Cơ cấu theo chức năng là loại hình cơ cấu tổ chức trong đó từng chức năng được tách riêng và do một bộ phận chuyên môn đảm trách. Những người lãnh đạo được chuyên môn hóa và chỉ đảm nhận thực hiện một chức năng nhất định. Những người thừa hành nhiệm vụ ở cấp dưới vừa nhận mệnh lệnh từ từ người lãnh đạo doanh nghiệp vừa nhận mệnh lệnh từ những nhà lãnh đạo chức năng khác. Những nhân viên chức năng phải là người am hiểu chuyên môn và thành thạo nghiệp vụ trong phạm vi quản lý của mình (Nguyễn Thị Ngọc Huyền, 2012).
Sơ đồ cơ cấu tổ chức theo chức năng được mô phỏng như sau:
Người lãnh đạo tổ chức Giám đốc Nhân sự Giám đốc Vận hành Giám đốc Tài chính Giám đốc Martketing Giám đốc Nghiên cứu và Phát triển
Hình 1.2 Hệ thống cơ cấu tổ chức theo kiểu chức năng
Ưu điểm của mô hình cơ cấu tố chức theo chức năng: Thực hiện chuyên môn hoá các chức năng quản lý, thu hút được các chuyên gia có kiến thức sâu về nghiệp vụ chuyên môn vào công tác quản lý, tránh được sự bố trí chồng chéo chức năng, nhiệm vụ giữa các bộ phận. Thúc đẩy sự chuyên môn hoá kỹ năng nghề nghiệp, nâng cao chất lượng và kỹ năng giải quyết vấn đề. Từ đó, làm giảm gánh nặng quản trị cho người lãnh đạo doanh nghiệp, các quyết định đưa ra có độ rủi ro được giảm thấp hơn.
Nhược điểm của mô hình cơ cấu theo chức năng là làm cho cấp dưới phải phục tùng nhiều đầu mối chỉ đạo khác nhau của cùng một cơ quan quản lý cấp trên.
Do đó, dễ làm suy yếu chế độ tuân thủ từ cấp lãnh đạo doanh nghiệp, các nhà quản lý trở thành các chuyên gia trong lĩnh vực hẹp.