- Về trình độ chuyên môn: Số công chức có bằng cấp cao ngày càng tăng, tỷ lệ công chức có trình độ Đại học và sau đại học lớn hơn rất nhiều so với công chức có trình độ Cao đẳng, Trung cấp (nếu xét theo góc độ bằng cấp thì tỷ lệ công chức có bằng Đại học, sau đại học, 2 bằng Đại học lớn hơn so với công chức có trình độ Cao đẳng, Trung cấp). Đây là ưu điểm, là nỗ lực rất lớn của đội ngũ công chức tỉnh Phú Thọ nhưng đó chỉ là số lượng. Nhiều công chức có bằng Đại học tại chức, từ xa mặc dù công chức được đào tạo tại chức có nhiều ưu điểm như họ là những người đã qua công tác thực tiễn thấy được sự cần thiết phải học tập và cần phải học cái gì cho phù hợp công việc, bản thân. Họ chủ động nghiên cứu, học tập các vấn đề, các môn liên quan đến chuyên môn song học tại chức lại khó tránh khỏi những khó khăn bị chi phối bởi thời gian làm việc và thời gian bố trí cho học tập. Bên cạnh đó còn không ít công chức có suy nghĩ thiếu tích cực, học chỉ để đối phó với tổ chức, học để lấy bằng, giữ vị trí nên tình trạng "đánh trống ghi tên", vắng mặt suốt khoá học, chỉ khi nào thi mới xuất hiện ở trường, lớp. Thậm chí có công chức lí do
bận việc ở cơ quan không đến lớp học tập, nghiên cứu nhưng thực tế đi làm những công việc không thuộc chuyên môn. Về mặt khách quan, nhiều cơ sở đào tạo không đủ điều kiện để đảm bảo chất lượng cho các lớp tại chức do chạy theo thu nhập, chạy theo số lượng lớp và số lượng học viên; các lớp này đa phần học ngoài giờ, học buổi tối, học vào thứ bảy, chủ nhật do đó sự tiếp thu và tích lũy kiến thức xét trên tổng thể của hình thức đào tạo tại chức còn nhiều hạn chế.
- Một số Sở vẫn còn tồn tại nhiều công chức được đào tạo Trung cấp hoặc không qua đào tạo hưởng lương ngạch cán sự, nhân viên như: Sở Công thương có 12/54 công chức; Sở Nông nghiệp và phát triển nông thôn có 59/239 công chức.
- Tỷ lệ chuyên viên cao cấp, chuyên viên chính, chuyên viên, cán sự, nhân viên trong tổng số công chức được được hình thành chủ yếu qua quá trình chuyển đổi công tác, chuyển xếp lương, nâng bậc lương và do "sống lâu lên lão làng", qua bằng cấp chứ không phải qua cơ cấu chức danh, mức độ đòi hỏi của công việc. Đây cũng là hạn chế chung không chỉ ở tỉnh Phú Thọ mà diễn ra ở hầu khắp các tỉnh thành trong cả nước.
- Vẫn còn nhiều công chức phụ trách chuyên môn nhưng không am hiểu công việc, lĩnh vực công tác ít kinh nghiệm nhưng không chịu nghiên cứu học hỏi nên xảy ra tình trạng làm việc chiếu lệ, qua loa không đưa ra được những phương án đề xuất, tham mưu cho lãnh đạo xử lý giải quyết công việc. Vì vậy, thực tế đã xảy ra tình trạng nhiều công chức làm không hết việc nhưng cạnh đó vẫn có những công chức chỉ ngồi chơi, xơi nước nhưng cứ đến hẹn lại lên, kỳ nâng lương nào họ cũng được lên lương bình thường, ít bị cạnh tranh, ít bị phê bình do ít làm nên ít bị sai sót. Bên cạnh đó việc triển khai thực hiện Nghị định số: 13/NĐ-CP về tổ chức lại các cơ quan chuyên môn cấp tỉnh đã tạo nên những thay đổi nhất định cho các sở bị sát nhập. Một bộ phận công chức bị dôi dư so với yêu cầu của công việc lại phải trau dồi kỹ
năng làm việc mới đáp ứng yêu cầu, nhiệm vụ được giao. Có Sở sau khi điều chuyển sát nhập đã đưa cả kế toán của Sở về phòng thanh tra vì bộ phận kế toán của ba sở cũ gộp lại đã quá nhiều. Việc sát nhập này không chỉ tạo phép cộng công chức mà tạo cả phép cộng người lãnh đạo. Phép cộng lãnh đạo gây tốn kém lớn đối với Nhà nước; mỗi người lãnh đạo được hưởng chế độ phục vụ, đãi ngộ vật chất nhất định và không chỉ tốn kém kinh phí vật chất mà nhiều người lãnh đạo còn dẫn đến tình trạng mất rất nhiều thời gian để tạo sự đồng thuận trong tập thể lãnh đạo khi ban hành và chỉ đạo thực hiện các quyết định hành chính.
Tỉnh ủy, Hội đồng nhân dân, Ủy ban nhân dân tỉnh đã đưa ra nhiều giải pháp, chính sách thu hút, sử dụng nhân tài nhưng tình trạng lãng phí trong sử dụng nhân tài lại chưa được khắc phục. Nhiều công chức có trình độ Đại học lại được bố trí làm công việc của nhân viên phục vụ. Số công chức (dưới 35 tuổi) được bổ nhiệm giữ các chức vụ lãnh đạo chiếm tỷ lệ khiêm tốn khoảng 12%. Tỷ lệ công chức lãnh đạo là nữ cũng thấp khoảng 10%. Điều này làm cho bộ máy của tỉnh có phần thiếu năng động, mất cân bằng, rải rác có nơi có biểu hiện bảo thủ.
Chất lượng, hiệu quả giải quyết công việc thực tiễn: Công chức chưa cao, mặc dù theo đánh giá công chức năm 2013 có đến trên 92% công chức hoàn thành xuất sắc, tốt nhiệm vụ nhưng dường như chỉ là con số đánh giá còn chất lượng thật của hiệu quả công việc cần phải xem xét ở nhiều góc độ. Thực tế một số nơi tham nhũng, tiêu cực, thất thoát, lãng phí của công vẫn đang diễn ra, gây bức xúc trong nhân dân. Hiện tượng lãng phí thời gian, đi muộn về sớm, làm việc riêng trong giờ như tán chuyện, chơi game trên máy tính vẫn chưa được khắc phục. Công chức đi làm, dự hội thảo, dự họp không đúng giờ; để chuông điện thoại reo khi hội họp vẫn diễn ra phổ biến. Công chức có văn bằng, chứng chỉ tin học nhưng vẫn lúng túng khi thao tác máy, soạn thảo văn bản vẫn bị sai sót những lỗi sơ đẳng về chính tả, cách hành văn,
thể thức văn bản. Cá biệt có một số công chức cả công chức lãnh đạo lợi dụng chức năng, nhiệm vụ chuyên môn để trục lợi cá nhân gây bất bình trong dự luận và làm mất lòng tin của nhân dân. Ngoài ra còn có thể có nhiều trường hợp chưa bị phát hiện, xử lý.