Đây là nhiệm vụ quan trọng, phức tạp có nhiều nội dung của các cơ quan thanh tra nhà nước, tuy không phải là việc trực tiếp giải quyết song có tác dụng thiết thực hỗ trợ đắc lực cho công tác giải quyết khiếu nại. Làm tốt công tác quản lý nhà nước, giúp cho việc
giải quyết khiếu nại hiệu quả cao hơn, bền vững hơn, các vụ việc khiếu nại sẽ giảm đi đáng kể, quyết định giải quyết khiếu nại được tổ chức thi hành tốt, người dân nắm được chính sách pháp luật, thực hiện đúng quyền khiếu nại của mình. Từ đó tăng cường, củng cố lòng tin của nhân dân và các cơ quan Đảng, Nhà nước.
Quản lý nhà nước về công tác giải quyết khiếu nại bao gồm nhiều nội dung, nhiều hoạt động gắn bó chặt chẽ với nhau. Luật khiếu nại, tố cáo năm 1998 đã qui định tương đối đầy đủ về nội dung của công tác này, xác định trách nhiệm, nghĩa vụ của các cơ quan thanh tra nhà nước. Khi đề cập đến công tác này thì mỗi nội dung đều có vai trò và ý nghĩa rất quan trọng, song cơ bản chủ yếu, có tính chất quyết định là việc thanh tra, kiểm tra trách nhiệm trong thực hiện pháp luật về khiếu nại.
Kiểm tra, thanh tra trách nhiệm của các cơ quan nhà nước trong thực hiện pháp luật về khiếu nại bao gồm: kiểm tra, thanh tra việc tuyên truyền phổ biến pháp luật về khiếu nại; tổ chức tiếp công dân, nhận khiếu nại; giải quyết khiếu nại, thi hành giải quyết khiếu nại v.v… Mặc dù Luật khiếu nại, tố cáo năm 1998 và các văn bản hướng dẫn thi hành đã đề cập đến nội dung này. Nhưng các quy định chưa đầy đủ, thiếu cơ sở cho các cơ quan thanh tra tiến hành như: xác định nhiệm vụ, quyền hạn của các đoàn thanh tra, kiểm tra; trình tự thủ tục tiến hành; kết luận, kiến nghị và quyết định xử lý. Đặc biệt là hệ quả pháp lý, giá trị của kết luận và quyết định xử lý của thanh tra, nhất là trong trường hợp có vi phạm trong giải quyết khiếu nại, gây thiệt hại cho công dân v.v… Vì vậy, cần bổ sung những qui định để xác định rõ tính chất của hoạt động thanh tra, kiểm tra trách nhiệm; quyền hạn của đoàn thanh tra, kiểm tra: có quyền kết luận về những vi phạm, trường hợp cần thiết có quyền xử lý hoặc kiến nghị cơ quan có thẩm quyền xử lý, quyết định buộc các cơ quan, cá nhân khắc phục hậu quả do những vi phạm gây ra, đồng thời báo cáo về kết quả thực hiện kết luận, kiến nghị, quyết định xử lý cho cơ quan thanh tra. Cần có qui định về trách nhiệm của thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước, cá nhân có trách nhiệm mà không chấp hành đúng các qui định của pháp luật về khiếu nại.
Để nâng cao hiệu quả thanh tra, kiểm tra trách nhiệm, các cơ quan thanh tra nhà nước cần đổi mới phương thức hoạt động. Chuyển mạnh từ việc trực tiếp giải quyết khiếu nại sang
thanh tra, kiểm tra trách nhiệm đối với các cấp, các ngành. Tích cực chủ động tổ chức nhiều cuộc, nhiều đoàn thanh tra, kiểm tra với qui mô, thời gian khác nhau, tiến hành thường xuyên, liên tục trên phạm vi cả nước, tập trung vào những điểm nóng, những địa phương, cơ quan để xẩy ra nhiều khiếu nại, có nhiều vi phạm trong công tác quản lý. Từ đó có kết luận làm rõ trách nhiệm, có biện pháp xử lý kịp thời, nghiêm minh. Đồng thời cần phải phối hợp chặt chẽ với các cấp ủy Đảng, chính quyền địa phương, các tổ chức đoàn thể tháo gỡ những khó khăn vướng mắc, góp phần sửa chữa sai lầm khuyết điểm, nâng cao hiệu quả công tác giải quyết khiếu nại ở địa phương cơ sở. Trong chỉ đạo hoạt động, các cơ quan thanh tra nhà nước không làm thay trách nhiệm của các cơ quan hành chính trong giải quyết khiếu nại mà chỉ tập trung chủ yếu vào việc thanh tra, kiểm tra trách nhiệm của các cấp các ngành trong việc thực hiện pháp luật giải quyết khiếu nại, tổ chức thi hành quyết định giải quyết khiếu nại…
Tiến hành tổng kết thường xuyên công tác giải quyết khiếu nại, công tác thanh tra, kiểm tra trách nhiệm, từ đó rút ra bài học kinh nghiệm, phổ biến sâu rộng trong các cơ quan thanh tra, cơ quan hành chính nhà nước. Khẩn trương nghiên cứu hoàn thiện các qui trình về nghiệp vụ giải quyết khiếu nại, nghiệp vụ thanh tra, kiểm tra trách nhiệm, làm cơ sở pháp lý cho việc tổ chức thực hiện, nâng cao hiệu quả công tác giải quyết khiếu nại.