Trọng điểm của bước này là thiết lập một cơ chế vận hành tốt. Việc giải quyết tốt mối quan hệ giữa nhiệm vụ của bộ phận và nhu cầu của các thành viên có ý nghĩa đặc biệt đối với vấn đề khích lệ công nhân viên. Do đó phải thiết kế tốt tiêu chuẩn công tác chế độ thưởng phạt và những chế độ quy tắc chặt chẽ của doanh nghiệp. Điều quan trọng hơn nữa là việc thiết kế cơ cấu lãnh đạo bộ phận và cơ chế giám
sát phải có lợi cho việc điều hòa. phối hợp mối quan hệ giữa các bộ phận chứ không phải là ngược lại.
Về cơ chế vận hành, chúng ta không những phải xét đến cơ chế vận hành trong nội bộ các đơn vị, mà còn phải xét đến cơ chế vận hành lớn phục vụ cho toàn bộ doanh nghiệp. Thiết kế cơ chế vận hành khuyến khích sự dị biệt, vừa phải thiết lập cơ chế vận hành tổng thể nhằm xúc tiến việc tổng hợp và điều hòa, phối hợp. Khi thiết kế cơ cấu cơ bản và cơ chế vận hành của doanh nghiệp, còn cần phải xem xét vai trò và ảnh hưởng của nó đối với việc giải quyết mâu thuẫn và xung đột trong nội bộ doanh nghiệp. Cơ cấu cơ bản cần làm cho mối liên hệ và sự điều hòa, phối hợp giữa các bộ phận được quán triệt đến từng nhân viên cụ thể có khả năng đảm nhận nhiệm vụ đó. Nếu bổ nhiệm những nhân viên đó tham gia ý kiến vào quyết sách của doanh nghiệp thì có thể hình thành một cơ chế giải quyết mâu thuẫn và xung đột trong nội bộ doanh nghiệp một cách hữu hiệu.