thuốc của vi khuẩn gây bệnh
- Kháng thuốc tự nhiên, - Kháng thuốc nguyên phát, - Kháng thuốc thứ phát.
d. Dùng thuốc trong NTTS có thểảnh hưởng tới sức khỏe con người
Việc dùng hóa chất ñộc hại và kháng sinh rất phổ biến trong nuôi trồng thủy sản và sự kém hiểu biết về thuốc của người nuôi thủy sản còn có khả năng ảnh hưởng không tốt tới sức khỏe con người. Ảnh hưởng trước tiên và trực tiếp là lên sức khỏe của những người tham gia nuôi trồng thủy sản, khi hàng ngày họ tiếp xúc với hóa chất và kháng sinh nhưng hầu như không có những dụng cụ bảo hộ tối thiểu, ảnh hưởng này có thể không nhận thấy ngay tức thời mà thường kéo dài về sau.
Việc dùng hóa chất và kháng sinh còn có thểñể lại các dư lượng thuốc trong cơ, nội tạng của vật nuôi, khi sử dụng các vật nuôi này làm thực phẩm, chúng sẽảnh hưởng ñến sức khỏe con người. Mặt khác, dư lượng thuốc trong thịt ñộng vật thủy sản có thể có tác dụng gián tiếp làm hạ thấp giá trị thương phẩm, thu hẹp thị trường tiêu thụ và vô tình ảnh hưởng tới nghề nuôi thủy sản của quốc gia.
Việc sử dụng kháng sinh của con người ñể chữa bệnh cho ñộng vật thủy sản, sau ñó nước thải của nuôi trồng thủy sản xả ra sông, suối, biển và các kháng sinh này có cơ hội tiếp xúc với các vi khuẩn gây bệnh ở con người với nồng ñộ thấp. ðây là nguy cơ cho hiện tượng kháng thuốc của các vi khuẩn gây bệnh ở người và ñộng vật trên cạn.