Gần 90% thương vụ xuất nhập khẩu của các doanh nghiệp Thành phố Hồ Chí Minh làm thủ tục hải quan qua các cửa khẩu thuộc quyền quản lý của: Cục hải quan Thành phố Hồ Chí Minh; Cục Hải quan Đồng Nai và Bà Rịa – Vũng Tàụ Qua khảo sát thực tế, nhóm nghiên cứu nhận thấy cùng với tiến trình hội nhập kinh tế quốc tế, ngành hải quan đã đóng góp vai trò quan trọng sau đây đối với hoạt động xuất khẩu:
Thứ nhất, cơ chế chính sách của ngành hải quan ngày càng đầy đủ, mang tính hội nhập, tạo hành lang pháp lý thuận lợi cho hoạt động thương mại quốc tế phát triển.
Luật Hải quan ra đời năm 2001 và các văn bản dưới luật ban hành kịp thời và thường xuyên chỉnh sửa phù hợp với yêu cầu hiện tạị
Thứ hai, thủ tục hải quan cải tiến theo hướng đơn giản, tạo điều kiện thuận lợi cho hoạt động kinh doanh xuất nhập khẩu: các doanh nghiệp tại Khu chế xuất Tân Thuận và Linh Trung nhiều trường hợp chỉ doanh nghiệp tự kê khai hải quan, miễn kiểm hoá; bắt đầu thử nghiệm khai hải quan qua mạng Internet; quy định của hải quan trong tháng 7/2004 thực hiện miễn kiểm tra hải quan đối với nhiều loại hàng hoá xuất khẩụ
Thứ ba, thời gian miễn thuế đối với hàng tạm nhập tái xuất khẩu được kéo dài từ 3 tháng lên trên 9 tháng đã tạo điều kiện thuận lợi hơn cho các doanh nghiệp gia công xuất khẩu; các doanh nghiệp sử dụng nguyên liệu nhập khẩu để làm hàng xuất khẩụ
Thứ tư, việc cho phép doanh nghiệp tự áp mã thuế hải quan và chuyển sang tính thuế nhập khẩu theo quy định Điều VII của GATT tạo điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp xây dựng chiến lược kinh doanh dài hạn của mình.
Thứ năm, việc đấu tranh quyết liệt với hàng nhập khẩu lậu, gian lận thương mại, hàng gian… đã góp phần làm tăng tính cạnh tranh của hàng xuất khẩu Việt Nam, tạo dựng được chỗ đứng của hàng Việt Nam trên thị trường thế giớị
Thứ sáu, ngành hải quan ngày càng được đầu tư trang thiết bị hiện đại: máy soi container, trang thiết bị phòng chống ma túy, máy tính… tạo điều kiện thuận lợi cho các doanh nghiệp làm thủ tục kiểm hoá hải quan, góp phần tăng nhanh hơn tốc độ luân chuyển hàng hoá của doanh nghiệp.
Tuy nhiên, theo đánh giá của nhóm nghiên cứu thì Cục Hải quan Thành phố Hồ Chí Minh và 33 Cục Hải quan các tỉnh thành khác (doanh nghiệp của Thành phố làm thủ tục xuất nhập khẩu ở nhiều cửa khẩu khác nhau, tùy địa bàn mà họ hoạt động kinh doanh) cần phải làm nhiều hơn để hỗ trợ doanh nghiệp vì hoạt động của ngành vẫn bộc lộ nhiều hạn chế.