Như trên đã phân tích, hòa giải là một quá trình giải quyết tranh chấp thân thiện có tính chất riêng tư, tự nguyện mà ở đó, các bên có thể trao đổi trực tiếp, thẳng thắn về những dữ kiện, tài liệu, chứng cứ liên quan đến tranh chấp, trong đó có thể có cả những vấn đề thuộc về bí quyết công nghệ, bí mật kinh doanh trong quan hệ làm ăn giữa các bên. Không khí thân thiện, riêng tư của quá trình hòa giải, sự tin cậy đối với Hòa giải viên do mình tự lựa chọn tạo ra cho các bên thái độ cởi mở trong việc xem xét, thảo luận về các phương án khác nhau do Hòa giải viên đề xuất. Đồng thời, các bên cũng sẵn sàng chủ động đưa ra đàm phán những yêu cầu đối với phía bên kia hoặc những nhượng bộ của mình để đạt tới một giải pháp nhằm trung hòa được lợi ích của cả hai bên. Điều đó có tác dụng vừa giữ gìn được uy tín của mỗi bên, vừa duy trì được mối quan hệ thương mại lâu dài giữa họ. Chính tâm lý an tâm, tinh thần hợp tác thân thiện, cùng xây dựng theo phương châm "không có người thắng, kẻ thua" là yếu tố quan trọng bảo đảm cho sự thành công của hòa giải. Vì vậy, nguyên tắc bảo toàn những bí mật, tài liệu, chứng cứ, ý kiến của các bên và của Hòa giải viên trong quá trình hòa giải đã được xác lập trong thực tiễn giải quyết tranh chấp thương mại và được đưa thành quy tắc hòa giải của nhiều nước và nhiều trung tâm trọng tài, hòa giải quốc tế.
Nguyên tắc bảo toàn bí mật của hòa giải dường như là đối lập với nguyên tắc xét xử công khai trong tố tụng tư pháp. Vì vậy, hòa giải trong giải quyết tranh chấp tại Tòa án sẽ phải tuân theo nguyên tắc nào trong hai nguyên tắc trên ? Phần lớn các nước đều có quy định về những trường hợp Tòa án có thể xét xử kín theo yêu cầu của đương sự. Đó là khi cần phải giữ gìn bí mật của Nhà nước hoặc giữ gìn bí mật trong kinh doanh của đương sự, ví dụ như các thông tin về phát minh, sáng chế liên quan trực tiếp đến hiệu quả kinh doanh của một bên... Khi Tòa án đã chấp nhận yêu cầu xét xử kín, thì mọi giai đoạn, thủ tục tố tụng trong vụ án, trong đó có hòa giải,
đều sẽ được thực hiện theo nguyên tắc không công khai. Tuy nhiên, nguyên tắc bảo toàn bí mật trong quá trình hòa giải tại Tòa án còn đặt ra câu hỏi cần làm rõ là nếu hòa giải không thành, thì ở các giai đoạn tố tụng tiếp theo, Thẩm phán-Hòa giải viên có được phép sử dụng đương nhiên các thông tin bí mật, những điều kiện, yêu cầu hoặc khả năng nhượng bộ mà các bên đưa ra trong quá trình đàm phán, thương lượng hay không?
Đây là bài toán không dễ và có thể có nhiều nghiệm khác nhau. Pháp luật của nhiều nước quy định là tất cả các chứng cứ, lập luận, tài liệu do các bên đưa ra trong quá trình hòa giải sẽ không bị sử dụng như chứng cứ bất lợi, chống lại họ trong bất cứ quá trình tố tụng nào tiếp theo nếu hòa giải không thành [3, tr. 50]. Ví dụ Luật Chứng cứ của California tại Điều 1125.5 về hòa giải quy định: "Tất cả các chứng cứ được nói ra, được viện dẫn ra trong quá trình hòa giải đều sẽ không bị bắt buộc phải khai báo trong các giai đoạn tố tụng dân sự khác".
Để bảo đảm tính khách quan và tính bảo mật thông tin trong quá trình hòa giải, pháp luật một số nước hoặc tổ chức quốc tế còn quy định "Trừ khi các bên thỏa thuận khác, một người đã làm hòa giải viên sẽ không được giữ vai trò là Trọng tài viên, Thẩm phán hay người đại diện, Luật sư tư vấn của một trong các bên tranh chấp tại bất kỳ thủ tục tư pháp hoặc thủ tục trọng tài nào tiếp theo liên quan đến chính tranh chấp đã được người đó hòa giải" (Điều 10 của Quy tắc hòa giải của Tòa án thương mại quốc tế ICC). Tuy nhiên, pháp luật tố tụng kinh tế Việt Nam hiện hành vẫn còn hoàn toàn bỏ ngỏ các vấn đề trên.